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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dh0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HIV-1 Protease NL4-3 I84V Mutant in complex with darunavir | ||||||
![]() | Protease | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV / Protease / NL4-3 / DRUG RESISTANCE / PROTEASE INHIBITOR / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lockbaum, G.J. / Schiffer, C.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Adaptation of Darunavir Analogues against Primary Mutations in HIV-1 Protease. 著者: Lockbaum, G.J. / Leidner, F. / Rusere, L.N. / Henes, M. / Kosovrasti, K. / Nachum, G.S. / Nalivaika, E.A. / Ali, A. / Yilmaz, N.K. / Schiffer, C.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6dgxC ![]() 6dgyC ![]() 6dgzC ![]() 6dh1C ![]() 6dh2C ![]() 6dh3C ![]() 6dh4C ![]() 6dh5C ![]() 6dh6C ![]() 6dh7C ![]() 6dh8C ![]() 4ll3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10817.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-017 / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 23-24% (w/v) Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris-Methane-HCl Buffer pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.899→26.451 Å / Num. obs: 15103 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12 % / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.899→2.0451 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4LL3 解像度: 1.899→26.451 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.93
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.899→26.451 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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