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- PDB-6cyu: Crystal structure of CTX-M-14 S70G/N106S/D240G beta-lactamase in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cyu
タイトルCrystal structure of CTX-M-14 S70G/N106S/D240G beta-lactamase in complex with hydrolyzed cefotaxime
要素Beta-lactamase
キーワードhydrolase/antibiotic / Beta-lactamase CTX-M-14 / hydrolase-hydrolase inhibitor complex / hydrolase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CE4 / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Patel, M.P. / Hu, L. / Sankaran, B. / Brown, C. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI32956 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Synergistic effects of functionally distinct substitutions in beta-lactamase variants shed light on the evolution of bacterial drug resistance.
著者: Patel, M.P. / Hu, L. / Brown, C.A. / Sun, Z. / Adamski, C.J. / Stojanoski, V. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.
履歴
登録2018年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42021年6月30日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2992
ポリマ－27,8851
非ポリマー4131
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.399, 41.399, 230.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27885.457 Da / 分子数: 1 / 変異: S70G, N106S, D240G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AM333_26030, APT94_14605, BET08_34355, BJJ90_ ...遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AM333_26030, APT94_14605, BET08_34355, BJJ90_27545, BK334_27290, BMR21_24310, BMR35_25520, BMR49_25760, BXT93_06855, CA268_29135, CDL37_21060, CR538_26855, ETN48_p0088, pCT_085, pHK01_011
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9L5C7, UniProt: Q9L5C8*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-CE4 / (2R)-2-[(R)-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-(methoxyimino)acetyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methylidene-5,6-dihydro -2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / cefotaxime, hydrolyzed, C3'-cleaved, open, unbound form / (2R)-2-[(R)-(カルボキシ)[[(Z)-(2-アミノチアゾ-ル-4-イル)(メトキシイミノ)アセチル]アミノ(以下略)


分子量: 413.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15N5O6S2 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.88 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→35.427 Å / Num. obs: 21719 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.106

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3071: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt


解像度: 1.82→35.427 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1997 1063 4.89 %
Rwork0.1574 --
obs0.1595 21719 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→35.427 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1935 0 27 281 2243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8192751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8781235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005381
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8197-1.90250.25591290.16452524X-RAY DIFFRACTION100
1.9025-2.00280.18731210.15182527X-RAY DIFFRACTION100
2.0028-2.12830.18671310.14822506X-RAY DIFFRACTION100
2.1283-2.29260.20651360.14872574X-RAY DIFFRACTION100
2.2926-2.52330.20231290.16122534X-RAY DIFFRACTION100
2.5233-2.88820.20671410.16712579X-RAY DIFFRACTION100
2.8882-3.63830.19641360.1622629X-RAY DIFFRACTION100
3.6383-35.43370.19131400.15332783X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32660.4335-0.52330.35930.15231.5507-0.0307-0.0834-0.2002-0.0090.0194-0.02070.55440.33190.04540.20130.0729-0.02560.1523-0.01750.14641.4225-13.0393-15.828
23.323-1.62950.8273.8342-0.98330.92680.14080.16710.14320.0861-0.1406-0.1163-0.6780.502-0.02560.1993-0.12590.00430.3014-0.02970.13799.53611.3702-27.8529
31.16040.5764-0.66440.7544-0.50492.43120.0446-0.1976-0.09160.0272-0.049-0.06080.12680.5917-0.01110.07150.0467-0.01920.2425-0.01070.14085.5812-5.3678-20.4247
48.4341-3.86963.72896.0056-2.1415.6758-0.1087-0.32080.33780.31560.0643-0.04850.0202-0.04030.02330.0950.00750.02990.17770.01030.0565-4.1472-6.2343-6.688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 128 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 129 through 266 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 267 through 289 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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