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万見
- PDB-6dms: Endo-fucoidan hydrolase MfFcnA4_H294Q from glycoside hydrolase fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dms
タイトルEndo-fucoidan hydrolase MfFcnA4_H294Q from glycoside hydrolase family 107
要素Alpha-1,4-endofucoidanase
キーワードHYDROLASE / fucan / fucoidan / glycoside hydrolase / retaining mechanism
機能・相同性Bacterial Ig domain / Putative Ig domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Cadherin-like superfamily / calcium ion binding / Immunoglobulin-like fold / membrane / Alpha-1,4-endofucoidanase
機能・相同性情報
生物種Mariniflexile fucanivorans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Vickers, C. / Abe, K. / Salama-Alber, O. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Endo-fucoidan hydrolases from glycoside hydrolase family 107 (GH107) display structural and mechanistic similarities to alpha-l-fucosidases from GH29.
著者: Vickers, C. / Liu, F. / Abe, K. / Salama-Alber, O. / Jenkins, M. / Springate, C.M.K. / Burke, J.E. / Withers, S.G. / Boraston, A.B.
履歴
登録2018年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32020年1月22日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_starting_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,4-endofucoidanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2784
ポリマ－81,1351
非ポリマー1423
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.527, 156.527, 84.409
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1,4-endofucoidanase


分子量: 81135.328 Da / 分子数: 1 / 変異: H294Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mariniflexile fucanivorans (バクテリア)
遺伝子: fcnA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08I46
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.05 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M NaCl, 1.4 M (NH4)2SO4, sodium acetate:acetic acid, (pH 4.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→29.581 Å / Num. obs: 27694 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.851 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.96.40.71213000.9460.3040.7750.71493.5
2.9-2.956.50.48513150.960.2050.5270.73495.3
2.95-3.016.40.36913360.970.1570.4010.75295.5
3.01-3.076.40.3413760.980.1440.370.71298.2
3.07-3.146.50.25713290.9810.1090.280.71196.3
3.14-3.216.50.19613710.9880.0830.2130.688100
3.21-3.296.50.15313830.9890.0650.1660.71498.5
3.29-3.386.50.12713840.9910.0540.1380.75398.9
3.38-3.486.40.10613890.9920.0450.1160.782100
3.48-3.596.50.08913800.9930.0380.0960.899
3.59-3.726.40.09114010.9910.0390.0991.17999.3
3.72-3.876.40.08313830.9950.0360.091.06499.3
3.87-4.046.20.07914000.9960.0340.0860.93799.5
4.04-4.256.10.07113850.9960.0310.0770.94699.4
4.25-4.526.10.06314050.9960.0270.0691.14699.6
4.52-4.876.10.0613960.9960.0260.0660.90299.4
4.87-5.366.10.05514160.9970.0240.0610.81399.5
5.36-6.126.10.0614250.9960.0260.0650.8299.8
6.12-7.695.90.05614360.9960.0250.0610.87599.7
7.69-305.30.04614840.9970.0210.0510.99999.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→29.581 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 16.912 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.9 / ESU R Free: 0.397
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2933 1367 5 %RANDOM
Rwork0.2575 ---
obs0.2592 25716 96.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.29 Å2 / Biso mean: 58.83 Å2 / Biso min: 19.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20.29 Å20 Å2
2--0.57 Å20 Å2
3----1.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→29.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5400 0 6 59 5465
Biso mean--72.29 34.77 -
残基数----703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.025554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1261.9317616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1455702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.13325.019263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63115770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0491521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214380
LS精密化 シェル解像度: 2.849→2.923 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.519 100 -
Rwork0.485 1757 -
all-1857 -
obs--89.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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