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- PDB-3kyl: Structure of the catalytic subunit of telomerase bound to its RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kyl
タイトルStructure of the catalytic subunit of telomerase bound to its RNA template and telomeric DNA
要素
  • DNA/RNA (5'-R(*CP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*C)-D(P*TP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3')
  • Telomerase reverse transcriptase
キーワードNUCLEIC ACID BINDING PROTEIN/DNA/RNA / Reverse Transcriptase / Protein-RNA-DNA complex / TELOMERASE / RNA-directed DNA polymerase / NUCLEIC ACID BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere maintenance / RNA-directed DNA polymerase / telomerase activity / chromosome, telomeric region / DNA binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2210 / Telomerase reverse transcriptase (TERT), thumb domain / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 - #20 / Alpha-Beta Plaits - #2630 / Telomerase reverse transcriptase, thumb DNA-binding domain / Telomerase reverse transcriptase thumb DNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2210 / Telomerase reverse transcriptase (TERT), thumb domain / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 - #20 / Alpha-Beta Plaits - #2630 / Telomerase reverse transcriptase, thumb DNA-binding domain / Telomerase reverse transcriptase thumb DNA binding domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #70 / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Skordalakes, E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for telomerase catalytic subunit TERT binding to RNA template and telomeric DNA.
著者: Mitchell, M. / Gillis, A. / Futahashi, M. / Fujiwara, H. / Skordalakes, E.
履歴
登録2009年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase reverse transcriptase
E: DNA/RNA (5'-R(*CP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*C)-D(P*TP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1073
ポリマ－78,0822
非ポリマー241
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area32290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.231, 52.782, 101.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Telomerase reverse transcriptase


分子量: 70588.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
遺伝子: TERT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Roseta (pLysS) / 参照: UniProt: Q0QHL8
#2: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-R(*CP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*C)-D(P*TP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3')


分子量: 7493.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes 7.5, 10% PEG 4K, 0.2M KCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 175 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9788 Å
検出器日付: 2009年4月15日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25.51 Å / Num. obs: 19815 / % possible obs: 93.26 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
PHASER位相決定
ELVES精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→25.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / SU B: 38.826 / SU ML: 0.358 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.427 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28711 1030 4.9 %RANDOM
Rwork0.24234 ---
obs0.24456 19815 93.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.593 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.24 Å20 Å22.05 Å2
2---1.5 Å20 Å2
3----1.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4983 496 1 55 5535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225669
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8332.0727752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5165595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2322.979235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.54815961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5171532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.22462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.23788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1450.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0810.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3751.53059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66724878
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.57533106
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.944.52874
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 78 -
Rwork0.297 1385 -
obs--88.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31590.2233-0.27420.08570.15540.91090.05830.1236-0.0501-0.0459-0.05050.1713-0.03-0.2509-0.0078-0.11910.02310.03250.03160.03940.0848-11.5963-2.914532.4856
20.47970.3862-0.01160.65170.0880.4640.00460.05170.02-0.00610.00530.04590.0328-0.0489-0.01-0.05960.0219-0.020.0233-0.0058-0.021324.8546-11.541110.9584
30.9420.2343-0.04240.33950.1150.65150.00060.0086-0.00740.0350.00270.0248-0.0605-0.0222-0.0033-0.02410.014-0.0099-0.01360.0141-0.031121.46588.706438.2969
40.1080.207-0.05661.15930.16150.1251-0.01380.0557-0.0119-0.07080.02340.09040.011-0.0261-0.0096-0.00860.0087-0.06660.04650.00980.015521.8257-14.290434.0969
50.1520.07140.00070.23350.0530.1876-0.01120.0189-0.0205-0.02850.03790.0178-0.042-0.0069-0.0267-0.09960.0122-0.0651-0.00470.01440.024323.201-5.042526.3125
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2A156 - 403
3X-RAY DIFFRACTION3A404 - 596
4X-RAY DIFFRACTION4E1 - 23
5X-RAY DIFFRACTION5W1 - 55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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