PDB-6dfk: Crystal structure of the 11S subunit of the Plasmodium falciparum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dfk

タイトル

Crystal structure of the 11S subunit of the Plasmodium falciparum proteasome, PA28

要素

Subunit of proteaseome activator complex,putative

キーワード

PROTEIN BINDING / 11S proteasome subunit / 11S regulatory particle / PA28 / REG / proteasome activator / hydrolase activator

機能・相同性

機能・相同性情報

Proteasome assembly / proteasome activator complex / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of proteasomal protein catabolic process / endopeptidase activator activity / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Xie, S.C. / Metcalfe, R.D. / Gillett, D.L. / Tilley, L. / Griffin, M.D.W.

資金援助

オーストラリア, 4件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)		オーストラリア
Australian Research Council (ARC)		オーストラリア
Global Health Innovative Technology Fund
GSK Tres Cantos Open Lab Foundation

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: The structure of the PA28-20S proteasome complex from Plasmodium falciparum and implications for proteostasis.
著者: Stanley C Xie / Riley D Metcalfe / Eric Hanssen / Tuo Yang / David L Gillett / Andrew P Leis / Craig J Morton / Michael J Kuiper / Michael W Parker / Natalie J Spillman / Wilson Wong / ...
要旨: The activity of the proteasome 20S catalytic core is regulated by protein complexes that bind to one or both ends. The PA28 regulator stimulates 20S proteasome peptidase activity in vitro, but its ...

履歴

登録	2018年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dfk.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dfk.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dfk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dfk_validation.pdf.gz	574.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dfk_full_validation.pdf.gz	614.2 KB	表示
XML形式データ	6dfk_validation.xml.gz	102.1 KB	表示
CIF形式データ	6dfk_validation.cif.gz	134.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/6dfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/6dfk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	20073C 9257C 9258C 9259C 6muvC 6muwC 6muxC 1avoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mx5-1 2aaf-d 3gas-d 2aci-d 3qjg-d 889 2wlu-1 3u1k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Subunit of proteaseome activator complex,putative

B: Subunit of proteaseome activator complex,putative

C: Subunit of proteaseome activator complex,putative

D: Subunit of proteaseome activator complex,putative

E: Subunit of proteaseome activator complex,putative

F: Subunit of proteaseome activator complex,putative

G: Subunit of proteaseome activator complex,putative

H: Subunit of proteaseome activator complex,putative

I: Subunit of proteaseome activator complex,putative

J: Subunit of proteaseome activator complex,putative

K: Subunit of proteaseome activator complex,putative

L: Subunit of proteaseome activator complex,putative

M: Subunit of proteaseome activator complex,putative

N: Subunit of proteaseome activator complex,putative

ヘテロ分子

471 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Subunit of proteaseome activator complex,putative

B: Subunit of proteaseome activator complex,putative

C: Subunit of proteaseome activator complex,putative

D: Subunit of proteaseome activator complex,putative

E: Subunit of proteaseome activator complex,putative

F: Subunit of proteaseome activator complex,putative

G: Subunit of proteaseome activator complex,putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
236 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: Subunit of proteaseome activator complex,putative

I: Subunit of proteaseome activator complex,putative

J: Subunit of proteaseome activator complex,putative

K: Subunit of proteaseome activator complex,putative

L: Subunit of proteaseome activator complex,putative

M: Subunit of proteaseome activator complex,putative

N: Subunit of proteaseome activator complex,putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
236 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.485, 166.485, 399.162
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Subunit of proteaseome activator complex,putative 分子量: 33235.824 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_0907700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8I374
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20 mM HEPES, 2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→48.89 Å / Num. obs: 116975 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 60.6 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.131 / R_rim(I) all: 0.305 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5711 / CC_1/2: 0.513 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1AVO

1avo

解像度: 3.1→48.89 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 22.42

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2251	3534	3.02 %	Random; Thin shells
R_work	0.1817	-	-	-
obs	0.183	116839	99.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26198	0	300	0	26498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	26942
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.636	36381
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	1.846	16405
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	3963
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	4545

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.2108	0.3174	227	0.299	11348	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2108-3.3393	0.3108	534	0.262	11020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3393-3.4912	0.2671	193	0.237	11333	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4912-3.6753	0.2869	358	0.2173	11225	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6753-3.9054	0.2399	403	0.1859	11185	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9054-4.2068	0.1902	449	0.1497	11179	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2068-4.6299	0.1811	264	0.1366	11437	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6299-5.2991	0.192	362	0.1413	11326	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2991-6.6737	0.2213	366	0.1888	11479	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6737-48.8963	0.2081	378	0.1695	11773	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.577	-0.2261	0.1823	1.7646	-0.3382	1.5725	0.1433	-0.1079	-0.1377	0.1671	-0.028	-0.0471	0.3541	-0.0557	-0.0893	0.5749	-0.1187	-0.0335	0.3402	0.0559	0.3769	-69.244	25.2663	16.7894
2	0.8044	-0.6386	0.101	2.9425	0.0779	1.2959	0.0473	-0.0281	-0.0859	-0.088	-0.0197	0.1095	0.1952	-0.1856	-0.0608	0.3818	-0.1402	-0.0353	0.3731	0.0161	0.278	-72.3984	33.4304	-4.7258
3	1.2078	-0.4785	-0.5381	1.7677	0.45	1.4733	-0.0578	-0.019	-0.0345	-0.0694	0.1104	-0.0794	0.0544	0.1669	-0.0831	0.3565	-0.0835	-0.0605	0.4272	0.019	0.2811	-62.4323	51.0072	-15.8381
4	1.8457	-0.2905	-0.7496	1.6304	0.7187	2.4639	-0.1579	0.188	0.1565	0.2171	0.135	-0.0834	-0.0753	0.1253	0.0046	0.4298	-0.1416	-0.0958	0.3853	0.0523	0.4073	-51.8032	68.0786	-5.3335
5	1.9128	0.2708	-0.5844	0.7682	0.0351	1.75	0.0369	-0.2534	-0.0902	0.3293	-0.0484	-0.1825	-0.2534	0.425	-0.0316	0.6232	-0.1695	-0.2063	0.4672	0.0371	0.5482	-41.5932	69.0019	16.1023
6	4.3112	0.788	-0.6363	0.6491	-0.573	1.2731	0.1497	-0.3121	-0.0005	0.4095	-0.1323	-0.1698	-0.1933	0.2365	-0.0355	0.8859	-0.1276	-0.22	0.4688	-0.0067	0.4622	-49.1643	56.3742	34.3795
7	3.2273	-0.2792	0.8874	1.1976	-0.3372	1.0995	0.2332	-0.1299	-0.1093	0.2816	-0.1707	-0.2653	0.0386	0.0687	-0.0896	0.7812	-0.0353	-0.0882	0.4489	0.0886	0.3726	-58.1984	35.3818	34.4325
8	1.0274	-0.4002	-0.0481	1.8796	0.8764	1.237	-0.0257	-0.0543	0.1217	-0.0426	0.0227	-0.0728	-0.1013	0.0544	0.0068	0.38	-0.0865	-0.0159	0.4518	0.0572	0.2797	-77.4121	70.6099	-31.9352
9	1.0289	0.7126	0.2176	2.3516	0.7627	1.4423	0.0294	0.1342	-0.0404	0.0723	0.0358	-0.0214	-0.0171	0.1341	-0.0938	0.2615	-0.0103	0.0061	0.5583	0.0768	0.3087	-64.0755	65.3467	-49.6097
10	1.3131	0.9549	0.2214	1.3975	0.0326	0.9126	-0.0592	0.492	0.0242	-0.11	0.1421	-0.0093	-0.0826	0.2436	-0.0853	0.3344	0.0481	0.0519	0.7291	0.0359	0.3273	-67.8537	67.2277	-72.8265
11	1.6006	0.735	-0.0441	1.1848	-0.4563	1.0399	-0.0388	0.4428	0.1435	-0.0676	0.138	0.1082	-0.0891	0.0333	-0.0893	0.418	0.0804	0.0125	0.7572	0.0085	0.3523	-87.4089	68.2105	-83.1168
12	1.3943	0.5177	-0.3413	1.5255	-0.9645	1.2966	0.0021	0.3119	0.105	-0.0644	0.0636	-0.0453	0.0079	-0.103	-0.0584	0.2825	0.0299	-0.0326	0.6515	-0.0049	0.3971	-108.5677	67.6756	-73.2314
13	1.2784	-0.6707	0.1865	1.7967	-0.2483	0.7343	-0.0595	0.0284	0.1259	0.1554	-0.0024	-0.0042	-0.1622	-0.208	0.0014	0.2814	0.033	0.0075	0.5934	-0.0424	0.3854	-114.6071	73.4597	-51.1607
14	1.4348	-1.0116	0.4963	2.9118	0.0744	1.2705	0.0269	-0.2318	0.0697	0.0902	-0.0292	0.0509	-0.0315	-0.1859	-0.0141	0.3238	-0.0634	0.0399	0.4814	0.0034	0.2592	-100.6106	69.9009	-32.8398

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 6 through 269)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 6 through 270)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 6 through 270)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 6 through 269)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 7 through 270)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 8 through 269)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 6 through 269)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 6 through 269)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain 'I' and resid 5 through 270)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain 'J' and resid 6 through 270)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain 'K' and resid 0 through 270)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain 'L' and resid 5 through 269)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain 'M' and resid 6 through 270)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain 'N' and resid 6 through 269)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)