PDB-6dwa: Structure of the 4497 Antibody Fab fragment bound to a Staphyloco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dwa

タイトル

Structure of the 4497 Antibody Fab fragment bound to a Staphylococcus aureus wall techoic acid analog

要素

4497 Fab Heavy Chain
4497 Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / wall teichoic acid / WTA / Staphylococcus aureus

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-HD4

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.922 Å

データ登録者

Fong, R. / Lupardus, P.J.

引用

ジャーナル: MAbs / 年: 2018
タイトル: Structural investigation of human S. aureus-targeting antibodies that bind wall teichoic acid.
著者: Fong, R. / Kajihara, K. / Chen, M. / Hotzel, I. / Mariathasan, S. / Hazenbos, W.L.W. / Lupardus, P.J.

履歴

登録	2018年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dwa.cif.gz	190.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dwa.ent.gz	148.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dwa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dw2C 6dwcC 6dwiC 4kvnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5k9j-d 2gcy-d 1rz8-2 3g6j-4 1y0l-3 2aj3-2 6azm-2 5mv3-8 4lkc-d 1ruq-d 1riv-d 4x7s-d 1bfo-1 5b6f-2 6wrp-d 5mub-1 6u3z-1 5b4m-2 3uo1-d 4x7t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4497 Fab Light Chain

B: 4497 Fab Heavy Chain

H: 4497 Fab Heavy Chain

L: 4497 Fab Light Chain

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4497 Fab Light Chain

B: 4497 Fab Heavy Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: 4497 Fab Heavy Chain

L: 4497 Fab Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.681, 114.443, 156.364
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	4497 Fab Light Chain 分子量: 26485.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	4497 Fab Heavy Chain 分子量: 25755.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 糖	ChemComp-HD4 / 4-O-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranosyl]-1-O-phosphono-D-ribitol / 4-O-[2-(acetylamino)-2-deoxy-beta-D-glucopyranosyl]-1-O-phosphono-D-ribitol / 4-O-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucosyl]-1-O-phosphono-D-ribitol / 4-O-[2-acetamido-2-deoxy-D-glucosyl]-1-O-phosphono-D-ribitol / 4-O-[2-acetamido-2-deoxy-glucosyl]-1-O-phosphono-D-ribitol タイプ: D-saccharide / 分子量: 435.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₆NO₁₃P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.16M Calcium Acetate, 0.08 M Sodium Cacodylate, pH 6.5, 14.4% PEG8000, and 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 87337 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 28.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 8494 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7_648	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KVN

4kvn

解像度: 1.922→42.563 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2352	4243	5.05 %
R_work	0.2069	-	-
obs	0.2084	84098	95.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / B_sol: 40.596 Å² / k_sol: 0.372 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.6531 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.1151 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.7682 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.922→42.563 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6585	0	56	427	7068

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6844
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.097	9311
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.305	2453
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1053
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9219-1.9437	0.387	103	0.2887	2236	X-RAY DIFFRACTION	81
1.9437-1.9666	0.3127	126	0.2694	2356	X-RAY DIFFRACTION	87
1.9666-1.9906	0.3053	116	0.2637	2462	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9906-2.0158	0.3215	147	0.2461	2417	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0158-2.0423	0.291	138	0.2488	2450	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0423-2.0703	0.266	137	0.2412	2444	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0703-2.0999	0.2788	121	0.2355	2538	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0999-2.1312	0.285	135	0.2254	2620	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1312-2.1645	0.2839	131	0.2194	2592	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1645-2.2	0.2611	123	0.2123	2622	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2-2.2379	0.2482	136	0.2101	2586	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2379-2.2786	0.24	127	0.2122	2642	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2786-2.3224	0.2504	152	0.2263	2636	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3224-2.3698	0.2766	173	0.2227	2691	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3698-2.4214	0.3043	133	0.2129	2683	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4214-2.4777	0.2145	132	0.2103	2731	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4777-2.5396	0.2467	146	0.2119	2696	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5396-2.6083	0.2685	139	0.2183	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6083-2.685	0.2255	156	0.2157	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.685-2.7717	0.2747	133	0.2089	2777	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7717-2.8707	0.2542	149	0.2167	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8707-2.9856	0.2362	165	0.2076	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9856-3.1215	0.2459	167	0.2067	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1215-3.286	0.214	146	0.1942	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.286-3.4918	0.217	141	0.1912	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4918-3.7612	0.2179	157	0.1924	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7612-4.1395	0.2136	144	0.1904	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1395-4.7378	0.1946	146	0.1719	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7378-5.9665	0.1958	159	0.196	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9665-42.5732	0.2356	165	0.2278	3000	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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