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- PDB-6eb5: Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC2-3 V250N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eb5
タイトルCrystal Structure of Human Protocadherin-15 EC2-3 V250N
要素Protocadherin-15
キーワードCELL ADHESION / Mechanotransduction / Calcium-binding protein / stereocilia / hair cell / tip link
機能・相同性
機能・相同性情報


equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / photoreceptor outer segment / sensory perception of sound ...equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / photoreceptor outer segment / sensory perception of sound / cell adhesion / calcium ion binding / synapse / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protocadherin-15 / Extracellular cadherin domain / Extracellular Cadherin domain / : / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Choudhary, D. / Sotomayor, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)R01 DC015271 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural determinants of protocadherin-15 mechanics and function in hearing and balance perception.
著者: Choudhary, D. / Narui, Y. / Neel, B.L. / Wimalasena, L.N. / Klanseck, C.F. / De-la-Torre, P. / Chen, C. / Araya-Secchi, R. / Tamilselvan, E. / Sotomayor, M.
履歴
登録2018年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年10月7日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protocadherin-15
A: Protocadherin-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0228
ポリマ－58,7812
非ポリマー2406
水72140
1
B: Protocadherin-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5114
ポリマ－29,3911
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protocadherin-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5114
ポリマ－29,3911
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.184, 31.945, 115.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 124 - 367 / Label seq-ID: 6 - 249

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

-
要素

#1: タンパク質 Protocadherin-15


分子量: 29390.691 Da / 分子数: 2 / 変異: V250N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCDH15, USH1F / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: Q96QU1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.9, 0.15 M MgCl2, 32% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 17491 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Num. unique obs: 777 / % possible all: 89.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ULY

5uly


解像度: 2.6→39.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 25.139 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.117 / ESU R Free: 0.349 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27039 778 4.7 %RANDOM
Rwork0.23201 ---
obs0.23393 15827 93.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.917 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.12 Å2-0 Å2-1 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----3.59 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→39.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3626 0 6 40 3672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0143718
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1981.6735082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7411.6237676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2115449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.24923.204206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.14415576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5011522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02632
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1332.7741820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1322.7741819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0254.142261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0244.142262
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9122.8231898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.912.8231896
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5924.2052821
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.34731.2273661
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.33531.2263660
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6817 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.583→2.65 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 44 -
Rwork0.317 949 -
obs--75.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76750.2341-0.05911.9834-2.7395.0358-0.10210.08750.05570.03250.1992-0.0310.0153-0.3868-0.09710.0352-0.03470.00920.21090.05150.159449.1142.9562-0.4991
20.319-0.34780.57341.0924-1.62512.5752-0.03720.0360.0289-0.01430.012-0.01310.06140.01980.02520.076-0.02940.02430.06160.00790.226554.2389-22.648838.9044
30.6613-0.8879-0.51631.9542.10666.22420.0412-0.16410.1533-0.06870.22380.00850.1430.6027-0.26510.01880.0437-0.02470.2873-0.10050.188988.7983-12.522856.5541
40.66070.58081.10122.05962.03562.5794-0.0408-0.0578-0.01490.15170.04260.01430.0811-0.0352-0.00180.08580.03280.02230.0587-0.00470.206384.18-37.032116.2801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A123 - 235
2X-RAY DIFFRACTION1A403
3X-RAY DIFFRACTION2A236 - 367
4X-RAY DIFFRACTION2A401 - 402
5X-RAY DIFFRACTION3B124 - 235
6X-RAY DIFFRACTION3B403
7X-RAY DIFFRACTION4B236 - 367
8X-RAY DIFFRACTION4B401 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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