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- PDB-6dtn: The structure of NTMT1 in complex with compound DC100-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dtn
タイトルThe structure of NTMT1 in complex with compound DC100-1
要素
  • (6D6)PPKRIA(NH2), DC100-1
  • N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
キーワードtransferase/transferase inhibitor / methyltransferase / enzyme / inhibitor complex / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal peptidyl-glycine methylation / N-terminal peptidyl-proline dimethylation / N-terminal peptidyl-serine dimethylation / N-terminal peptidyl-serine trimethylation / protein N-terminal methyltransferase / N-terminal protein N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / spindle organization / histone methyltransferase activity / chromosome segregation ...N-terminal peptidyl-glycine methylation / N-terminal peptidyl-proline dimethylation / N-terminal peptidyl-serine dimethylation / N-terminal peptidyl-serine trimethylation / protein N-terminal methyltransferase / N-terminal protein N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / spindle organization / histone methyltransferase activity / chromosome segregation / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-N-methyltransferase NTM1 / AdoMet dependent proline di-methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(6D6)PPKRIA(NH2), DC100-1 / N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.475 Å
データ登録者Noinaj, N. / Chen, D. / Huang, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1U01CA214649-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM117275-01A1 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of Bisubstrate Inhibitors for Protein N-Terminal Methyltransferase 1.
著者: Chen, D. / Dong, G. / Noinaj, N. / Huang, R.
履歴
登録2018年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
A: (6D6)PPKRIA(NH2), DC100-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4072
ポリマ－28,4072
非ポリマー00
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.166, 73.166, 82.361
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1 / Alpha N-terminal protein methyltransferase 1A / Methyltransferase-like protein 11A / N-terminal ...Alpha N-terminal protein methyltransferase 1A / Methyltransferase-like protein 11A / N-terminal RCC1 methyltransferase / X-Pro-Lys N-terminal protein methyltransferase 1A / NTM1A


分子量: 27320.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTMT1, C9orf32, METTL11A, NRMT, NRMT1, AD-003 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9BV86, protein N-terminal methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド (6D6)PPKRIA(NH2), DC100-1


タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1087.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: (6D6)PPKRIA(NH2), DC100-1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M lithium sulfate; 0.1 M sodium HEPES 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→29.57 Å / Num. obs: 43110 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.9 % / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.142 / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.47→1.51 Å / 冗長度: 9.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 3067 / Rpim(I) all: 2.158 / Rrim(I) all: 4.939 / Rsym value: 4.433 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000denzoデータ削減
HKL-2000scalepackデータスケーリング
PHASERwith PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E1M

5e1m


解像度: 1.475→29.57 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1893 1988 4.64 %
Rwork0.1681 --
obs0.1691 42882 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.475→29.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1925 0 0 249 2174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1872656
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.468734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4754-1.51230.34971300.36292710X-RAY DIFFRACTION92
1.5123-1.55320.3581350.32722866X-RAY DIFFRACTION98
1.5532-1.59890.33331430.3162876X-RAY DIFFRACTION99
1.5989-1.65050.34771390.29282861X-RAY DIFFRACTION99
1.6505-1.70950.2851420.28682906X-RAY DIFFRACTION99
1.7095-1.77790.30981430.24882918X-RAY DIFFRACTION99
1.7779-1.85880.2411410.19142899X-RAY DIFFRACTION99
1.8588-1.95680.19421410.1622912X-RAY DIFFRACTION99
1.9568-2.07940.19211470.14722944X-RAY DIFFRACTION99
2.0794-2.23990.16121390.14642925X-RAY DIFFRACTION100
2.2399-2.46520.16181420.14582955X-RAY DIFFRACTION100
2.4652-2.82160.19831440.15142995X-RAY DIFFRACTION100
2.8216-3.5540.1521500.14833000X-RAY DIFFRACTION100
3.554-29.57550.1581520.14823127X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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