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- PDB-3gas: Crystal Structure of Helicobacter pylori Heme Oxygenase Hugz in C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gas
タイトルCrystal Structure of Helicobacter pylori Heme Oxygenase Hugz in Complex with Heme
要素heme oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / heme oxygenase / FMN-binding split barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme F420 binding / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase, HugZ / PNP-oxidase-like / Split barrel-like / : / Domain of unknown function DUF2470 / Domain of unknown function (DUF2470) / Haem oxygenase HugZ-like superfamily / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A ...Haem oxygenase, HugZ / PNP-oxidase-like / Split barrel-like / : / Domain of unknown function DUF2470 / Domain of unknown function (DUF2470) / Haem oxygenase HugZ-like superfamily / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HugZ
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jiang, F. / Hu, Y.L. / Guo, Y. / Guo, G. / Zou, Q.M. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Helicobacter pylori Heme Oxygenase Hugz in Complex with Heme
著者: Jiang, F. / Hu, Y.L. / Guo, Y. / Guo, G. / Zou, Q.M. / Wang, D.C.
履歴
登録2009年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: heme oxygenase
B: heme oxygenase
C: heme oxygenase
D: heme oxygenase
E: heme oxygenase
F: heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,50040
ポリマ－179,1846
非ポリマー5,31734
水23,2211289
1
A: heme oxygenase
B: heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,54114
ポリマ－59,7282
非ポリマー1,81412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10230 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area21810 Å2
手法PISA
2
C: heme oxygenase
D: heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,41712
ポリマ－59,7282
非ポリマー1,68910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9830 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
3
E: heme oxygenase
F: heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,54114
ポリマ－59,7282
非ポリマー1,81412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10030 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.330, 139.340, 152.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
heme oxygenase


分子量: 29863.961 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: NCTC11639 / 遺伝子: HugZ / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C0LU01, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, tacsimate, imidazole, methanol, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.00000, 0.97912, 0.97931, 0.96408
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979121
30.979311
40.964081
Reflection冗長度: 9.9 % / Av σ(I) over netI: 7.8 / 数: 810953 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / D res high: 2.321 Å / D res low: 103.142 Å / Num. obs: 82219 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
7.3457.8399.710.0570.0578.9
5.197.3410010.0520.0529.6
4.245.1910010.0490.0499.8
3.674.2410010.050.059.9
3.283.6710010.0540.05410
33.2810010.0590.05910
2.77310010.0730.07310
2.592.7710010.0880.08810
2.452.5910010.110.119.9
2.322.4510010.1270.1279.7
反射解像度: 1.8→47.87 Å / Num. all: 165619 / Num. obs: 165702 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Limit h max: 48 / Limit h min: 0 / Limit k max: 74 / Limit k min: 0 / Limit l max: 76 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 3093830.4 / Observed criterion F min: 4.1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 8.621
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.94.50.1724.381539182090.17272.8
1.9-2.015.40.1285.5119174219170.12891.9
2.01-2.157.20.1195.7161041224940.11999.9
2.15-2.327.30.097.4152948210770.09100
2.32-2.557.30.0679.6142096193470.067100
2.55-2.857.40.0512.1130521175990.05100
2.85-3.297.50.04113.4116066155630.041100
3.29-4.027.40.03814.498565132700.038100
4.02-5.697.30.03914.275570103410.039100
5.69-47.896.80.04710.44021358850.04799.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_12.3257.8100753756758
ISO_22.3257.810.5960.421741896719
ISO_32.3257.811.1110.793742636702
ANO_12.3257.811.8480753720
ANO_22.3257.811.3680741630
ANO_32.3257.811.2280742230
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_110.22-57.8100751316
ISO_17.28-10.22001452335
ISO_15.96-7.28001944337
ISO_15.17-5.96002297334
ISO_14.63-5.17002642341
ISO_14.23-4.63002930337
ISO_13.92-4.23003216348
ISO_13.66-3.92003443332
ISO_13.46-3.66003701347
ISO_13.28-3.46003886338
ISO_13.13-3.28004129340
ISO_12.99-3.13004299344
ISO_12.88-2.99004519338
ISO_12.77-2.88004681338
ISO_12.68-2.77004837336
ISO_12.59-2.68005035342
ISO_12.52-2.59005215348
ISO_12.45-2.52005345340
ISO_12.38-2.45005533344
ISO_12.32-2.38005520323
ANO_110.22-57.810.807510
ANO_17.28-10.222.197014520
ANO_15.96-7.283.688019440
ANO_15.17-5.963.133022970
ANO_14.63-5.172.641026420
ANO_14.23-4.632.374029300
ANO_13.92-4.232.291032160
ANO_13.66-3.922.143034430
ANO_13.46-3.662.094037010
ANO_13.28-3.462.105038860
ANO_13.13-3.282.205041290
ANO_12.99-3.132.161042990
ANO_12.88-2.992.114045190
ANO_12.77-2.881.947046810
ANO_12.68-2.771.707048370
ANO_12.59-2.681.654050350
ANO_12.52-2.591.559052150
ANO_12.45-2.521.394053430
ANO_12.38-2.451.219055330
ANO_12.32-2.381.112055190
ISO_210.22-57.810.4730.497749285
ISO_27.28-10.220.6850.6161442332
ISO_25.96-7.281.050.3791925337
ISO_25.17-5.960.8930.6512268334
ISO_24.63-5.170.7770.6352616341
ISO_24.23-4.630.6970.4762894337
ISO_23.92-4.230.6980.4753177348
ISO_23.66-3.920.6640.4743396332
ISO_23.46-3.660.640.4383651347
ISO_23.28-3.460.6530.3863835338
ISO_23.13-3.280.6850.4144068340
ISO_22.99-3.130.6680.4134234344
ISO_22.88-2.990.6270.3824446338
ISO_22.77-2.880.5860.3694610338
ISO_22.68-2.770.5270.3294753336
ISO_22.59-2.680.4970.3044942341
ISO_22.52-2.590.470.3155123348
ISO_22.45-2.520.420.2525244340
ISO_22.38-2.450.3790.265418342
ISO_22.32-2.380.3370.2355398321
ANO_210.22-57.810.95307490
ANO_27.28-10.221.924014390
ANO_25.96-7.282.648019210
ANO_25.17-5.962.19022640
ANO_24.63-5.171.85026140
ANO_24.23-4.631.741028920
ANO_23.92-4.231.673031750
ANO_23.66-3.921.472033960
ANO_23.46-3.661.483036490
ANO_23.28-3.461.479038320
ANO_23.13-3.281.509040680
ANO_22.99-3.131.475042300
ANO_22.88-2.991.413044450
ANO_22.77-2.881.309046070
ANO_22.68-2.771.17047510
ANO_22.59-2.681.101049340
ANO_22.52-2.591.06051130
ANO_22.45-2.520.958052310
ANO_22.38-2.450.86054000
ANO_22.32-2.380.804054530
ISO_310.22-57.810.9820.941747283
ISO_37.28-10.221.6541.0781439331
ISO_35.96-7.281.8460.7661931337
ISO_35.17-5.961.6321.112270334
ISO_34.63-5.171.3951.0562618341
ISO_34.23-4.631.2950.8522898337
ISO_33.92-4.231.2890.9133182348
ISO_33.66-3.921.2280.9133397332
ISO_33.46-3.661.190.7843655347
ISO_33.28-3.461.2280.8383834338
ISO_33.13-3.281.2360.8054074340
ISO_32.99-3.131.1960.7864239344
ISO_32.88-2.991.1230.744454338
ISO_32.77-2.881.050.74611338
ISO_32.68-2.770.9560.6314756335
ISO_32.59-2.680.9050.5674954342
ISO_32.52-2.590.8590.5695128342
ISO_32.45-2.520.770.4455251336
ISO_32.38-2.450.7120.5115429343
ISO_32.32-2.380.6360.4335396316
ANO_310.22-57.810.94307470
ANO_37.28-10.221.952014360
ANO_35.96-7.282.523019270
ANO_35.17-5.962.136022660
ANO_34.63-5.171.773026160
ANO_34.23-4.631.617028960
ANO_33.92-4.231.574031800
ANO_33.66-3.921.411033970
ANO_33.46-3.661.307036530
ANO_33.28-3.461.391038310
ANO_33.13-3.281.385040740
ANO_32.99-3.131.303042350
ANO_32.88-2.991.268044480
ANO_32.77-2.881.146046050
ANO_32.68-2.771.004047470
ANO_32.59-2.680.959049500
ANO_32.52-2.590.909051220
ANO_32.45-2.520.811052390
ANO_32.38-2.450.728054170
ANO_32.32-2.380.676054370
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
164.03935.52513.718SE15.750.77
256.16430.7499.633SE15.110.77
3100.04433.92285.066SE17.650.74
4101.50835.73133.006SE16.190.72
5107.29439.12289.798SE18.310.74
6101.43530.63441.762SE17.340.71
763.36315.09616.029SE19.890.74
866.15254.32817.273SE22.320.77
9103.0415.15332.038SE19.990.72
10104.31554.51330.08SE21.710.73
1152.77511.7638.962SE22.860.78
12101.87311.51244.641SE23.120.74
1397.58254.35886.339SE20.230.7
1496.64114.98785.455SE25.330.77
1554.25351.0612.693SE22.840.73
16106.33518.83493.525SE23.580.72
17108.75658.24992.041SE25.350.74
18106.04750.70142.545SE24.610.72
1933.92355.19515.424SE27.890.7
20113.94314.71112.605SE31.430.71
2129.53259.99815.295SE31.550.68
22116.4369.938116.427SE30.090.65
2333.8985.52515.397SE37.610.68
2477.30160.95595.78SE41.40.73
2564.9228.80737.648SE39.530.66
2677.0219.27890.037SE35.560.61
2732.2819.98120.11SE46.580.73
2872.26665.09395.011SE38.690.65
2968.0674.59641.515SE35.980.61
3074.8914.12393.974SE39.550.61
3169.17949.30118.213SE15.880.26
32103.37649.66626.92SE16.990.24
33101.80916.66447.985SE17.450.22
3449.962177.426SE22.630.26
35111.68353.29493.747SE18.630.21
3694.10319.98283.197SE18.660.24
Phasing dmFOM : 0.85 / FOM acentric: 0.84 / FOM centric: 0.9 / 反射: 82266 / Reflection acentric: 75488 / Reflection centric: 6778
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.6-57.8061.310.992.4837692966803
4.1-6.60.950.960.851114198461295
3.3-4.10.940.950.8313810126031207
2.9-3.30.880.890.7113852128321020
2.5-2.90.780.790.5724554229781576
2.3-2.50.670.680.451514014263877

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
SHARP位相決定
RESOLVE2.13位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→47.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 3093830 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 8291 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all-174565 --
obs-165278 94.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.599 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 74.03 Å2 / Biso mean: 26.662 Å2 / Biso min: 6.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.89 Å20 Å20 Å2
2---3.32 Å20 Å2
3----0.57 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.09 Å
Luzzati d res high-1.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11844 0 364 1289 13497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.880.2527835.20.221143980.009216281518170.2
1.88-1.980.2359685.10.199179660.008216361893487.5
1.98-2.110.243107750.199204390.007217392151699
2.11-2.270.24510504.80.199206240.008217202167499.8
2.27-2.50.23210604.90.19206740.007217702173499.8
2.5-2.860.23611245.20.199206700.007218062179499.9
2.86-3.60.22811155.10.2208380.0072196321953100
3.6-47.870.193111450.178213780.006225322249299.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3hem.paramazi.top
X-RAY DIFFRACTION4azi.paramhem.top
X-RAY DIFFRACTION5edo.paramedo.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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