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- PDB-6u9s: Crystal structure of human CD81 large extracellular loop in compl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u9s | |||||||||
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Title | Crystal structure of human CD81 large extracellular loop in complex with 5A6 Fab | |||||||||
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![]() | CELL ADHESION / tetraspanin / antibody | |||||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion ...positive regulation of adaptive immune memory response / positive regulation of protein catabolic process in the vacuole / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion / transferrin receptor binding / immunological synapse formation / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / protein localization to lysosome / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / MHC class II protein binding / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cholesterol binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / immunological synapse / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of receptor clustering / basal plasma membrane / Regulation of Complement cascade / protein localization to plasma membrane / regulation of protein stability / receptor internalization / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / MHC class II protein complex binding / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / vesicle / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Susa, K.J. / Seegar, T.C.M. / Blacklow, S.C.B. / Kruse, A.C. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A dynamic interaction between CD19 and the tetraspanin CD81 controls B cell co-receptor trafficking. Authors: Susa, K.J. / Seegar, T.C. / Blacklow, S.C. / Kruse, A.C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 355.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 266.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 266.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 1.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 24620.676 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 24186.023 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 10852.978 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: 0.2 Magnesium formate dihydrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.0, 18% w/v PEG MME 5000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 5, 2018 |
Radiation | Monochromator: Cryo-Cooled double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→49.52 Å / Num. obs: 46501 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 42.71 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.94 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.54 Å / Num. unique obs: 7210 / CC1/2: 0.166 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4S1D, 5TCX Resolution: 2.4→49.52 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 32.2686 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 78.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→49.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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