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- PDB-6dga: Cronobacter turicensis RpfR quorum-sensing receptor RpfF interact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dga
タイトルCronobacter turicensis RpfR quorum-sensing receptor RpfF interaction domain
要素RpfR
キーワードUNKNOWN FUNCTION / quorum sensing / diffusible signal factor / diguanylate cyclase / phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity
類似検索 - 分子機能
: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain ...: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / Nucleotide cyclase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Cronobacter turicensis
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Waldron, E.J. / Neiditch, M.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI125452 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110444 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI125185 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of DSF recognition by its receptor RpfR and its regulatory interaction with the DSF synthase RpfF.
著者: Waldron, E.J. / Snyder, D. / Fernandez, N.L. / Sileo, E. / Inoyama, D. / Freundlich, J.S. / Waters, C.M. / Cooper, V.S. / Neiditch, M.B.
履歴
登録2018年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RpfR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3391
ポリマ－10,3391
非ポリマー00
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.976, 53.639, 28.197
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 RpfR / Protein gmr


分子量: 10338.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cronobacter turicensis (strain DSM 18703 / LMG 23827 / z3032) (バクテリア)
株: DSM 18703 / LMG 23827 / z3032 / 遺伝子: gmr, Ctu_23300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C9XTL5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 75 mM NaH2PO4, 20% (vol/vol) PEG 3350, 1 mM BDSF, and 0.62% (vol/vol) DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.18076 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月16日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→50 Å / Num. obs: 26581 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 14.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.278 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 180595
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.19-1.214.70.48912090.8890.2290.5420.9590
1.21-1.235.90.46412730.9240.2010.5070.92694.6
1.23-1.266.40.43812720.9340.1850.4760.98794.6
1.26-1.286.70.37413030.9650.1570.4071.08895
1.28-1.316.90.34412730.9690.1410.3721.10195.2
1.31-1.3470.28813140.9650.1190.3121.20495.8
1.34-1.3770.26812890.9660.110.2911.25696.3
1.37-1.417.10.21613240.9810.0890.2341.30396.4
1.41-1.457.10.18712820.9830.0770.2031.38196.8
1.45-1.57.10.15813300.9810.0650.1711.45697.2
1.5-1.557.10.13313290.9880.0550.1441.32297.4
1.55-1.627.10.11813240.990.0490.1281.38797.4
1.62-1.697.10.10713520.9920.0440.1161.30498.5
1.69-1.787.10.09713560.9910.040.1051.30198.1
1.78-1.897.10.08813660.9940.0360.0951.45299
1.89-2.037.10.08113640.9920.0340.0881.30498.9
2.03-2.247.10.07513770.9930.0310.0821.40699.5
2.24-2.567.10.06814120.9940.0280.0741.3899.5
2.56-3.2370.0614000.9960.0240.0651.42599.2
3.23-506.20.04814320.9980.0210.0521.30693.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.19→28.197 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1933 2015 7.59 %
Rwork0.1613 24521 -
obs0.1637 26536 96.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.58 Å2 / Biso mean: 24.0737 Å2 / Biso min: 10.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.19→28.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数726 0 0 118 844
Biso mean---29.99 -
残基数----95
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8651029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.301276
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.1903-1.22010.26291330.23331621175490
1.2201-1.25310.21971450.18391654179995
1.2531-1.290.2021380.16851720185895
1.29-1.33160.22021370.16671677181496
1.3316-1.37920.21771440.15821721186596
1.3792-1.43440.21581350.14731745188097
1.4344-1.49970.20111510.14351723187497
1.4997-1.57870.17271410.13761752189397
1.5787-1.67760.17441450.13711778192398
1.6776-1.80710.17941440.14571767191199
1.8071-1.9890.19941460.15341822196899
1.989-2.27670.18421480.14821819196799
2.2767-2.86790.19031500.165718552005100
2.8679-28.20490.19451580.17611867202595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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