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- PDB-6d94: Crystal structure of PPAR gamma in complex with Mediator of RNA p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d94
タイトルCrystal structure of PPAR gamma in complex with Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードdna binding protein/AGONIST / Nuclear receptor / Transcription factor / Super agonist / Ligand binding domain / Coactivator / MED1 / DNA BINDING PROTEIN / dna binding protein-AGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enucleate erythrocyte development / regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / G0 to G1 transition / mammary gland branching involved in thelarche / thyroid hormone receptor signaling pathway / core mediator complex ...enucleate erythrocyte development / regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / G0 to G1 transition / mammary gland branching involved in thelarche / thyroid hormone receptor signaling pathway / core mediator complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear retinoic acid receptor binding / positive regulation of hepatocyte proliferation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / mediator complex / positive regulation of keratinocyte differentiation / thyroid hormone generation / Generic Transcription Pathway / peroxisome proliferator activated receptor binding / embryonic heart tube development / cellular response to thyroid hormone stimulus / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / nuclear vitamin D receptor binding / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / embryonic hindlimb morphogenesis / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / nuclear thyroid hormone receptor binding / lens development in camera-type eye / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / embryonic hemopoiesis / DNA binding domain binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / megakaryocyte development / WW domain binding / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / response to lipid / cellular response to steroid hormone stimulus / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of neuron differentiation / LBD domain binding / histone acetyltransferase binding / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of SMAD protein signal transduction / RSV-host interactions / erythrocyte development / lipid homeostasis / E-box binding / fat cell differentiation / alpha-actinin binding / mammary gland branching involved in pregnancy / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / general transcription initiation factor binding / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / animal organ regeneration / negative regulation of osteoblast differentiation / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of keratinocyte proliferation / ubiquitin ligase complex / BMP signaling pathway / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / long-chain fatty acid transport / embryonic placenta development / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / negative regulation of MAPK cascade / keratinocyte differentiation / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha
類似検索 - 分子機能
: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor ...: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EDK / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mou, T.C. / Chrisman, I.M. / Hughes, T.S. / Sprang, S.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103546 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R00DK103116 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: A structural mechanism of nuclear receptor biased agonism.
著者: Nemetchek, M.D. / Chrisman, I.M. / Rayl, M.L. / Voss, A.H. / Hughes, T.S.
履歴
登録2018年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2633
ポリマ－36,7672
非ポリマー4961
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.437, 87.623, 121.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-707-

HOH

21A-719-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 34152.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: pET45b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) gold / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Activator-recruited cofactor 205 kDa component / ARC205 / Mediator complex subunit 1 / Peroxisome ...Activator-recruited cofactor 205 kDa component / ARC205 / Mediator complex subunit 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor-binding protein / PPAR-binding protein / Thyroid hormone receptor-associated protein complex 220 kDa component / Trap220 / Thyroid receptor-interacting protein 2 / TRIP-2 / Vitamin D receptor-interacting protein complex component DRIP205 / p53 regulatory protein RB18A


分子量: 2615.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15648
#3: 化合物 ChemComp-EDK / (2~{S})-3-[4-[2-[methyl(pyridin-2-yl)amino]ethoxy]phenyl]-2-[[2-(phenylcarbonyl)phenyl]amino]propanoic acid / GW-1929


分子量: 495.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C30H29N3O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100mM HEPES 25% (w/v) PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.81 Å / Num. obs: 23571 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 9.8 % / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique obs: 2313 / Rrim(I) all: 0.56 / % possible all: 98.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13rc2_2975: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TTO

5tto


解像度: 1.9→43.812 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 28.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 1688 7.16 %
Rwork0.199 --
obs0.2031 23568 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.812 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2295 0 37 131 2463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2593196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8351452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008405
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.9560.40261290.36841787X-RAY DIFFRACTION99
1.956-2.01910.34241170.32341805X-RAY DIFFRACTION99
2.0191-2.09130.37751440.28241802X-RAY DIFFRACTION99
2.0913-2.1750.30641570.25621776X-RAY DIFFRACTION99
2.175-2.2740.29191320.24371798X-RAY DIFFRACTION99
2.274-2.39390.28051490.22111806X-RAY DIFFRACTION99
2.3939-2.54380.28861430.2181807X-RAY DIFFRACTION99
2.5438-2.74020.29961410.21371845X-RAY DIFFRACTION100
2.7402-3.01590.28141490.21191813X-RAY DIFFRACTION100
3.0159-3.45220.25411360.18461846X-RAY DIFFRACTION100
3.4522-4.34870.21481390.14111865X-RAY DIFFRACTION100
4.3487-43.82310.1881520.15461930X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.1812 Å / Origin y: -12.4254 Å / Origin z: 13.693 Å
111213212223313233
T0.1391 Å20.0719 Å2-0.0678 Å2-0.3881 Å2-0.0629 Å2--0.1959 Å2
L2.383 °2-0.4007 °2-0.925 °2-2.808 °21.4757 °2--4.1167 °2
S-0.2297 Å °-0.1992 Å °-0.0517 Å °0.2378 Å °0.4392 Å °-0.2741 Å °-0.0691 Å °0.6927 Å °-0.0527 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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