PDB-6d7m: Crystal structure of the W184R/W231R Importin alpha mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d7m

タイトル

Crystal structure of the W184R/W231R Importin alpha mutant

要素

Peroxidase,Importin subunit alpha-1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / IMPORTIN / NLS / BIPARTITE / PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / DNA-binding transcription factor binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.187 Å

データ登録者

Pedersen, L.C. / London, R.E. / Gabel, S.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ZIA ES050111	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	1ZIA ES102645	米国

引用

ジャーナル: Traffic / 年: 2018
タイトル: Variations in nuclear localization strategies among pol X family enzymes.
著者: Kirby, T.W. / Pedersen, L.C. / Gabel, S.A. / Gassman, N.R. / London, R.E.

履歴

登録	2018年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d7m.cif.gz	245.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d7m.ent.gz	197.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d7m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6d7m_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6d7m_full_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示
XML形式データ	6d7m_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	6d7m_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/6d7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/6d7m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w4eC 5w4fC 6d7nC 5e6qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6d7n-d 6p6a-d 5ekg-d 3zip-d 3oqs-d 3fex-3 1ee4-2 5xzx-d 6bwa-d 5gxw-d 5d5k-d 6p6e-d 6bvv-d 3wpt-2 3zio-d 4rv1-3 4rv1-6 6bw1-d 4rv1-1 3btr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (12) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Peroxidase,Importin subunit alpha-1

ヘテロ分子

55.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.813, 90.162, 98.394
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peroxidase,Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 分子量: 55272.535 Da / 分子数: 1 / 変異: W184R, W231R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293, peroxidase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Bis-Tris-Propane, 1.0M Sodium Succinate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.514 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月7日 / 詳細: VariMaxHF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.187→50 Å / Num. obs: 35979 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.3 % / R_pim(I) all: 0.043 / R_sym value: 0.101 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1705 / CC_1/2: 0.814 / R_pim(I) all: 0.336 / R_rim(I) all: 0.843 / R_sym value: 0.772 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5E6Q

5e6q

解像度: 2.187→38.907 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 23.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2222	1803	5.02 %
R_work	0.1914	-	-
obs	0.193	35928	98.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.187→38.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3100	0	19	162	3281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3201
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.808	4376
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.425	1932
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	568

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1874-2.2466	0.2969	130	0.249	2355	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2466-2.3127	0.2701	132	0.2401	2543	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3127-2.3873	0.2808	133	0.2324	2597	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3873-2.4726	0.2503	144	0.2364	2577	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4726-2.5716	0.2649	133	0.2395	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5716-2.6886	0.3029	140	0.2481	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6886-2.8303	0.2731	137	0.2216	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8303-3.0076	0.2593	142	0.2288	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0076-3.2397	0.2648	140	0.2064	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2397-3.5655	0.2268	138	0.1857	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5655-4.081	0.2013	144	0.1629	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.081-5.1397	0.1582	142	0.1554	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1397-38.9126	0.1983	148	0.1731	2812	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1268	0.1509	-0.9515	3.0009	1.0723	5.5185	0.3333	-0.0183	0.1025	0.3937	-0.0906	-0.1077	-0.3209	0.1527	-0.1289	0.4273	-0.0651	0.0915	0.3766	0.0027	0.4237	-6.3954	16.3684	-18.7581
2	1.5103	-0.2803	-0.0306	3.5969	-0.5914	0.271	0.0937	-0.0143	0.07	0.0542	-0.0575	-0.059	-0.1213	0.0989	-0.0463	0.3733	-0.0028	0.0276	0.3627	0.0274	0.2609	-7.0989	-1.445	-15.9382
3	3.1076	-0.3319	-0.4004	2.1547	-0.2592	2.5966	0.0146	-0.0217	-0.2741	-0.1609	-0.0249	-0.0951	0.0442	-0.094	0.0171	0.3473	0.0082	-0.0109	0.2939	-0.0043	0.3548	-2.4413	-19.4814	-15.5618
4	2.3067	-0.5087	0.4114	2.5857	-0.448	2.428	0.2246	-0.0583	-0.2823	-0.0033	-0.0864	0.0655	0.0172	0.0443	-0.1176	0.3326	0.0202	-0.0343	0.3435	0.0008	0.4155	1.4114	-25.0465	-10.1673
5	3.525	0.6308	0.7169	3.952	0.3082	2.6767	0.1519	0.1314	0.1613	-0.1806	-0.1403	0.0618	0.1028	0.2392	0.0223	0.3718	0.0238	-0.0292	0.3612	0.0494	0.4136	7.1667	-28.2145	-6.879
6	1.3081	-0.4525	1.0326	0.5408	-0.7523	1.3779	0.114	-0.1868	-0.2912	-0.0925	0.0789	0.3337	0.1694	-0.1925	-0.145	0.3779	-0.0204	-0.0458	0.4077	0.0737	0.5132	8.0429	-36.3342	4.3419
7	3.022	0.0083	0.752	2.9286	-0.515	2.4931	-0.1098	-0.6108	-0.2007	0.1526	0.3108	0.3115	-0.002	-0.4705	-0.1689	0.3926	0.0481	0.0284	0.5723	0.1031	0.4402	7.7618	-36.8192	16.0084
8	3.2517	-0.1079	-0.1938	1.1798	0.445	1.6916	0.2799	-0.9328	-0.0283	0.4841	0.0296	0.3757	-0.3817	-0.679	-0.2596	0.5983	0.0517	0.1298	0.7844	0.1547	0.5251	8.0089	-38.2533	23.4047
9	3.3006	-1.3234	0.8559	1.6063	-1.0476	1.09	-0.4329	-1.6488	-0.3021	1.3875	0.6641	0.4965	0.0172	-0.3248	-0.131	0.9354	-0.0333	0.115	1.2639	0.1482	0.5941	6.4887	-40.8425	31.9632
10	0.1099	-0.2857	-0.5539	0.7155	1.4051	2.8286	0.6982	-0.441	0.6823	0.5362	0.1446	0.1508	-0.2059	-0.6718	-0.5422	0.9153	-0.1196	0.2651	1.4213	0.1764	0.7524	1.8939	-43.7536	34.3403

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain B and resid 73:93)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 94:213)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 214:256)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 257:287)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 288:315)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 316:384)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 385:414)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 415:450)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 451:486)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 487:496)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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