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万見
- PDB-6e63: Crystal structure of malaria transmission-blocking antigen Pfs48/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+63
タイトルCrystal structure of malaria transmission-blocking antigen Pfs48/45 6C in complex with antibody TB31F
要素
  • Pf48/45
  • TB31F Fab heavy chain
  • TB31F Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / malaria / transmission-blocking / antigen / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pf48/45 / Gametocyte surface protein P45/48
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kundu, P. / Semesi, A. / Julien, J.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1108403 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural delineation of potent transmission-blocking epitope I on malaria antigen Pfs48/45.
著者: Kundu, P. / Semesi, A. / Jore, M.M. / Morin, M.J. / Price, V.L. / Liang, A. / Li, J. / Miura, K. / Sauerwein, R.W. / King, C.R. / Julien, J.P.
履歴
登録2018年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Pf48/45
H: TB31F Fab heavy chain
L: TB31F Fab light chain
A: Pf48/45
B: TB31F Fab heavy chain
C: TB31F Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,8718
ポリマ－124,6876
非ポリマー1842
水3,405189
1
P: Pf48/45
H: TB31F Fab heavy chain
L: TB31F Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4364
ポリマ－62,3433
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area24550 Å2
手法PISA
2
A: Pf48/45
B: TB31F Fab heavy chain
C: TB31F Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4364
ポリマ－62,3433
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area24120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.994, 120.907, 177.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-328-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pf48/45


分子量: 15332.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8QVT1, UniProt: Q8I6T1*PLUS
#2: 抗体 TB31F Fab heavy chain


分子量: 23841.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 TB31F Fab light chain


分子量: 23169.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 22% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.9 Å / Num. obs: 35359 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3678 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.6→49.899 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 1765 5 %
Rwork0.2018 --
obs0.2037 35294 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.899 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8447 0 12 189 8648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7611802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9913135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.67030.3791310.31872479X-RAY DIFFRACTION100
2.6703-2.74890.32731350.28022569X-RAY DIFFRACTION100
2.7489-2.83760.26961320.25812502X-RAY DIFFRACTION100
2.8376-2.9390.32941350.25172559X-RAY DIFFRACTION100
2.939-3.05660.28521350.24772561X-RAY DIFFRACTION100
3.0566-3.19570.23951330.21442529X-RAY DIFFRACTION100
3.1957-3.36420.24541350.20882556X-RAY DIFFRACTION100
3.3642-3.57490.22571350.19672558X-RAY DIFFRACTION100
3.5749-3.85080.2191350.20172576X-RAY DIFFRACTION100
3.8508-4.23820.24011360.17192595X-RAY DIFFRACTION100
4.2382-4.8510.18361380.15282615X-RAY DIFFRACTION100
4.851-6.110.22441400.17782647X-RAY DIFFRACTION100
6.11-49.90790.22011450.19332783X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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