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万見
- PDB-6h9o: Complex of the periplasmic domains of bacterial cell division pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h9o
タイトルComplex of the periplasmic domains of bacterial cell division proteins FtsQ and FtsB
要素
  • Cell division protein FtsB
  • Cell division protein FtsQ
キーワードCELL CYCLE / bacterial cell division / divisome
機能・相同性
機能・相同性情報


FtsQBL complex / divisome complex / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / cell division / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cell division protein FtsQ/DivIB / Septum formation initiator FtsL/DivIC / Cell division protein FtsB / Septum formation initiator / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsQ, C-terminal / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type ...Cell division protein FtsQ/DivIB / Septum formation initiator FtsL/DivIC / Cell division protein FtsB / Septum formation initiator / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsQ, C-terminal / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / membrane protein fhac / POTRA domain / POTRA domain profile. / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein FtsB / Cell division protein FtsQ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli S88 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kureisaite-Ciziene, D. / Lowe, J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust202754/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)U105184326 英国
引用ジャーナル: MBio / 年: 2018
タイトル: Structural Analysis of the Interaction between the Bacterial Cell Division Proteins FtsQ and FtsB.
著者: Kureisaite-Ciziene, D. / Varadajan, A. / McLaughlin, S.H. / Glas, M. / Monton Silva, A. / Luirink, R. / Mueller, C. / den Blaauwen, T. / Grossmann, T.N. / Luirink, J. / Lowe, J.
履歴
登録2018年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsQ
B: Cell division protein FtsB
C: Cell division protein FtsQ
D: Cell division protein FtsB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3064
ポリマ－58,3064
非ポリマー00
水00
1
A: Cell division protein FtsQ
B: Cell division protein FtsB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1532
ポリマ－29,1532
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Cell division protein FtsQ
D: Cell division protein FtsB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1532
ポリマ－29,1532
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.221, 48.011, 131.619
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsQ


分子量: 26269.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ftsQ, b0093, JW0091 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06136
#2: タンパク質・ペプチド Cell division protein FtsB


分子量: 2883.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Met 77 in FtsB was replaced with Norleucin (Nle) as this is a synthetic peptide
由来: (合成) Escherichia coli S88 (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MKM2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.057 M potassium thiocyanate, 10 % PEG 550 MME, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 15922 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2374 / CC1/2: 0.686 / Rpim(I) all: 0.488 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VH1

2vh1


解像度: 2.8→29.834 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 30.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 1493 4.95 %
Rwork0.2299 --
obs0.2322 15922 92.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.834 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3574 0 0 0 3574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123640
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6374919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.5042235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008643
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.89040.38671710.35592697X-RAY DIFFRACTION96
2.8904-2.99360.39991430.31492727X-RAY DIFFRACTION96
2.9936-3.11330.31151570.30942661X-RAY DIFFRACTION97
3.1133-3.25480.35621430.2822667X-RAY DIFFRACTION95
3.2548-3.42620.35951010.27712718X-RAY DIFFRACTION94
3.4262-3.64050.31741320.24912497X-RAY DIFFRACTION90
3.6405-3.9210.27441330.23922569X-RAY DIFFRACTION90
3.921-4.31460.26231480.22362423X-RAY DIFFRACTION87
4.3146-4.93650.23191130.1892483X-RAY DIFFRACTION87
4.9365-6.21020.29961090.21832576X-RAY DIFFRACTION91
6.2102-29.8360.20581430.18162643X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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