PDB-6eff: NCTC10712

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eff

タイトル

NCTC10712

要素

NCTC10712 Siglec

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin

機能・相同性

Ubiquitin-like (UB roll) - #890 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus mitis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Iverson, T.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Origins of glycan selectivity in streptococcal Siglec-like adhesins suggest mechanisms of receptor adaptation.
著者: Bensing, B.A. / Stubbs, H.E. / Agarwal, R. / Yamakawa, I. / Luong, K. / Solakyildirim, K. / Yu, H. / Hadadianpour, A. / Castro, M.A. / Fialkowski, K.P. / Morrison, K.M. / Wawrzak, Z. / Chen, ...

履歴

登録	2018年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月1日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eff.cif.gz	336.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eff.ent.gz	276.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eff.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eff_validation.pdf.gz	475.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eff_full_validation.pdf.gz	478.1 KB	表示
XML形式データ	6eff_validation.xml.gz	41.6 KB	表示
CIF形式データ	6eff_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6eff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/6eff	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ef7C 6ef9C 6efaC 6efbC 6efcC 6efdC 6efiC 6x3kC 6x3qC 7kmjC 5iud C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vh1-1 5tx4-d 6efd-d 4plx-1 4hd9-d 4plx-2 6h9o-1 1xda-d 3lqm-1 2vh2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/509 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NCTC10712 Siglec

B: NCTC10712 Siglec

C: NCTC10712 Siglec

D: NCTC10712 Siglec

ヘテロ分子

94.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NCTC10712 Siglec

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NCTC10712 Siglec

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: NCTC10712 Siglec

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: NCTC10712 Siglec

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.786, 48.268, 99.823
Angle α, β, γ (deg.)	101.84, 91.39, 89.90
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	NCTC10712 Siglec 分子量: 23028.367 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 242-450 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mitis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 988 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.5, 32% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 96441 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (1.12_2829) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.6→47.241 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2078	4400	4.97 %
R_work	0.1803	-	-
obs	0.1817	88590	92.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.241 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6309	0	120	988	7417

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6653
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.924	9115
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.358	2469
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1061
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1214

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.3012	112	0.2939	2030	X-RAY DIFFRACTION	68
1.6182-1.6372	0.3108	147	0.2676	2338	X-RAY DIFFRACTION	77
1.6372-1.6572	0.3056	142	0.2504	2786	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6572-1.6782	0.328	156	0.2532	2775	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6782-1.7003	0.3037	141	0.2445	2867	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7003-1.7236	0.2747	152	0.2285	2973	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7236-1.7482	0.2712	145	0.2217	2823	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7482-1.7743	0.2263	169	0.213	2842	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7743-1.802	0.2764	172	0.2125	2875	X-RAY DIFFRACTION	94
1.802-1.8315	0.2338	150	0.1959	2837	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8315-1.8631	0.235	152	0.1969	2879	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8631-1.897	0.2003	145	0.1857	2905	X-RAY DIFFRACTION	93
1.897-1.9335	0.1961	147	0.1827	2844	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9335-1.973	0.2429	147	0.1827	2827	X-RAY DIFFRACTION	94
1.973-2.0159	0.2054	155	0.1779	2839	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0159-2.0628	0.1818	147	0.1725	2832	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0628-2.1143	0.1891	129	0.17	2906	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1143-2.1715	0.1749	149	0.167	2803	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1715-2.2354	0.2261	132	0.1652	2791	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2354-2.3076	0.2008	134	0.1669	2831	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3076-2.39	0.1789	160	0.1721	2767	X-RAY DIFFRACTION	92
2.39-2.4857	0.1994	146	0.1736	2781	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4857-2.5988	0.1713	152	0.1676	2745	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5988-2.7358	0.2039	160	0.1708	2779	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7358-2.9072	0.2044	138	0.1775	2786	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9072-3.1317	0.2313	128	0.1741	2846	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1317-3.4467	0.1925	188	0.1629	2896	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4467-3.9453	0.19	124	0.1568	3005	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9453-4.9697	0.1617	155	0.1556	2954	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9697-47.2617	0.2264	126	0.2139	3028	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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