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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6.0E+53 | ||||||
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タイトル | Structure of TERT in complex with a novel telomerase inhibitor | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / telomerase (テロメラーゼ) / catalytic subunit / telomerase inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 telomerase RNA reverse transcriptase activity / 逆転写酵素 / chromosome, telomeric region / DNA binding / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Tribolium castaneum (コクヌストモドキ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Hernandez-Sanchez, W. / Huang, W. / Plucinsky, B. / Garcia-Vazquez, N. / Berdis, A.J. / Skordalakes, E. / Taylor, D.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2019 タイトル: A non-natural nucleotide uses a specific pocket to selectively inhibit telomerase activity. 著者: Hernandez-Sanchez, W. / Huang, W. / Plucinsky, B. / Garcia-Vazquez, N. / Robinson, N.J. / Schiemann, W.P. / Berdis, A.J. / Skordalakes, E. / Taylor, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6e53.cif.gz | 301.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6e53.ent.gz | 238.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6e53.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/6e53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/6e53 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3kylS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70588.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ) 遺伝子: TERT, TcasGA2_TC010963 発現宿主: Tribolium castaneum (コクヌストモドキ) 参照: UniProt: Q0QHL8, 逆転写酵素 | ||
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#2: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 7164.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ) 発現宿主: Tribolium castaneum (コクヌストモドキ) | ||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-HUV / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 8% PEG8000, 0.1 M potassium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 20467 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.26 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 18 % / Num. unique obs: 1608 / CC1/2: 0.521 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3KYL 解像度: 2.8→19.986 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.986 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 1.6028 Å / Origin y: -6.9832 Å / Origin z: 125.0397 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |