PDB-6e65: Crystal structure of malaria transmission-blocking antibody TB31F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6.0E+65

タイトル

Crystal structure of malaria transmission-blocking antibody TB31F

要素

TB31F Fab heavy chain
TB31F Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / malaria / transmission-blocking / antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Kundu, P. / Semesi, A. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural delineation of potent transmission-blocking epitope I on malaria antigen Pfs48/45.
著者: Kundu, P. / Semesi, A. / Jore, M.M. / Morin, M.J. / Price, V.L. / Liang, A. / Li, J. / Miura, K. / Sauerwein, R.W. / King, C.R. / Julien, J.P.

履歴

登録	2018年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月5日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e65.cif.gz	187.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e65.ent.gz	146.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e62C 6e63C 6e64C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vz1-2 3lrs-4 1m7d-d 5ihz-3 3u36-4 6cdp-d 4kte-d 2uyl-1 3gnm-d 6xun-1 1mjj-1 7jkb-d 4ojf-d 3uyr-d 5mub-6 1iqw-d 4dn3-d 6mfj-1 3fzu-1 7c95-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: TB31F Fab light chain

H: TB31F Fab heavy chain

47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.680, 70.720, 115.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	TB31F Fab light chain 分子量: 23169.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	TB31F Fab heavy chain 分子量: 23841.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 10% (v/v) 2-propanol, 20% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.999977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→44.7 Å / Num. obs: 73693 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 12770 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.5→44.698 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.187	2000	2.72 %
R_work	0.1749	-	-
obs	0.1752	73616	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.698 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3282	0	0	530	3812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3367
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.899	4591
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.849	1213
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	515
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5375	0.316	141	0.2677	5050	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5375-1.5791	0.2448	141	0.246	5031	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5791-1.6256	0.2552	140	0.2331	5034	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6256-1.678	0.2389	141	0.2238	5046	X-RAY DIFFRACTION	100
1.678-1.738	0.2429	142	0.2165	5108	X-RAY DIFFRACTION	100
1.738-1.8076	0.2389	143	0.1976	5079	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8076-1.8899	0.1986	141	0.1856	5044	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-1.9895	0.1844	142	0.1712	5108	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9895-2.1141	0.1757	142	0.1721	5073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1141-2.2774	0.1897	143	0.1703	5120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2774-2.5065	0.2225	144	0.182	5158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5065-2.8692	0.211	143	0.1824	5136	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8692-3.6146	0.1636	145	0.162	5203	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6146-44.718	0.1476	152	0.1515	5426	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0197	0.008	-0.0337	0.0109	0.0193	0.0262	-0.1076	-0.0289	-0.007	0.0776	0.0335	0.1399	0.2903	-0.0765	0	0.1648	-0.0045	-0.0044	0.1315	-0.0267	0.1911	-1.8968	-4.9689	1.4674
2	0.029	-0.0342	-0.0244	0.0271	-0.0127	0.0241	0.0499	0.0208	0.086	-0.212	-0.137	-0.0416	0.0777	0.0954	0	0.122	0.0077	-0.042	0.1089	-0.0635	0.0943	-1.0554	0.8694	-7.0437
3	0.0054	-0.0141	0.0108	0.0142	0.0003	0.0088	0.08	0.0398	-0.1784	-0.2166	-0.0733	0.1046	0.1827	-0.0368	-0	0.2696	0.1336	0.0641	-0.2201	-0.4453	-0.2141	2.592	-7.1555	-10.9942
4	0.0234	-0.032	-0.0734	0.0449	0.0423	0.0879	-0.0646	0.0831	-0.0394	-0.0925	0.0317	0.0264	0.0687	0.0619	0	0.1324	0.0066	-0.0181	0.1134	-0.0294	0.0964	0.7645	-0.624	-2.4568
5	-0.01	-0.0113	-0.0325	0.0042	-0.0357	0.0364	-0.0252	-0.0024	0.0438	0.0892	-0.0349	-0.0601	0.0267	0.0003	0	0.0831	0.0116	-0.0045	0.0634	0.0014	0.1061	-2.6053	10.9142	27.8245
6	0.0092	0.0086	0.0001	0.0157	0.0186	0.0285	-0.0358	0.0925	0.0131	-0.0394	-0.0042	0.0248	0.0869	-0.0063	0	0.0975	0.0081	-0.0034	0.0913	0.0108	0.1144	-7.052	5.1773	19.4214
7	0.0039	0.0018	-0.0016	0.0008	0.0004	-0.0024	-0.0826	-0.0321	-0.0338	-0.1313	-0.0988	-0.1357	-0.058	0.0441	0	0.0742	0.008	0.0439	0.1297	0.0363	0.1817	9.3624	6.2866	17.1993
8	0.0054	0.0059	0.0158	0.0069	0.0052	0.0167	-0.0054	0.0044	-0.0518	-0.0574	-0.0056	0.0637	-0.0744	-0.0441	0	0.0828	0.0052	0.0002	0.1006	0.0109	0.1154	-12.788	14.6549	27.5714
9	0.0048	-0.003	0.0055	-0.0089	0.0049	0.0038	0.0769	-0.0257	-0.0422	-0.0564	0.0264	0.0426	0.0442	-0.0341	-0	0.0764	-0.0053	0.0053	0.0645	0.0123	0.1304	-10.6728	3.6944	26.0121
10	0.023	0.009	0.0168	0.0083	-0.0025	0.0092	0.0109	-0.107	-0.0901	-0.0233	0.1626	0.0231	0.0616	-0.1586	0	0.1681	0.0003	0.0069	0.0525	0.0007	0.1303	-7.6435	1.7674	28.6627
11	0.1559	-0.0021	0.0265	0.1056	-0.1226	0.125	-0.0195	0.2309	0.2378	0.4661	-0.0194	-0.2156	0.2761	-0.1006	-0	-0.033	-0.0006	0.0351	0.182	0.0162	0.0677	-2.555	18.0385	-10.8079
12	0.0298	-0.0172	0.0249	0.2392	0.089	0.1052	0.0338	0.059	-0.061	0.0087	0.055	-0.0218	0.0147	0.0318	-0	0.1075	0.0025	-0.0351	0.0674	0.0136	0.1053	4.4472	19.4086	29.4563

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 26 through 48 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 49 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 69 through 106A)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 107 through 137 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 138 through 161 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 162 through 173 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 174 through 187 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 188 through 197 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 198 through 210 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 1 through 111 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 112 through 214 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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