PDB-6ds7: Crystal structure of MhuD R26S mutant with two hemes bound per ac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ds7

タイトル

Crystal structure of MhuD R26S mutant with two hemes bound per active site

要素

Heme-degrading monooxygenase HmoB

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Heme Oxygenase (decyclizing) Activity / Monooxygenase Activity / Oxidoreductase Activity / Heme Binding / Metal Ion Binding / Heme Catabolic Process / Oxidation Reduction Process / Cell Wall / Plasma Membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

heme oxygenase (mycobilin-producing) / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chao, A. / Goulding, C.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MhuD R26S mutant with two hemes bound per active site
著者: Chao, A. / Goulding, C.W.

履歴

登録	2018年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ds7.cif.gz	100.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ds7.ent.gz	75.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ds7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/6ds7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/6ds7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hx9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ds8-d 4db9-1 3a0c-1 4ib2-2 1msn-d 2xxm-d 4k4r-d 6ao3-3 1s6c-d 2xsd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heme-degrading monooxygenase HmoB

B: Heme-degrading monooxygenase HmoB

ヘテロ分子

23.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: fluorescence resonance energy transfer

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.210, 68.571, 74.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 2 through 39 or resid 41 through 55 or resid 57 through 100))
2	1	(chain B and (resid 2 through 39 or resid 41 through 55 or resid 57 through 100))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain A and (resid 2 through 39 or resid 41 through 55 or resid 57 through 100))	A	A	2 - 39	1 - 38
1	2	LEU	LEU	THR	THR	(chain A and (resid 2 through 39 or resid 41 through 55 or resid 57 through 100))	A	A	41 - 55	40 - 54
1	3	TRP	TRP	GLY	GLY	(chain A and (resid 2 through 39 or resid 41 through 55 or resid 57 through 100))	A	A	57 - 100	56 - 99
2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain B and (resid 2 through 39 or resid 41 through 55 or resid 57 through 100))	B	B	2 - 39	1 - 38
2	2	LEU	LEU	THR	THR	(chain B and (resid 2 through 39 or resid 41 through 55 or resid 57 through 100))	B	B	41 - 55	40 - 54
2	3	TRP	TRP	GLY	GLY	(chain B and (resid 2 through 39 or resid 41 through 55 or resid 57 through 100))	B	B	57 - 100	56 - 99

#1: タンパク質	Heme-degrading monooxygenase HmoB / Heme oxygenase / Mycobacterial heme utilization degrader / MHUD 分子量: 10537.784 Da / 分子数: 2 / 変異: R26S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: mhuD, Rv3592 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WKH3, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50.325 Å / Num. obs: 29276 / % possible obs: 99.04 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 21.39 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.02947 / R_pim(I) all: 0.02947 / R_rim(I) all: 0.04168 / Net I/σ(I): 12.23
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.2111 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique obs: 1514 / CC_1/2: 0.738 / R_pim(I) all: 0.2111 / R_rim(I) all: 0.2985 / % possible all: 96.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HX9

3hx9

解像度: 1.9→50.325 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	2939	10.04 %
R_work	0.1729	-	-
obs	0.1783	29276	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.57 Å² / B_iso mean: 27.4027 Å² / B_iso min: 8.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→50.325 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1482	0	174	125	1781
B_iso mean	-	-	25.69	35.26	-
残基数	-	-	-	-	198

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	572	X-RAY DIFFRACTION	9.251	TORSIONAL
1	2	B	572	X-RAY DIFFRACTION	9.251	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9001-1.9313	0.5077	152	0.484	1118	1270	92
1.9313-1.9646	0.3028	144	0.2905	1237	1381	99
1.9646-2.0003	0.2562	138	0.2319	1276	1414	100
2.0003-2.0388	0.2153	127	0.1982	1279	1406	99
2.0388-2.0804	0.3581	149	0.2512	1211	1360	97
2.0804-2.1256	0.2346	142	0.1778	1291	1433	99
2.1256-2.1751	0.2439	110	0.1855	1265	1375	100
2.1751-2.2295	0.2708	147	0.2191	1264	1411	99
2.2295-2.2898	0.3977	133	0.2685	1181	1314	95
2.2898-2.3571	0.2446	152	0.2041	1272	1424	100
2.3571-2.4332	0.2665	135	0.1806	1274	1409	100
2.4332-2.5202	0.248	130	0.1668	1281	1411	99
2.5202-2.6211	0.2214	133	0.1641	1256	1389	100
2.6211-2.7404	0.2395	144	0.1678	1280	1424	100
2.7404-2.8848	0.2046	145	0.1578	1259	1404	100
2.8848-3.0655	0.2029	140	0.1438	1246	1386	100
3.0655-3.3022	0.2258	143	0.155	1258	1401	100
3.3022-3.6344	0.1939	140	0.1431	1284	1424	100
3.6344-4.1601	0.1625	149	0.1347	1265	1414	100
4.1601-5.2404	0.1441	139	0.1167	1282	1421	100
5.2404-50.3428	0.2126	147	0.1626	1258	1405	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -14.9314 Å / Origin y: -3.0651 Å / Origin z: 8.3786 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0722 Å²	-0.0028 Å²	-0.0005 Å²	-	0.0886 Å²	-0.0147 Å²	-	-	0.0905 Å²
L	0.2215 °²	0.1562 °²	-0.1788 °²	-	0.3851 °²	0.0036 °²	-	-	0.7869 °²
S	-0.0253 Å °	0.0383 Å °	-0.0175 Å °	-0.0272 Å °	0.04 Å °	0.0203 Å °	0.0516 Å °	0.077 Å °	0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	201 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	2 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	201 - 203
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 125

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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