[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6jn4: Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibito... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jn4 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor WL-001 | |||||||||
Components | Serine Beta-Lactamase KPC-2 | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Beta-lactamase / Serine-beta-lactamase KPC-2 / KPC-2 / Carbapenemase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Li, G.-B. / Liu, S. | |||||||||
Funding support | China, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2019 Title: Structure-Based Development of (1-(3'-Mercaptopropanamido)methyl)boronic Acid Derived Broad-Spectrum, Dual-Action Inhibitors of Metallo- and Serine-beta-lactamases. Authors: Wang, Y.L. / Liu, S. / Yu, Z.J. / Lei, Y. / Huang, M.Y. / Yan, Y.H. / Ma, Q. / Zheng, Y. / Deng, H. / Sun, Y. / Wu, C. / Yu, Y. / Chen, Q. / Wang, Z. / Wu, Y. / Li, G.B. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6jn4.cif.gz | 226 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6jn4.ent.gz | 179.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6jn4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6jn4_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6jn4_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 6jn4_validation.xml.gz | 46.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6jn4_validation.cif.gz | 66.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/6jn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/6jn4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6j8qC 6j8rC 6jn3C 6jn5C 6jn6C 5lcaS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 28079.584 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) / Gene: KPC-2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q93LQ9, UniProt: Q9F663*PLUS, beta-lactamase |
---|
-Non-polymers , 5 types, 678 molecules
#2: Chemical | ChemComp-BX9 / [( #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-ACY / #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.77 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 0.1M Lithium Sulphate, 0.05M Sodium Acetate (pH 4.5), 32-35 % (v/v) Polyethylene glycol 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 195 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / Detector: PIXEL / Date: Jun 1, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 116149 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 19.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.305 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.313 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 2274445 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5LCA Resolution: 1.9→47.569 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.28
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.87 Å2 / Biso mean: 22.5656 Å2 / Biso min: 1.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→47.569 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
|