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万見
- PDB-6e53: Structure of TERT in complex with a novel telomerase inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+53
タイトルStructure of TERT in complex with a novel telomerase inhibitor
要素
  • RNA/DNA hairpin
  • Telomerase reverse transcriptase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / telomerase / catalytic subunit / telomerase inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere maintenance / RNA-directed DNA polymerase / telomerase activity / chromosome, telomeric region / DNA binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2210 / Telomerase reverse transcriptase (TERT), thumb domain / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 - #20 / Alpha-Beta Plaits - #2630 / Telomerase reverse transcriptase, thumb DNA-binding domain / Telomerase reverse transcriptase thumb DNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2210 / Telomerase reverse transcriptase (TERT), thumb domain / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 - #20 / Alpha-Beta Plaits - #2630 / Telomerase reverse transcriptase, thumb DNA-binding domain / Telomerase reverse transcriptase thumb DNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HUV / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hernandez-Sanchez, W. / Huang, W. / Plucinsky, B. / Garcia-Vazquez, N. / Berdis, A.J. / Skordalakes, E. / Taylor, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)CA201312-02 米国
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2019
タイトル: A non-natural nucleotide uses a specific pocket to selectively inhibit telomerase activity.
著者: Hernandez-Sanchez, W. / Huang, W. / Plucinsky, B. / Garcia-Vazquez, N. / Robinson, N.J. / Schiemann, W.P. / Berdis, A.J. / Skordalakes, E. / Taylor, D.J.
履歴
登録2018年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase reverse transcriptase
E: RNA/DNA hairpin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3335
ポリマ－77,7532
非ポリマー5803
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area31950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.020, 52.100, 100.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Telomerase reverse transcriptase


分子量: 70588.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
遺伝子: TERT, TcasGA2_TC010963
発現宿主: Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
参照: UniProt: Q0QHL8, RNA-directed DNA polymerase
#2: DNA/RNAハイブリッド RNA/DNA hairpin


分子量: 7164.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
発現宿主: Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-HUV / methyl 1-{2-deoxy-5-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-alpha-D-erythro-pentofuranosyl}-1H-indole-5-carboxylate


分子量: 531.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20NO14P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 8% PEG8000, 0.1 M potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 20467 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.26
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 18 % / Num. unique obs: 1608 / CC1/2: 0.521 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KYL

3kyl


解像度: 2.8→19.986 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 1022 5 %
Rwork0.2302 --
obs0.2331 20452 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4983 474 35 0 5492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055679
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8857767
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.9263341
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006882
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.94720.38941440.3452720X-RAY DIFFRACTION100
2.9472-3.13120.431440.2982763X-RAY DIFFRACTION100
3.1312-3.37190.3041450.26372753X-RAY DIFFRACTION100
3.3719-3.70930.28561470.23492788X-RAY DIFFRACTION100
3.7093-4.24160.28721450.21872752X-RAY DIFFRACTION100
4.2416-5.32710.23561470.2052798X-RAY DIFFRACTION100
5.3271-19.98610.27251500.20092856X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.6028 Å / Origin y: -6.9832 Å / Origin z: 125.0397 Å
111213212223313233
T0.2824 Å2-0.0399 Å2-0.049 Å2-0.2874 Å20.104 Å2--0.2783 Å2
L2.9232 °2-0.0918 °2-1.6687 °2-1.8732 °20.5319 °2--2.9752 °2
S0.1372 Å °-0.5535 Å °-0.1795 Å °0.1194 Å °-0.1342 Å °0.1043 Å °0.1254 Å °-0.3934 Å °-0.0799 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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