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- PDB-6dfk: Crystal structure of the 11S subunit of the Plasmodium falciparum... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dfk | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of the 11S subunit of the Plasmodium falciparum proteasome, PA28 | |||||||||||||||
![]() | Subunit of proteaseome activator complex,putative | |||||||||||||||
![]() | ![]() | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() proteasome activator complex / positive regulation of endopeptidase activity / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / endopeptidase activator activity / regulation of proteasomal protein catabolic process / ![]() ![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Xie, S.C. / Metcalfe, R.D. / Gillett, D.L. / Tilley, L. / Griffin, M.D.W. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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Validation Report | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmcif format | ![]() ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() ![]() |
PDBML Plus | ![]() |
Others | ![]() |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 9257C ![]() 9258C ![]() 9259C ![]() 6muvC ![]() 6muwC ![]() 6muxC ![]() 1avoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar-shape strucutres |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell | γ α β
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Components
#1: Protein | Mass: 33235.824 Da / Num. of mol.: 14 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: PF3D7_0907700 / Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.44 Å3/Da / Density % sol: 64.2 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 20 mM HEPES, 2 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 3.1→48.89 Å / Num. obs: 116975 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 60.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.131 / Rrim(I) all: 0.305 / Net I/σ(I): 7.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.15 Å / Redundancy: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5711 / CC1/2: 0.513 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1AVO Resolution: 3.1→48.89 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / Phase error: 22.42
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→48.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refinement-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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