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万見
- PDB-1px5: Crystal structure of the 2'-specific and double-stranded RNA-acti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1px5
タイトルCrystal structure of the 2'-specific and double-stranded RNA-activated interferon-induced antiviral protein 2'-5'-oligoadenylate synthetase
要素2'-5'-oligoadenylate synthetase 1
キーワードTRANSFERASE / 5-stranded antiparalel beta sheet / four helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of transformation of host cell by virus / 2'-5' oligoadenylate synthase / 2'-5'-oligoadenylate synthetase activity / regulation of ribonuclease activity / interleukin-27-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / double-stranded RNA binding / defense response to virus ...negative regulation of transformation of host cell by virus / 2'-5' oligoadenylate synthase / 2'-5'-oligoadenylate synthetase activity / regulation of ribonuclease activity / interleukin-27-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / double-stranded RNA binding / defense response to virus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2 / 2-5-oligoadenylate synthetase, N-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 1. / 2-5-oligoadenylate synthetase, C-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2/C-terminal / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2, C-terminus / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 2. / 2'-5'-oligoadenylate synthase N-terminal region profile. / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain ...2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2 / 2-5-oligoadenylate synthetase, N-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 1. / 2-5-oligoadenylate synthetase, C-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2/C-terminal / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2, C-terminus / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 2. / 2'-5'-oligoadenylate synthase N-terminal region profile. / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-5'-oligoadenylate synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Hartmann, R. / Justesen, J. / Sarkar, S.N. / Sen, G.C. / Yee, V.C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the 2'-specific and double-stranded RNA-activated interferon-induced antiviral protein 2'-5'-oligoadenylate synthetase
著者: Hartmann, R. / Justesen, J. / Sarkar, S.N. / Sen, G.C. / Yee, V.C.
履歴
登録2003年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1
B: 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2236
ポリマ－80,8392
非ポリマー3844
水13,872770
1
A: 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6123
ポリマ－40,4191
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6123
ポリマ－40,4191
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.524, 132.601, 57.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1 / (2-5')oligo(A)synthetase 1 / 2-5A synthetase 1 / p42 OAS


分子量: 40419.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: OAS1 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: Q29599, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 2000mme, sodium cacodylate, ammonium sulfate, sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
230 %PEG2000 MME1reservoir
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→19.95 Å / Num. all: 70008 / Num. obs: 69379 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 32.4
反射 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / % possible all: 96.7
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.1 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 7.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.74→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 4925 7.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 69379 99.2 %-
all-70008 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.6205 Å2 / ksol: 0.353352 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.54 Å20 Å23.51 Å2
2---2.5 Å20 Å2
3----5.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5460 0 20 770 6250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.293
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.213.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.323.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.854
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 820 7.3 %
Rwork0.224 10408 -
obs-10408 96.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_MOD.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rfree: 0.2242 / Rfactor Rwork: 0.1868
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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