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- PDB-6p1i: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in complex with dsD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p1i
タイトルStructure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in complex with dsDNA and dCTP
要素
  • DNA Primer 20-mer
  • DNA template 27-mer
  • Reverse transcriptase/ribonuclease H
  • p51 RT
キーワードTRANSFERASE/DNA / Reverse Transcriptase / ternary complex / chain terminator / stereochemistry / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex / dCTP
機能・相同性
機能・相同性情報


integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / protein processing / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Bertoletti, N. / Anderson, K.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049551 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the recognition of nucleoside reverse transcriptase inhibitors by HIV-1 reverse transcriptase: First crystal structures with reverse transcriptase and the ...タイトル: Structural insights into the recognition of nucleoside reverse transcriptase inhibitors by HIV-1 reverse transcriptase: First crystal structures with reverse transcriptase and the active triphosphate forms of lamivudine and emtricitabine.
著者: Bertoletti, N. / Chan, A.H. / Schinazi, R.F. / Yin, Y.W. / Anderson, K.S.
履歴
登録2019年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase/ribonuclease H
B: p51 RT
P: DNA Primer 20-mer
T: DNA template 27-mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,8479
ポリマ－132,1394
非ポリマー7085
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14870 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area44810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.417, 169.504, 103.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Reverse transcriptase/ribonuclease H


分子量: 64521.895 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S, Q258C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate HXB2 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質 p51 RT


分子量: 52748.418 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate HXB2 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04585

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#3: DNA鎖 DNA Primer 20-mer


分子量: 6460.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA template 27-mer


分子量: 8408.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 21分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 6-10% (w/v) PEG 8000, 15 mM magnesium sulfate, and 50 mM MES adjusted at pH 6.0
PH範囲: 5.5-6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→30 Å / Num. obs: 38484 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 56.79 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.74→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique obs: 5873 / CC1/2: 0.865 / Rsym value: 0.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OR7

6or7


解像度: 2.74→28.927 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2365 1925 5 %
Rwork0.1828 --
obs0.1855 38466 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→28.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7510 845 40 16 8411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078696
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90412026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8225040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7359-2.80430.4791220.38882318X-RAY DIFFRACTION89
2.8043-2.88010.35481370.26592597X-RAY DIFFRACTION100
2.8801-2.96470.29141380.24352624X-RAY DIFFRACTION100
2.9647-3.06030.29191350.23112563X-RAY DIFFRACTION100
3.0603-3.16960.30581370.22572593X-RAY DIFFRACTION100
3.1696-3.29630.27641380.21322628X-RAY DIFFRACTION100
3.2963-3.44610.26651380.20372610X-RAY DIFFRACTION100
3.4461-3.62750.25751370.1852614X-RAY DIFFRACTION100
3.6275-3.85420.22571380.16722623X-RAY DIFFRACTION100
3.8542-4.1510.21051390.14952634X-RAY DIFFRACTION100
4.151-4.56730.18791390.13982634X-RAY DIFFRACTION100
4.5673-5.22480.19881390.14732654X-RAY DIFFRACTION100
5.2248-6.570.24471410.18352680X-RAY DIFFRACTION100
6.57-28.92830.19171470.17682769X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9221-0.02340.0532.887-0.17362.1843-0.06350.313-0.542-0.539-0.00280.45250.6161-0.28210.02270.5837-0.0518-0.09830.4422-0.07210.54431.5033-9.6522-28.6137
24.4784-1.1697-0.62382.9007-0.48113.0512-0.61670.72320.127-0.76360.1998-0.1176-0.0977-0.14860.14380.69-0.1213-0.10620.4853-0.08630.350839.2957-2.2635-33.747
31.3360.10930.39731.8159-0.37780.77170.0431-0.01350.0523-0.086-0.01180.21720.037-0.1517-0.04080.3164-0.02430.00040.3237-0.02180.322438.34345.6207-19.2019
41.5842-0.32420.60442.0675-0.68480.40440.05410.4679-0.2468-0.3466-0.3955-0.16770.2622-0.0120.31840.6357-0.0328-0.1910.4862-0.04960.575129.8617-12.999-32.6903
50.60650.00960.00862.7366-0.74610.64730.01670.0813-0.0899-0.3901-0.0327-0.30690.20810.1029-0.00640.33020.02440.03360.308-0.03160.283548.6469.0238-21.2509
60.9239-0.2892-0.01463.1265-0.69650.2265-0.01220.28980.1123-0.503-0.0682-0.3710.01870.14360.02640.33260.00720.06880.39850.04760.368847.241931.7965-31.1244
71.0144-1.11380.68171.8428-0.72871.3156-0.1875-0.18270.20560.28-0.0212-0.387-0.1833-0.0130.17840.3411-0.05980.06060.340.01260.458137.449852.9247-28.4399
81.7406-0.6680.47032.38940.08522.67550.12880.22070.04410.0086-0.1666-0.04530.096-0.00070.02580.2861-0.03770.0730.30840.04390.303524.285157.6599-43.8398
93.1471.7334-0.3372.64590.97934.4748-0.45120.2131-0.22260.1987-0.16971.18680.0927-0.1159-0.31390.4771-0.06790.18240.63220.04890.80598.66815.0662-8.5529
102.6831-0.73610.70983.03690.39821.2443-0.02960.0980.13010.39450.14540.26270.06880.1474-0.0910.34270.05360.03790.41460.02480.311629.080521.3371-6.2727
116.32246.3842-3.28359.3916-7.77098.4452-0.63480.3761-0.34890.0530.4438-0.04570.08-1.34910.27910.53720.0281-0.01230.65830.21930.584912.520721.0831-13.7356
122.0298-0.4155-0.14780.84470.75260.98960.1347-0.148-0.42430.2313-0.15630.2295-0.2654-0.42750.09190.48160.06660.12310.48630.14870.293521.714722.375-2.3285
132.25070.22970.23321.89160.62271.97340.0189-0.49870.28880.2497-0.0977-0.0348-0.53180.06480.12140.71140.02780.20050.63160.00590.530612.636834.764310.6971
143.0432-0.21690.23843.9767-1.50333.82570.5218-0.75850.2865-0.01240.00920.1464-1.03530.6603-0.50390.8688-0.05850.120.824-0.02350.398617.670840.9399.4998
151.14340.6187-0.84752.519-0.80141.45130.1698-0.15580.25560.22110.05750.492-0.1492-0.2068-0.19870.3112-0.00920.09570.49550.02470.512910.478864.9595-23.2632
164.37690.0718-0.12862.87470.2221.5304-0.12280.21780.15960.15160.2721-0.115-0.02940.0142-0.13130.34720.03010.05790.3782-0.00820.334722.042544.4735-13.7788
171.8910.5411-0.05160.2935-0.35230.8243-0.73691.560.00930.15630.31191.20950.4462-1.1071-0.12070.3967-0.07740.18550.6869-0.12961.15029.189240.1435-42.1345
180.871-0.70820.17974.5977-2.58691.7123-0.6566-0.6660.28180.39590.9810.1239-0.5277-0.1995-0.38530.53520.1968-0.02790.65990.00560.674723.09637.8527-35.679
195.3077-0.2181-1.00665.60590.08063.170.0650.1951-0.96091.4846-0.675-0.28820.98830.27490.41850.97070.17510.06640.6250.07040.933826.696322.1449-33.4768
201.375-0.35410.5991.5502-0.92830.67080.31980.3067-0.2482-0.251-0.00320.393-0.3322-0.4341-0.24120.64680.18280.08340.54630.01130.3443.252114.3498-33.9921
215.09931.32062.62078.92492.68843.3755-0.33551.13610.4021-2.0133-0.0785-0.8424-0.00030.05580.35210.84360.0062-0.02530.54050.04740.521235.32764.7501-33.6626
220.8973-0.03670.3652.249-0.27081.59530.08580.21470.3126-0.4844-0.66820.36850.19780.12810.47540.65420.0361-0.08230.33670.0090.357337.80219.3424-28.4225
232.269-1.38640.69983.81340.71250.85010.19790.7301-0.18820.403-0.43180.9351-0.0004-0.11910.27460.83590.18490.06670.61860.1180.661321.477532.2715-36.5007
248.9077-1.57411.69211.9877-2.21783.5527-1.82761.0381-0.0650.15930.8257-0.7319-1.4327-0.20.79770.5980.0328-0.14990.74140.10890.85875.737649.8416-42.7889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:62 )A1 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 63:79 )A63 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 80:125 )A80 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 126:142 )A126 - 142
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 143:277 )A143 - 277
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 278:387 )A278 - 387
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 388:448 )A388 - 448
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 449:554 )A449 - 554
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 6:16 )B6 - 16
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 17:82 )B17 - 82
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 83:84 )B83 - 84
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 96:153 )B96 - 153
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 154:204 )B154 - 204
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 205:240 )B205 - 240
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 241:324 )B241 - 324
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 325:429 )B325 - 429
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN P AND RESID 805:808 )P805 - 808
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN P AND RESID 809:812 )P809 - 812
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN P AND RESID 813:816 )P813 - 816
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN P AND RESID 818:821 )P818 - 821
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN T AND RESID 704:707 )T704 - 707
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN T AND RESID 708:711 )T708 - 711
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN T AND RESID 712:721 )T712 - 721
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN T AND RESID 722:725 )T722 - 725

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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