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Yorodumi- PDB-6mfr: Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with three central... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mfr | |||||||||
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Title | Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with three central mismatches (bu3) | |||||||||
Components |
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Keywords | hydrolase/rna / RNA-binding protein / microRNA / target directed microRNA decay / HYDROLASE / hydrolase-rna complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information : / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation ...: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / positive regulation of trophoblast cell migration / RNA secondary structure unwinding / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / mRNA cap binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / : / RISC complex assembly / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / miRNA processing / pre-miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / siRNA processing / RNA 7-methylguanosine cap binding / siRNA binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RISC complex / miRNA binding / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II complex binding / Regulation of MECP2 expression and activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of translational initiation / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA endonuclease activity / translation initiation factor activity / post-embryonic development / positive regulation of translation / P-body / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / MAPK6/MAPK4 signaling / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of angiogenesis / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / translation / dendrite / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) unidentified (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.6 Å | |||||||||
Authors | Sheu-Gruttadauria, J. / MacRae, I.J. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2019 Title: Structural Basis for Target-Directed MicroRNA Degradation. Authors: Sheu-Gruttadauria, J. / Pawlica, P. / Klum, S.M. / Wang, S. / Yario, T.A. / Schirle Oakdale, N.T. / Steitz, J.A. / MacRae, I.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mfr.cif.gz | 741.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mfr.ent.gz | 617.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mfr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/6mfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/6mfr | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6mdzC 6mfnC 6nitC 4w5oS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 97358.188 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D669A, S387D, S824A, S828D, s831D, S834A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: AGO2, EIF2C2 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: Q9UKV8, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters #2: RNA chain | Mass: 6788.021 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) #3: RNA chain | Mass: 7242.424 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) unidentified (others) #4: Chemical | ChemComp-IPH / #5: Chemical | ChemComp-PO4 / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 10% PEG3350, 50mM Tris pH8, 20mM MgCl2, 75mM Phenol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.59→39.57 Å / Num. obs: 27731 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 8.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.59→3.81 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4136 / Rpim(I) all: 0.311 / % possible all: 92.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4W5O Resolution: 3.6→39.422 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.1
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.6→39.422 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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