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- PDB-6u9s: Crystal structure of human CD81 large extracellular loop in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u9s
タイトルCrystal structure of human CD81 large extracellular loop in complex with 5A6 Fab
要素
  • 5A6 FAB Heavy Chain
  • 5A6 FAB Light Chain
  • CD81 antigen
キーワードCELL ADHESION / tetraspanin / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / macrophage fusion / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / osteoclast fusion / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of macrophage migration ...positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / macrophage fusion / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / osteoclast fusion / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of macrophage migration / immunological synapse formation / transferrin receptor binding / tetraspanin-enriched microdomain / protein localization to lysosome / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / MHC class II protein binding / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cholesterol binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / immunological synapse / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of B cell proliferation / basal plasma membrane / Regulation of Complement cascade / protein localization to plasma membrane / regulation of protein stability / receptor internalization / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class II protein complex binding / integrin binding / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / vesicle / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cd81 Antigen, Extracellular Domain; Chain: A / Tetraspanin / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Cd81 Antigen, Extracellular Domain; Chain: A / Tetraspanin / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Susa, K.J. / Seegar, T.C.M. / Blacklow, S.C.B. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA220340 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)F31 HL147459 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: A dynamic interaction between CD19 and the tetraspanin CD81 controls B cell co-receptor trafficking.
著者: Susa, K.J. / Seegar, T.C. / Blacklow, S.C. / Kruse, A.C.
履歴
登録2019年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5A6 FAB Heavy Chain
B: 5A6 FAB Light Chain
C: CD81 antigen
D: 5A6 FAB Heavy Chain
E: 5A6 FAB Light Chain
F: CD81 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,5969
ポリマ－119,3196
非ポリマー2763
水6,449358
1
A: 5A6 FAB Heavy Chain
B: 5A6 FAB Light Chain
C: CD81 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8445
ポリマ－59,6603
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
2
D: 5A6 FAB Heavy Chain
E: 5A6 FAB Light Chain
F: CD81 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7524
ポリマ－59,6603
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.003, 96.858, 297.091
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: 抗体 5A6 FAB Heavy Chain


分子量: 24620.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 5A6 FAB Light Chain


分子量: 24186.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 CD81 antigen / 26 kDa cell surface protein TAPA-1 / Target of the antiproliferative antibody 1 / Tetraspanin-28 / Tspan-28


分子量: 10852.978 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD81, TAPA1, TSPAN28 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60033
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.2 Magnesium formate dihydrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.0, 18% w/v PEG MME 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.52 Å / Num. obs: 46501 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 42.71 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.94
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / Num. unique obs: 7210 / CC1/2: 0.166

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S1D, 5TCX

4s1d

5tcx


解像度: 2.4→49.52 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.2686
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2808 1747 4.29 %
Rwork0.2144 38998 -
obs0.2172 40745 87.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7974 0 18 358 8350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00288166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.537311133
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00361429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.25262892
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.470.55091030.45152442X-RAY DIFFRACTION66.16
2.47-2.550.44151150.40622524X-RAY DIFFRACTION69.19
2.55-2.640.46811240.38012761X-RAY DIFFRACTION74.95
2.64-2.740.4091340.34392917X-RAY DIFFRACTION79.6
2.74-2.870.34141370.3093086X-RAY DIFFRACTION83.2
2.87-3.020.39351430.28933245X-RAY DIFFRACTION88.64
3.02-3.210.32651520.2563396X-RAY DIFFRACTION92.11
3.21-3.460.27961580.22573529X-RAY DIFFRACTION94.83
3.46-3.80.26441650.18583664X-RAY DIFFRACTION98.03
3.8-4.350.2321680.1563727X-RAY DIFFRACTION98.78
4.35-5.480.20981710.14833763X-RAY DIFFRACTION98.67
5.48-49.520.23441770.18153944X-RAY DIFFRACTION98.03
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.417189629091.26627726333-2.013074001855.77909343758-1.484900240844.79301375197-0.2654230962580.0587034315998-0.3907399303160.115269587748-0.02428638735220.1136945355620.68985359237-0.07454219938970.2805066843320.339853862106-0.01033066709290.1113523629780.272307903215-0.04337076725720.561948917627-17.8198610571-21.4942298665-54.8634410664
23.55978304862-3.20183332358-3.286992883059.30805128722-0.4508994927232.76531329373-0.145961435636-0.8955164091350.5171371884250.6737939334520.389148460521-0.6315875447771.094746371670.03244066966380.1862441824250.392900318494-0.06576999773370.01230253014460.763839805504-0.1029070811850.728426918959-36.6417105029-22.6926903059-21.7392052035
39.593974072042.67717120005-1.558538722277.46658789755-2.05311656323.45133368563-0.2938315382360.2971919273810.0421168976785-0.5325325876750.2142816784960.5391808592610.579300924474-0.6236112440850.1827477247470.482684660361-0.04769739626390.0005037979994260.5561965016590.04750725232090.431185955779-39.9266105241-19.5544373067-26.4204034934
44.809677107081.0328163222-0.6892806582451.42530714202-1.446828637314.888867665680.414569606536-0.688131506937-0.3586847573030.396502939017-0.431535000836-0.278318492184-0.1257939821040.7105628618930.07688066998680.391009907968-0.0912858369103-0.09216582256930.5329345344130.03914385754280.533000672764-8.79695886817-2.80594448118-37.9568363017
54.775427992040.7423008348863.501324646547.18829637711-3.709077653482.07744764722-0.432153023662-0.2882177233310.21074854483-0.036591349967-0.194647882353-1.160913996860.1463372087231.254422726960.6163493434880.2526923995450.0760126614654-0.06046293100780.7704778415760.05431297054370.8145762996061.83781184962-3.80962359428-56.5449024122
63.131425421171.49951298008-2.742293729292.77324920374-1.433891640455.014729967920.19283509981-0.3164425354210.2813861228180.303098033681-0.128131298357-0.0355495359927-0.3144061710240.249007282579-0.1355198989110.294494680357-0.00463231312791-0.03502443664240.337530941923-0.02301487716310.458850977466-14.0410486219-2.23489463875-44.1177636276
73.766458818132.07761487916-1.36296812219.54512598889-5.492555888288.838933342670.251606518528-1.55007844339-0.3940305745920.541560832594-0.634293745342-0.475460399270.06233696947251.19217574130.3578498938570.448206738858-0.01008365155740.05937380848321.077906762860.05352642847110.471399988332-27.4851426646-18.907699473-14.6039646022
89.565685885692.76251025115-5.922883581023.88919839026-1.904600797068.136220078150.781942545365-0.3949595103441.345590678350.463570761331-0.007493886079990.0652430735716-1.056337934760.240384438331-0.7054186628980.331862136884-0.00224257385155-0.002696168306380.303733881695-0.01451152629270.733066191969-4.9309118027713.4148034827-73.798691603
94.652645737031.47268352367-1.183686315874.042940466950.9272469709336.5114616482-0.087187611875-0.1822686954750.533369335406-0.248537708797-0.1090670335720.06090679617180.0727200575095-1.094284845050.1517742476780.183467916732-0.003067203861340.00695300610720.463543919042-0.01651668096780.593123151242-12.81372660613.98145293221-73.550725126
102.589130988993.830128998392.809072482959.09079587643-0.2360963296668.14863588394-0.351983062480.330154481852-0.188679342748-0.5274274075030.197707152239-0.4908098209470.4344068944820.2188008230970.1233673080560.219241960760.003710950471340.05821447096820.3506544667950.006206424431060.430670791428-10.5131552022-4.31785288789-66.3303075094
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126.678989289342.06247297159-0.2588810843747.16367644648-2.943339378939.92178906052-0.658173297147-0.34437745027-0.9841181224950.3119918682310.180436768050.08774354908622.02601769467-0.5138825590640.4809183941820.880926171193-0.01299195657860.2387763086050.497243100617-0.04691854544540.652320968223-12.6068467897-65.1193167014-39.3852906432
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 117 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 118 through 151 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 152 through 221 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 25 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 26 through 38 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 39 through 118 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 119 through 219 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 111 through 136 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 137 through 162 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 163 through 189 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 190 through 202 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 64 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 65 through 130 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 131 through 219 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 1 through 13 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 14 through 38 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 39 through 81 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 82 through 96 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 97 through 133 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 134 through 151 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 152 through 177 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 178 through 191 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 192 through 218 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 112 through 136 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 137 through 165 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 166 through 189 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 190 through 202 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る