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- PDB-6ck4: G96A mutant of the PRPP riboswitch from T. mathranii bound to ppGpp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ck4
タイトルG96A mutant of the PRPP riboswitch from T. mathranii bound to ppGpp
要素PRPP riboswitch
キーワードRNA / Riboswitch / ykkC / PRPP / ppGpp
機能・相同性GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter mathranii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.097 Å
データ登録者Reiss, C.W. / Knappenberger, A.J. / Strobel, S.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM022778 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structures of two aptamers with differing ligand specificity reveal ruggedness in the functional landscape of RNA.
著者: Knappenberger, A.J. / Reiss, C.W. / Strobel, S.A.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRPP riboswitch
B: PRPP riboswitch
C: PRPP riboswitch
D: PRPP riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,11449
ポリマ－150,7134
非ポリマー4,40145
水37821
1
A: PRPP riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,22915
ポリマ－37,6781
非ポリマー1,55114
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PRPP riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5119
ポリマ－37,6781
非ポリマー8328
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PRPP riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,73113
ポリマ－37,6781
非ポリマー1,05312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PRPP riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,64312
ポリマ－37,6781
非ポリマー96511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.252, 62.147, 125.909
Angle α, β, γ (deg.)91.180, 89.610, 101.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 1 and (name P or name...
21(chain B and ((resid 1 and (name P or name...
31(chain C and ((resid 1 and (name P or name...
41(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 1 and (name P or name...A1
121(chain A and ((resid 1 and (name P or name...A0 - 112
131(chain A and ((resid 1 and (name P or name...A0 - 112
141(chain A and ((resid 1 and (name P or name...A0 - 112
151(chain A and ((resid 1 and (name P or name...A0 - 112
161(chain A and ((resid 1 and (name P or name...A0 - 112
171(chain A and ((resid 1 and (name P or name...A0 - 112
181(chain A and ((resid 1 and (name P or name...A0 - 112
191(chain A and ((resid 1 and (name P or name...A0 - 112
1101(chain A and ((resid 1 and (name P or name...A0 - 112
1111(chain A and ((resid 1 and (name P or name...A0 - 112
1121(chain A and ((resid 1 and (name P or name...A0 - 112
211(chain B and ((resid 1 and (name P or name...B1
221(chain B and ((resid 1 and (name P or name...B0 - 111
231(chain B and ((resid 1 and (name P or name...B0 - 111
241(chain B and ((resid 1 and (name P or name...B0 - 111
251(chain B and ((resid 1 and (name P or name...B0 - 111
261(chain B and ((resid 1 and (name P or name...B0 - 111
271(chain B and ((resid 1 and (name P or name...B0 - 111
281(chain B and ((resid 1 and (name P or name...B0 - 111
291(chain B and ((resid 1 and (name P or name...B0 - 111
2101(chain B and ((resid 1 and (name P or name...B0 - 111
2111(chain B and ((resid 1 and (name P or name...B0 - 111
2121(chain B and ((resid 1 and (name P or name...B0 - 111
311(chain C and ((resid 1 and (name P or name...C1
321(chain C and ((resid 1 and (name P or name...C0 - 111
331(chain C and ((resid 1 and (name P or name...C0 - 111
341(chain C and ((resid 1 and (name P or name...C0 - 111
351(chain C and ((resid 1 and (name P or name...C0 - 111
361(chain C and ((resid 1 and (name P or name...C0 - 111
371(chain C and ((resid 1 and (name P or name...C0 - 111
381(chain C and ((resid 1 and (name P or name...C0 - 111
391(chain C and ((resid 1 and (name P or name...C0 - 111
3101(chain C and ((resid 1 and (name P or name...C0 - 111
3111(chain C and ((resid 1 and (name P or name...C0 - 111
3121(chain C and ((resid 1 and (name P or name...C0 - 111
411(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...D1 - 37
421(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...D38
431(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...D0 - 115
441(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...D0 - 115
451(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...D0 - 115
461(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...D0 - 115
471(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...D0 - 115
481(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...D0 - 115
491(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...D0 - 115
4101(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...D0 - 115
4111(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...D0 - 115
4121(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...D0 - 115
4131(chain D and (resid 1 through 37 or (resid 38...D0 - 115

-
要素

-
RNA鎖 , 1種, 4分子 ABCD

#1: RNA鎖
PRPP riboswitch


分子量: 37678.297 Da / 分子数: 4 / 断片: GB residues 657680-657796 / 変異: G96A / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermoanaerobacter mathranii (バクテリア)
参照: GenBank: 296841273

-
非ポリマー , 6種, 66分子

#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 % / 解説: Crystals formed as thin plates.
結晶化温度: 296.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 1 uL 150 uM RNA in 10 mM magnesium chloride, 10 mM potassium chloride, 10 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 1 mM ppGpp, mixed with 0.8 uL 80 mM sodium chloride, 40 mM sodium cacodylate, pH 7.0, 30% MPD, 12 mM spermine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月10日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.097→40 Å / Num. obs: 26741 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 97.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.927 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.152.11.22213090.2531.0261.6040.91294.7
3.15-3.212.31.13313420.3650.951.4870.95194.3
3.21-3.272.31.1213560.2980.9391.471.00794.6
3.27-3.342.41.06213640.4990.8811.3881.00494.7
3.34-3.412.30.90513410.5780.7521.1831.01795.3
3.41-3.492.30.92913860.4610.7791.2190.98594.5
3.49-3.582.30.79513620.6060.6651.0421.05695.7
3.58-3.682.20.75313430.6730.6380.9921.01594.5
3.68-3.782.20.62313500.8230.5220.8180.91394.7
3.78-3.912.20.60113410.7550.5060.790.98993
3.91-4.042.20.61213300.7720.5130.8030.97893.5
4.04-4.212.10.5113170.7410.430.6710.9892.9
4.21-4.420.41512630.7730.3470.5450.93487.6
4.4-4.632.10.27811980.8940.2340.3660.90285.1
4.63-4.922.30.2313780.8770.1910.3010.87895.8
4.92-5.32.40.14413850.9490.120.1890.87596.3
5.3-5.832.30.10513750.9730.0870.1370.90395.8
5.83-6.672.30.07513770.9870.0620.0980.8695.8
6.67-8.392.10.0412920.9960.0330.0520.71991
8.39-402.30.03213320.9920.0260.0420.64393.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.1 Å36.54 Å
Translation3.1 Å36.54 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PHENIX1.12-2829精密化
REFMAC5精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.097→36.539 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 43.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3041 1263 4.74 %
Rwork0.2484 --
obs0.2509 26642 92.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 352.48 Å2 / Biso mean: 144.6331 Å2 / Biso min: 34.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.097→36.539 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 8829 191 21 9041
Biso mean--120.91 95.64 -
残基数----419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01810075
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.85215597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1372082
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5565005
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4438X-RAY DIFFRACTION10.364TORSIONAL
12B4438X-RAY DIFFRACTION10.364TORSIONAL
13C4438X-RAY DIFFRACTION10.364TORSIONAL
14D4438X-RAY DIFFRACTION10.364TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0965-3.22050.42851250.41222671279689
3.2205-3.36690.44071410.41032882302394
3.3669-3.54430.42051400.3942895303595
3.5443-3.76620.40071770.35882826300394
3.7662-4.05660.40951460.3262843298993
4.0566-4.46420.33481250.28692696282189
4.4642-5.10870.30351220.22262833295593
5.1087-6.43070.25561440.2052922306696
6.4307-36.54190.23231430.17592811295492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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