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- PDB-3lqm: Structure of the IL-10R2 Common Chain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lqm
タイトルStructure of the IL-10R2 Common Chain
要素Interleukin-10 receptor subunit beta
キーワードPROTEIN BINDING / IL-10R2 / receptor / common chain / cytokine / IL-10 / IL-22 / IL-26 / IL-28 / IL-29 / Disulfide bond / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-10 receptor activity / interleukin-28 receptor complex / positive regulation of cellular respiration / type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / Other interleukin signaling / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-10 signaling / coreceptor activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT ...interleukin-10 receptor activity / interleukin-28 receptor complex / positive regulation of cellular respiration / type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / Other interleukin signaling / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-10 signaling / coreceptor activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to virus / signaling receptor activity / defense response to virus / immune response / inflammatory response / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-10 receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Yoon, S.I. / Walter, M.R.
引用ジャーナル: Structure / : 2010
タイトル: Structure and mechanism of receptor sharing by the IL-10R2 common chain.
著者: Yoon, S.I. / Jones, B.C. / Logsdon, N.J. / Harris, B.D. / Deshpande, A. / Radaeva, S. / Halloran, B.A. / Gao, B. / Walter, M.R.
履歴
登録2010年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32018年8月29日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.src_method
改定 1.42021年10月13日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-10 receptor subunit beta
B: Interleukin-10 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,21913
ポリマ-47,1672
非ポリマー1,05311
3,819212
1
A: Interleukin-10 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9645
ポリマ-23,5831
非ポリマー3804
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-10 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2568
ポリマ-23,5831
非ポリマー6727
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.839, 124.839, 84.223
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-10 receptor subunit beta / IL-10 receptor subunit beta / IL-10R subunit beta / IL-10RB / Interleukin-10 receptor subunit 2 / ...IL-10 receptor subunit beta / IL-10R subunit beta / IL-10RB / Interleukin-10 receptor subunit 2 / IL-10R subunit 2 / IL-10R2 / Cytokine receptor family 2 member 4 / CRF2-4 / Cytokine receptor class-II member 4


分子量: 23583.361 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular Domain / 変異: N49Q, N68Q, N102Q, C106S, S126C, N161Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Spodoptera frugiperda / 参照: UniProt: Q08334
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. all: 41552 / Num. obs: 40491 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 50

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CNS1.1精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.14→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.239 2016 random
Rwork0.21 --
all0.21 41552 -
obs0.21 38362 -
原子変位パラメータBiso mean: 37.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3283 0 56 212 3551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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