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- PDB-6cvo: Human Aprataxin (Aptx) bound to nicked RNA-DNA, AMP and Zn produc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cvo
タイトルHuman Aprataxin (Aptx) bound to nicked RNA-DNA, AMP and Zn product complex
要素
  • Aprataxin
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA/RNA (5'-R(P*G)-D(P*TP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*TP*T)-3')
キーワードHYDROLASE/DNA/RNA / protein-DNA complex / DNA repair / 5'-DNA end processing / Histidine Triad domain / HIT domain / Zinc-finger / 5'-DNA end recognition / HYDROLASE-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / polynucleotide 3'-phosphatase activity / single-strand break-containing DNA binding / phosphoglycolate phosphatase activity / single strand break repair / mismatched DNA binding / DNA ligation ...adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / polynucleotide 3'-phosphatase activity / single-strand break-containing DNA binding / phosphoglycolate phosphatase activity / single strand break repair / mismatched DNA binding / DNA ligation / phosphoprotein binding / regulation of protein stability / double-stranded RNA binding / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / chromatin binding / chromatin / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Aprataxin, C2HE/C2H2/C2HC zinc finger / C2HE / C2H2 / C2HC zinc-binding finger / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / PNK, FHA domain / FHA domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain ...: / Aprataxin, C2HE/C2H2/C2HC zinc finger / C2HE / C2H2 / C2HC zinc-binding finger / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / PNK, FHA domain / FHA domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / BETA-MERCAPTOETHANOL / DNA / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / Aprataxin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schellenberg, M.J. / Tumbale, P.P. / Williams, R.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1Z01ES102765 米国
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2018
タイトル: Mechanism of APTX nicked DNA sensing and pleiotropic inactivation in neurodegenerative disease.
著者: Tumbale, P. / Schellenberg, M.J. / Mueller, G.A. / Fairweather, E. / Watson, M. / Little, J.N. / Krahn, J. / Waddell, I. / London, R.E. / Williams, R.S.
履歴
登録2018年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aprataxin
D: DNA/RNA (5'-R(P*G)-D(P*TP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*TP*T)-3')
B: Aprataxin
G: DNA/RNA (5'-R(P*G)-D(P*TP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*GP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,65012
ポリマ－59,6696
非ポリマー9826
水7,278404
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, EMSA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.913, 72.547, 147.164
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド / DNA鎖 , 3種, 6分子 ABDGEH

#1: タンパク質 Aprataxin / Forkhead-associated domain histidine triad-like protein / FHA-HIT


分子量: 21259.756 Da / 分子数: 2 / 断片: Aprataxin catalytic Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APTX, AXA1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7Z2E3, EC: 3.1.11.7, EC: 3.1.12.2
#2: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-R(P*G)-D(P*TP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*TP*T)-3')


分子量: 6772.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized nucleic acid / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 1802.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 410分子

#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 100 mM MES, 16% w/v polyethylene glycol 3350 / PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25443 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 1.142 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.494.50.57124960.863199.9
2.49-2.594.60.44325050.9181100
2.59-2.74.50.36924860.8861100
2.7-2.854.60.28425050.9761100
2.85-3.024.50.22425311.1211100
3.02-3.264.50.15425091.2811100
3.26-3.584.50.11525371.4471100
3.58-4.14.50.10225581.291100
4.1-5.174.40.09925911.3451100
5.17-504.20.0927251.296199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NDF

4ndf


解像度: 2.4→43.673 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 1292 5.09 %
Rwork0.1836 --
obs0.1856 25382 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.673 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2902 1146 56 404 4508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5626122
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8252396
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003566
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4003-2.49640.25991500.22912620X-RAY DIFFRACTION100
2.4964-2.610.27031280.21752639X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.74760.28951320.22682644X-RAY DIFFRACTION100
2.7476-2.91970.25911330.2192654X-RAY DIFFRACTION100
2.9197-3.14510.27791490.19922638X-RAY DIFFRACTION100
3.1451-3.46150.22451550.18192678X-RAY DIFFRACTION100
3.4615-3.96210.19271600.16832657X-RAY DIFFRACTION100
3.9621-4.99070.18681390.14532713X-RAY DIFFRACTION100
4.9907-43.67990.18491460.17222847X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.366-0.7187-0.13861.80661.24193.015-0.101-0.2272-0.00170.27810.0268-0.13760.3386-0.05460.05340.2525-0.0054-0.05650.16010.03790.260624.237913.66545.582
21.12590.5352-0.06111.8531.08831.4664-0.0003-0.05560.14410.10840.0299-0.3246-0.0868-0.1111-0.01660.23280.019-0.05020.1687-0.02470.246825.162823.926741.8384
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42.1731.62260.86583.17780.68951.126-0.1440.17670.3986-0.38210.0451-0.0299-0.3394-0.04490.08940.27550.01350.01080.20720.03030.281918.531525.598228.9763
52.90311.2208-0.96413.0506-1.08473.4425-0.33410.13360.0432-0.49850.198-0.170.14560.56750.20290.2683-0.0549-0.04960.4030.02290.21911.330312.611218.7888
69.19351.9666-3.35557.0191-0.87998.55290.04320.3893-0.9851-0.92250.2574-0.19651.34910.3407-0.3050.42980.0635-0.04140.2786-0.04350.287112.34473.657621.5663
72.34991.60691.69680.90710.87521.07530.2092-0.3576-0.19180.06-0.1173-0.12670.2029-0.4117-0.1020.3505-0.0639-0.00930.3470.01590.2838-4.37515.397230.953
88.04820.33214.51113.5831-0.35254.4925-0.1170.1018-0.7742-0.67790.37270.86070.0162-1.7249-0.27020.629-0.0814-0.21490.87190.08840.5102-31.4723-17.252111.7364
91.8257-0.4450.15482.8127-1.94273.56620.24040.3702-0.3446-0.59450.16130.65470.7997-0.3712-0.37680.4103-0.0442-0.14890.3204-0.00980.3426-20.2581.2883-5.7555
102.1312-0.7013-0.48042.15170.17742.90050.03790.0914-0.4045-0.24320.09220.21240.43380.2993-0.10150.31030.0194-0.04230.2075-0.01110.2435-13.1835.9911-3.0808
113.53260.4869-0.21481.7155-0.39341.82690.26710.57650.1992-0.4798-0.2357-0.20460.23510.4319-0.06520.33030.0983-0.00870.32680.01160.1715-10.535213.5172-9.2839
121.5340.04070.54011.2371-0.54471.48930.18460.0134-0.15-0.1079-0.17530.01580.1789-0.00560.01350.27470.0082-0.02420.1829-0.00380.1854-11.45468.55123.8882
133.73370.3079-0.36042.3392-0.06743.43970.0190.3565-0.3919-0.2344-0.0454-0.06280.20930.07920.05120.20350.0115-0.03070.19970.00060.2145-3.9119.87428.0505
144.3126-2.1553-2.93365.39243.44734.64570.02910.6039-0.0156-0.8933-0.1557-0.4756-0.20660.98140.08440.34770.05860.09460.56210.04340.3121.24839.3279-9.6422
151.34350.235-1.84091.31310.11582.73540.09070.6876-0.4554-0.131-0.5923-0.22020.56831.56210.28380.34880.2068-0.00950.7541-0.02050.52674.49153.11932.4643
162.82380.9885-1.37224.2639-1.51514.3171-0.1061-0.05360.4863-0.2920.03330.2093-0.35910.0321-0.03790.2306-0.0365-0.04960.2838-0.00770.2654-1.089419.247613.5785
172.51371.4173-0.04596.7647-3.40426.1648-0.2587-0.11990.93980.50470.24890.2279-0.5739-0.5779-0.00920.24650.0162-0.00690.2223-0.06990.4275-10.097522.492915.4403
181.5828-0.01710.61430.45520.32250.98130.2026-0.3814-0.08630.0397-0.02120.01840.0603-0.1916-0.19050.3501-0.0965-0.05250.30750.05140.3088-10.52660.410922.0653
191.9549-0.25311.32652.98060.53239.41180.124-0.6950.5103-0.13780.3096-0.3487-1.514-0.6906-0.47140.4773-0.03530.03470.5069-0.08510.3714-1.931616.623540.2197
201.7859-0.3773-0.65163.382-0.93823.0299-0.477-0.7251-0.56580.61820.65210.1410.4013-1.1181-0.2230.63730.05460.07590.4633-0.00070.374610.49512.051959.5897
212.57170.00190.46610.8987-0.39920.2638-0.5836-0.26110.09060.8963-0.06360.0270.0379-0.41310.53911.0289-0.0670.16241.0664-0.2460.503812.350615.957773.4306
225.644-1.20970.77325.0599-0.76575.0744-0.4559-0.7344-0.45230.3251-0.09471.04490.8285-1.25340.47630.5881-0.16060.10160.568-0.08260.4188.377118.654565.6928
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精密化 TLSグループ
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10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 193 through 217 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 218 through 251 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 252 through 275 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 276 through 286 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 287 through 300 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 301 through 314 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 315 through 328 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 329 through 340 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 1 through 10 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 11 through 15 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 16 through 20 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 21 through 22 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 1 through 6 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 1 through 6 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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