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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6e7l | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of a dimerized UUCG motif | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / UUCG tetraloop dimer | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å | データ登録者 | Montemayor, E.J. / Butcher, S.E. | 資金援助 | 米国, 3件 |
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019 タイトル: Structure of an RNA helix with pyrimidine mismatches and cross-strand stacking. 著者: Montemayor, E.J. / Virta, J.M. / Hagler, L.D. / Zimmerman, S.C. / Butcher, S.E. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019 タイトル: Structure of an RNA helix with pyrimidine mismatches and cross-strand stacking 著者: Montemayor, E.J. / Virta, J.M. / Hagler, L.D. / Zimmerman, S.C. / Butcher, S.E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6e7l.cif.gz | 23.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6e7l.ent.gz | 13.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6e7l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6e7l_validation.pdf.gz | 387.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6e7l_full_validation.pdf.gz | 389 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6e7l_validation.xml.gz | 3.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6e7l_validation.cif.gz | 3.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/6e7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/6e7l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7018.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 20 mM bis-tris pH 6.5 100 mM sodium HEPES pH 7.4 20 % PEG 3,350 20 % glycerol 10 % MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.59→77.86 Å / Num. obs: 2473 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.7 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 2.59→2.71 Å / 冗長度: 25.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 294 / CC1/2: 0.53 / Rpim(I) all: 0.593 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: ideal A-form RNA, single stranded 解像度: 2.59→36.993 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.98
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.59→36.993 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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