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- PDB-6e56: Human antibody H2214 in complex with influenza hemagglutinin A/Ai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+56
タイトルHuman antibody H2214 in complex with influenza hemagglutinin A/Aichi/2/1968 (X-31) (H3N2)
要素
  • (antibody H2214 ...) x 2
  • Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / influenza antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / : / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / : / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ribbon / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Hemagglutinin / IGK@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI089618 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1U19AI117892-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI128832 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Antibodies to a Conserved Influenza Head Interface Epitope Protect by an IgG Subtype-Dependent Mechanism.
著者: Watanabe, A. / McCarthy, K.R. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G. / Adachi, Y. / Onodera, T. / Tonouchi, K. / Caradonna, T.M. / Bajic, G. / Song, S. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Feng, F. / ...著者: Watanabe, A. / McCarthy, K.R. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G. / Adachi, Y. / Onodera, T. / Tonouchi, K. / Caradonna, T.M. / Bajic, G. / Song, S. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Feng, F. / Urick, P. / Kepler, T.B. / Takahashi, Y. / Harrison, S.C. / Kelsoe, G.
履歴
登録2018年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Hemagglutinin
A: Hemagglutinin
H: antibody H2214 heavy chain
G: antibody H2214 heavy chain
I: antibody H2214 light chain, K1642
J: antibody H2214 light chain, K1642
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,03911
ポリマ－165,0546
非ポリマー9855
水16,015889
1
D: Hemagglutinin
G: antibody H2214 heavy chain
I: antibody H2214 light chain, K1642
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2326
ポリマ－82,5273
非ポリマー7053
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Hemagglutinin
H: antibody H2214 heavy chain
J: antibody H2214 light chain, K1642
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8075
ポリマ－82,5273
非ポリマー2802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.550, 98.710, 224.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 DA

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 31993.994 Da / 分子数: 2 / 断片: head domain (UNP residues 53-335) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Aichi/2/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / プラスミド: pFB / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P03437

-
抗体 , 2種, 4分子 HGIJ

#2: 抗体 antibody H2214 heavy chain


分子量: 26955.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHV3-23*01 / プラスミド: pVRC / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 antibody H2214 light chain, K1642


分子量: 23577.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKV3-15*01 / プラスミド: pVRC / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PIL8

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 891分子

#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 889 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.25 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM sodium chloride, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 20% w/v PEG2000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月23日
放射モノクロメーター: single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.851 Å / Num. obs: 117279 / % possible obs: 99.38 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1061 / Net I/σ(I): 10.67
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1214 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 66956 / CC1/2: 0.544 / % possible all: 99.92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 6B0A, 4FP8, 5Y11, 4YK4

6b0a

4fp8

5y11

4yk4


解像度: 2→48.851 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.34
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2144 5842 5.01 %random selection
Rwork0.1876 ---
obs0.189 116544 99.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11001 0 0 889 11890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411282
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65215367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.5656683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051977
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02270.30411910.29683659X-RAY DIFFRACTION100
2.0227-2.04650.32041700.30623692X-RAY DIFFRACTION100
2.0465-2.07150.32911900.2933630X-RAY DIFFRACTION100
2.0715-2.09770.28772100.28353704X-RAY DIFFRACTION100
2.0977-2.12530.29111780.26423648X-RAY DIFFRACTION100
2.1253-2.15440.25442140.25883680X-RAY DIFFRACTION100
2.1544-2.18520.26922180.25123607X-RAY DIFFRACTION100
2.1852-2.21780.27482160.25763661X-RAY DIFFRACTION100
2.2178-2.25250.30772050.25183629X-RAY DIFFRACTION100
2.2525-2.28940.26691950.24273642X-RAY DIFFRACTION99
2.2894-2.32890.29582130.23893661X-RAY DIFFRACTION100
2.3289-2.37120.24881920.22753659X-RAY DIFFRACTION100
2.3712-2.41680.25731950.22213721X-RAY DIFFRACTION100
2.4168-2.46620.26471880.21323661X-RAY DIFFRACTION100
2.4662-2.51980.24831750.21793701X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.57840.24982000.20863687X-RAY DIFFRACTION100
2.5784-2.64290.25391860.20573670X-RAY DIFFRACTION100
2.6429-2.71430.23581990.20633700X-RAY DIFFRACTION100
2.7143-2.79420.27322040.20763702X-RAY DIFFRACTION100
2.7942-2.88440.24581900.20833669X-RAY DIFFRACTION99
2.8844-2.98740.25531860.23718X-RAY DIFFRACTION99
2.9874-3.1070.23652150.20253663X-RAY DIFFRACTION99
3.107-3.24840.22311840.18993655X-RAY DIFFRACTION98
3.2484-3.41960.21081990.18293677X-RAY DIFFRACTION99
3.4196-3.63380.17441970.17383693X-RAY DIFFRACTION99
3.6338-3.91430.18722010.15943740X-RAY DIFFRACTION99
3.9143-4.3080.17151910.1463730X-RAY DIFFRACTION99
4.308-4.93080.14891690.12633767X-RAY DIFFRACTION99
4.9308-6.21030.16881820.15113762X-RAY DIFFRACTION98
6.2103-48.86510.1691890.17363914X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.98850.05911.04810.42440.33912.7465-0.06810.2954-0.0247-0.22860.0682-0.0006-0.16070.14660.06360.3722-0.0153-0.00350.33590.01170.330526.5461226.2283236.1788
22.3919-1.09310.25692.34930.00371.51630.02890.06780.2246-0.0103-0.0151-0.4014-0.17520.20240.00740.2848-0.0649-0.02040.28560.01460.327435.2647238.5641255.1658
31.0669-0.761-0.33332.44480.21751.09490.0203-0.0609-0.03360.0829-0.019-0.01520.0250.1048-0.00230.2176-0.02290.00360.29240.01710.228331.5805229.844258.6508
43.8572-0.15791.79220.6021-0.37672.8093-0.20750.3114-0.15550.07180.22340.20430.0691-0.05680.02650.46240.025-0.09020.4828-0.03360.443515.0282218.5412226.5751
52.00810.24640.32750.48610.02553.3709-0.010.1589-0.1136-0.25690.03410.2257-0.0473-0.3627-0.00360.3420.0169-0.05070.2713-0.02810.3554-5.6892128.1644252.5756
61.04520.06760.03471.20860.48621.08320.0195-0.093-0.1066-0.0314-0.01880.01190.00540.0082-0.00390.2351-0.00290.00380.26260.02460.26848.2024122.4209270.0506
75.77230.17741.95951.3512-1.38323.3580.04140.5525-0.1439-0.20790.1409-0.07920.2917-0.6679-0.07650.43550.0133-0.12850.5136-0.03660.3436-10.8549131.1883242.0049
82.4870.3354-0.18971.77780.57452.7954-0.32350.25180.741-0.00920.5942-0.039-0.71230.493-0.21160.6043-0.0905-0.07840.7066-0.04930.5276-4.1635138.4912233.8964
94.7437-3.8312-1.15715.15721.90383.2010.59230.13880.2061-0.6198-0.2303-0.0628-0.5263-0.0383-0.31180.3108-0.0244-0.05450.31180.02270.282-12.3424160.1656259.7666
102.245-0.7570.65591.2051-0.59110.96920.01780.02510.1496-0.0756-0.05440.00670.13920.01090.04370.25030.012-0.00810.24810.02940.2549-5.7364153.5011264.1088
112.5684-1.664-0.95962.95870.12332.67030.06120.0297-0.1351-0.0732-0.03630.2803-0.08190.0175-0.01170.2414-0.0252-0.01430.2954-0.0030.3363-12.1724148.5356266.5688
122.4633-1.0769-0.49463.30370.24230.07420.01610.11780.33430.06640.0412-0.20450.032-0.1037-0.03480.27010.0048-0.03410.32760.00430.228-3.9906152.537266.028
130.20320.31520.15361.8876-0.43850.3195-0.03740.04650.0382-0.18730.21370.08990.0312-0.0376-0.1450.282-0.02340.00450.3240.04380.2706-7.8439165.1676263.7473
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 40 through 115 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 116 through 175 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 176 through 265 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 266 through 312 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 40 through 115 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 116 through 265 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 266 through 288 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 289 through 311 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 1 through 17 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 18 through 51 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 52 through 83 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 84 through 109 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 110 through 140 )
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15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 174 through 204 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 205 through 229 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 1 through 17 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 18 through 51 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 52 through 83 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 84 through 119 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 120 through 135 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 136 through 204 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 205 through 230 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'I' and (resid 1 through 18 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'I' and (resid 19 through 38 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'I' and (resid 39 through 75 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'I' and (resid 76 through 103 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'I' and (resid 104 through 114 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'I' and (resid 115 through 129 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'I' and (resid 130 through 151 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'I' and (resid 152 through 175 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'I' and (resid 176 through 189 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'I' and (resid 190 through 212 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'J' and (resid 1 through 18 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'J' and (resid 19 through 38 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'J' and (resid 39 through 75 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'J' and (resid 76 through 91 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'J' and (resid 92 through 103 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'J' and (resid 104 through 114 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'J' and (resid 115 through 129 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'J' and (resid 130 through 151 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'J' and (resid 152 through 175 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'J' and (resid 176 through 212 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る