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万見
- PDB-6cyf: PcrV fragment with bound Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cyf
タイトルPcrV fragment with bound Fab
要素
  • IgG1 antibody, heavy chain fragment
  • IgG1 antibody, kappa light chain
  • Type III secretion system protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Part of type 3 secretion system in Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性Low calcium response V antigen / Virulence-associated V antigen superfamily / V antigen (LcrV) protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / extracellular region / Mainly Beta / Type III secretion system protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Oganesyan, V.
引用ジャーナル: J. Infect. Dis. / 年: 2018
タイトル: Pseudomonas aeruginosa PcrV and Psl, the Molecular Targets of Bispecific Antibody MEDI3902, Are Conserved Among Diverse Global Clinical Isolates.
著者: Tabor, D.E. / Oganesyan, V. / Keller, A.E. / Yu, L. / McLaughlin, R.E. / Song, E. / Warrener, P. / Rosenthal, K. / Esser, M. / Qi, Y. / Ruzin, A. / Stover, C.K. / DiGiandomenico, A.
履歴
登録2018年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.formula_weight
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Type III secretion system protein
C: IgG1 antibody, kappa light chain
D: IgG1 antibody, heavy chain fragment
B: Type III secretion system protein
L: IgG1 antibody, kappa light chain
M: IgG1 antibody, heavy chain fragment
I: Type III secretion system protein
E: IgG1 antibody, kappa light chain
F: IgG1 antibody, heavy chain fragment
Q: Type III secretion system protein
T: IgG1 antibody, kappa light chain
U: IgG1 antibody, heavy chain fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,31912
ポリマ－246,31912
非ポリマー00
水1,65792
1
A: Type III secretion system protein
C: IgG1 antibody, kappa light chain
D: IgG1 antibody, heavy chain fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5803
ポリマ－61,5803
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Type III secretion system protein
E: IgG1 antibody, kappa light chain
F: IgG1 antibody, heavy chain fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5803
ポリマ－61,5803
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
L: IgG1 antibody, kappa light chain
M: IgG1 antibody, heavy chain fragment
I: Type III secretion system protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5803
ポリマ－61,5803
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
Q: Type III secretion system protein
T: IgG1 antibody, kappa light chain
U: IgG1 antibody, heavy chain fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5803
ポリマ－61,5803
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.686, 160.384, 260.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22I
13A
23Q
14C
24L
15C
25E
16C
26T
17D
27M
18D
28F
19D
29U
110B
210I
111B
211Q
112L
212E
113L
213T
114M
214F
115M
215U
116I
216Q
117E
217T
118F
218U

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNARGARGAA123 - 2472 - 126
21ASNASNARGARGBD123 - 2472 - 126
12ASNASNARGARGAA123 - 2492 - 128
22ASNASNARGARGIG123 - 2492 - 128
13ASNASNARGARGAA123 - 2472 - 126
23ASNASNARGARGQJ123 - 2472 - 126
14ALAALACYSCYSCB1 - 2141 - 214
24ALAALACYSCYSLE1 - 2141 - 214
15ALAALACYSCYSCB1 - 2141 - 214
25ALAALACYSCYSEH1 - 2141 - 214
16ALAALACYSCYSCB1 - 2141 - 214
26ALAALACYSCYSTK1 - 2141 - 214
17VALVALPROPRODC2 - 2242 - 224
27VALVALPROPROMF2 - 2242 - 224
18VALVALPROPRODC2 - 2242 - 224
28VALVALPROPROFI2 - 2242 - 224
19VALVALCYSCYSDC2 - 2272 - 227
29VALVALCYSCYSUL2 - 2272 - 227
110ASNASNARGARGBD123 - 2472 - 126
210ASNASNARGARGIG123 - 2472 - 126
111ASNASNARGARGBD123 - 2472 - 126
211ASNASNARGARGQJ123 - 2472 - 126
112ALAALACYSCYSLE1 - 2141 - 214
212ALAALACYSCYSEH1 - 2141 - 214
113ALAALACYSCYSLE1 - 2141 - 214
213ALAALACYSCYSTK1 - 2141 - 214
114GLUGLULYSLYSMF1 - 2251 - 225
214GLUGLULYSLYSFI1 - 2251 - 225
115GLUGLUPROPROMF1 - 2241 - 224
215GLUGLUPROPROUL1 - 2241 - 224
116ASNASNARGARGIG123 - 2472 - 126
216ASNASNARGARGQJ123 - 2472 - 126
117ALAALACYSCYSEH1 - 2141 - 214
217ALAALACYSCYSTK1 - 2141 - 214
118GLUGLULYSLYSFI1 - 2251 - 225
218GLUGLULYSLYSUL1 - 2251 - 225

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18

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要素

#1: タンパク質
Type III secretion system protein


分子量: 14027.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pcrV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M4Q7H6
#2: 抗体
IgG1 antibody, kappa light chain


分子量: 23422.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体
IgG1 antibody, heavy chain fragment


分子量: 24129.041 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M of Ammonium Sulfate, 0.1 M of HEPES, pH 7.5 and 25% w/v of Polyethylene glycol 3350
PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.775→35 Å / Num. obs: 86545 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.775→2.784 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 845 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.547 / Rrim(I) all: 0.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JBU

4jbu


解像度: 2.78→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 14.546 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.694 / ESU R Free: 0.322 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24905 4268 4.9 %RANDOM
Rwork0.2146 ---
obs0.21631 82185 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 72.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.36 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.62 Å20 Å2
3---4.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.78→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17164 0 0 92 17256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0217554
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0215790
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4171.96123857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.914336858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7852239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69324.62710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.207152841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0531571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02119616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3057.2819004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2967.2819003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.58610.91411227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.58810.91511228
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1387.5218550
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1367.5218550
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.48611.15212631
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.82782.85618198
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.82882.86618197
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A75240.06
12B75240.06
21A76560.07
22I76560.07
31A75940.07
32Q75940.07
41C127840.06
42L127840.06
51C126140.08
52E126140.08
61C126680.07
62T126680.07
71D130520.05
72M130520.05
81D130640.06
82F130640.06
91D129160.07
92U129160.07
101B75240.06
102I75240.06
111B75880.07
112Q75880.07
121L126040.07
122E126040.07
131L125260.08
132T125260.08
141M130580.07
142F130580.07
151M128660.07
152U128660.07
161I75640.07
162Q75640.07
171E125600.08
172T125600.08
181F130880.06
182U130880.06
LS精密化 シェル解像度: 2.775→2.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 302 -
Rwork0.38 5973 -
obs--99.98 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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