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- PDB-6cil: PRE-REACTION COMPLEX, RAG1(E962Q)/2-INTACT/INTACT 12/23RSS COMPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cil
タイトルPRE-REACTION COMPLEX, RAG1(E962Q)/2-INTACT/INTACT 12/23RSS COMPLEX IN MN2+
要素
  • (Intact 12RSS substrate ...) x 2
  • (Intact 23RSS substrate ...) x 2
  • (V(D)J recombination-activating protein ...) x 2
  • High mobility group protein B1
キーワードRECOMBINATION/DNA / VDJ recombination / RSS / RAG1/2 / RECOMBINATION / RECOMBINATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of restriction endodeoxyribonuclease activity / regulation of tolerance induction / calcium-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of myeloid progenitor cell differentiation / regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of mismatch repair / negative regulation of apoptotic cell clearance / plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / myeloid dendritic cell activation ...regulation of restriction endodeoxyribonuclease activity / regulation of tolerance induction / calcium-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of myeloid progenitor cell differentiation / regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of mismatch repair / negative regulation of apoptotic cell clearance / plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / myeloid dendritic cell activation / T-helper 1 cell activation / mature B cell differentiation involved in immune response / T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of dendritic cell differentiation / C-X-C chemokine binding / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / neutrophil clearance / B cell homeostatic proliferation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of glycogen catabolic process / DN2 thymocyte differentiation / DNA geometric change / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / endothelial cell chemotaxis / positive regulation of organ growth / RAGE receptor binding / positive regulation of interleukin-1 production / eye development / Regulation of TLR by endogenous ligand / bubble DNA binding / regulation of behavioral fear response / V(D)J recombination / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / negative regulation of T cell apoptotic process / myeloid cell differentiation / myeloid progenitor cell differentiation / Apoptosis induced DNA fragmentation / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of nucleotide-excision repair / macrophage activation involved in immune response / histone H3K4me3 reader activity / negative regulation of thymocyte apoptotic process / positive regulation of monocyte chemotaxis / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / cellular response to interleukin-7 / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / endothelial cell proliferation / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / glycogen catabolic process / apoptotic cell clearance / supercoiled DNA binding / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / dendritic cell chemotaxis / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / DNA binding, bending / positive regulation of DNA binding / regulation of T cell differentiation / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of T cell differentiation / organ growth / T cell lineage commitment / positive regulation of wound healing / phosphatidylserine binding / B cell lineage commitment / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of activated T cell proliferation / T cell homeostasis / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / TRAF6 mediated NF-kB activation / negative regulation of type II interferon production / DNA topological change / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of interleukin-10 production / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / T cell differentiation / protein kinase activator activity / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Pyroptosis / protein autoubiquitination / four-way junction DNA binding / condensed chromosome / DNA polymerase binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of autophagy / transcription repressor complex / phosphatidylinositol binding / activation of innate immune response / response to glucocorticoid / lung development / positive regulation of interferon-beta production
類似検索 - 分子機能
HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / Recombination-activating protein 1 zinc-finger domain / : / V(D)J recombination-activating protein 1, Zinc finger / RAG nonamer-binding domain / NBD domain profile. / Zinc finger RAG1-type profile. / V(D)J recombination-activating protein 1 / RAG1 importin-binding ...HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / Recombination-activating protein 1 zinc-finger domain / : / V(D)J recombination-activating protein 1, Zinc finger / RAG nonamer-binding domain / NBD domain profile. / Zinc finger RAG1-type profile. / V(D)J recombination-activating protein 1 / RAG1 importin-binding / RAG1 importin binding / Recombination-activation protein 1 (RAG1), recombinase / Recombination activating protein 2 / RAG2 PHD domain / V-D-J recombination activating protein 2 / Recombination activating protein 2, PHD domain / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Kelch-type beta propeller / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger C2H2 superfamily / Ring finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / High mobility group protein B1 / V(D)J recombination-activating protein 1 / V(D)J recombination-activating protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.15 Å
データ登録者Chuenchor, W. / Chen, X. / Kim, M.S. / Gellert, M. / Yang, W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK036147, DK036144, DK036167 米国
National Institutes of Health/Office of the Director 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2018
タイトル: Cracking the DNA Code for V(D)J Recombination.
著者: Min-Sung Kim / Watchalee Chuenchor / Xuemin Chen / Yanxiang Cui / Xing Zhang / Z Hong Zhou / Martin Gellert / Wei Yang /
要旨: To initiate V(D)J recombination for generating the adaptive immune response of vertebrates, RAG1/2 recombinase cleaves DNA at a pair of recombination signal sequences, the 12- and 23-RSS. We have ...To initiate V(D)J recombination for generating the adaptive immune response of vertebrates, RAG1/2 recombinase cleaves DNA at a pair of recombination signal sequences, the 12- and 23-RSS. We have determined crystal and cryo-EM structures of RAG1/2 with DNA in the pre-reaction and hairpin-forming complexes up to 2.75 Å resolution. Both protein and DNA exhibit structural plasticity and undergo dramatic conformational changes. Coding-flank DNAs extensively rotate, shift, and deform for nicking and hairpin formation. Two intertwined RAG1 subunits crisscross four times between the asymmetric pair of severely bent 12/23-RSS DNAs. Location-sensitive bending of 60° and 150° in 12- and 23-RSS spacers, respectively, must occur for RAG1/2 to capture the nonamers and pair the heptamers for symmetric double-strand breakage. DNA pairing is thus sequence-context dependent and structure specific, which partly explains the "beyond 12/23" restriction. Finally, catalysis in crystallo reveals the process of DNA hairpin formation and its stabilization by interleaved base stacking.
履歴
登録2018年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V(D)J recombination-activating protein 1
B: V(D)J recombination-activating protein 2
C: V(D)J recombination-activating protein 1
D: V(D)J recombination-activating protein 2
N: High mobility group protein B1
F: Intact 12RSS substrate reverse strand
I: Intact 12RSS substrate forward strand
G: Intact 23RSS substrate reverse strand
J: Intact 23RSS substrate forward strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,16113
ポリマ－300,9219
非ポリマー2414
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The assembly was made by mixing of RAG1/2, 12RSS, 23RSS, and HMGB1 in 1:1.2:1.2:2 molar ratio. The tetrameric unit was then purified by gel filtration. The molecular weight ...根拠: gel filtration, The assembly was made by mixing of RAG1/2, 12RSS, 23RSS, and HMGB1 in 1:1.2:1.2:2 molar ratio. The tetrameric unit was then purified by gel filtration. The molecular weight marker for gel filtration was used to determine the size of the complex.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.332, 118.830, 198.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain D and (resid 1 through 4 or (resid 5...
21(chain B and (resid 1 through 38 or (resid 39...
12(chain C and (resid 408 through 503 or (resid 504...
22(chain A and ((resid 408 through 423 and (name N...
13(chain G and resid 33 through 50) or (chain J and resid 8 through 25)
23(chain F and resid 22 through 39) or (chain I and resid 8 through 25)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETGLNGLN(chain D and (resid 1 through 4 or (resid 5...DD1 - 41 - 4
121METMETMETMET(chain D and (resid 1 through 4 or (resid 5...DD55
131METMETARGARG(chain D and (resid 1 through 4 or (resid 5...DD1 - 3491 - 349
141METMETARGARG(chain D and (resid 1 through 4 or (resid 5...DD1 - 3491 - 349
151METMETARGARG(chain D and (resid 1 through 4 or (resid 5...DD1 - 3491 - 349
161METMETARGARG(chain D and (resid 1 through 4 or (resid 5...DD1 - 3491 - 349
211METMETLYSLYS(chain B and (resid 1 through 38 or (resid 39...BB1 - 381 - 38
221ARGARGARGARG(chain B and (resid 1 through 38 or (resid 39...BB3939
231METMETCYSCYS(chain B and (resid 1 through 38 or (resid 39...BB1 - 3501 - 350
241METMETCYSCYS(chain B and (resid 1 through 38 or (resid 39...BB1 - 3501 - 350
251METMETCYSCYS(chain B and (resid 1 through 38 or (resid 39...BB1 - 3501 - 350
261METMETCYSCYS(chain B and (resid 1 through 38 or (resid 39...BB1 - 3501 - 350
112LEULEULEULEU(chain C and (resid 408 through 503 or (resid 504...CC408 - 50325 - 120
122ARGARGARGARG(chain C and (resid 408 through 503 or (resid 504...CC504121
132LEULEUASNASN(chain C and (resid 408 through 503 or (resid 504...CC397 - 100714 - 624
142LEULEUASNASN(chain C and (resid 408 through 503 or (resid 504...CC397 - 100714 - 624
152LEULEUASNASN(chain C and (resid 408 through 503 or (resid 504...CC397 - 100714 - 624
162LEULEUASNASN(chain C and (resid 408 through 503 or (resid 504...CC397 - 100714 - 624
212LEULEUGLUGLU(chain A and ((resid 408 through 423 and (name N...AA408 - 42325 - 40
222LEULEUASNASN(chain A and ((resid 408 through 423 and (name N...AA408 - 100725 - 624
232LEULEUASNASN(chain A and ((resid 408 through 423 and (name N...AA408 - 100725 - 624
242LEULEUASNASN(chain A and ((resid 408 through 423 and (name N...AA408 - 100725 - 624
252LEULEUASNASN(chain A and ((resid 408 through 423 and (name N...AA408 - 100725 - 624
113DADADGDG(chain G and resid 33 through 50) or (chain J and resid 8 through 25)GH33 - 5033 - 50
123DCDCDTDT(chain G and resid 33 through 50) or (chain J and resid 8 through 25)JI8 - 256 - 23
213DADADGDG(chain F and resid 22 through 39) or (chain I and resid 8 through 25)FF22 - 3922 - 39
223DCDCDTDT(chain F and resid 22 through 39) or (chain I and resid 8 through 25)IG8 - 252 - 19

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
V(D)J recombination-activating protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 V(D)J recombination-activating protein 1 / RAG-1


分子量: 71716.141 Da / 分子数: 2 / 変異: E962Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rag1 / プラスミド: pLEXm / 詳細 (発現宿主): His(6)-MBP-PreScission / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P15919, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 V(D)J recombination-activating protein 2 / RAG-2


分子量: 40036.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rag2, Rag-2 / プラスミド: pLEXm / 詳細 (発現宿主): His(6)-MBP-PreScission / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21784

-
タンパク質 , 1種, 1分子 N

#3: タンパク質 High mobility group protein B1 / High mobility group protein 1 / HMG-1


分子量: 18897.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMGB1, HMG1 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09429

-
Intact 12RSS substrate ... , 2種, 2分子 FI

#4: DNA鎖 Intact 12RSS substrate reverse strand


分子量: 12429.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: DNA鎖 Intact 12RSS substrate forward strand


分子量: 12194.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
Intact 23RSS substrate ... , 2種, 2分子 GJ

#6: DNA鎖 Intact 23RSS substrate reverse strand


分子量: 16954.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#7: DNA鎖 Intact 23RSS substrate forward strand


分子量: 16937.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.15→50 Å / Num. obs: 27342 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 190.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 4.15→4.22 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.933 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1345 / CC1/2: 0.677 / Rpim(I) all: 0.511 / Rrim(I) all: 1.067 / Χ2: 0.742 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CIK

6cik


解像度: 4.15→37.98 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2306 1396 5.11 %Copy from intact/nicked structure
Rwork0.2061 ---
obs0.2073 27302 99.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 495.28 Å2 / Biso mean: 217.7642 Å2 / Biso min: 134.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.15→37.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14549 3690 4 0 18243
Biso mean--153.87 --
残基数----2076
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11D2908X-RAY DIFFRACTION7.578TORSIONAL
12B2908X-RAY DIFFRACTION7.578TORSIONAL
21C5478X-RAY DIFFRACTION7.578TORSIONAL
22A5478X-RAY DIFFRACTION7.578TORSIONAL
31G708X-RAY DIFFRACTION7.578TORSIONAL
32F708X-RAY DIFFRACTION7.578TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.15-4.29810.27391300.24272532266298
4.2981-4.470.26631550.225225772732100
4.47-4.67310.25771600.202925652725100
4.6731-4.91890.26791390.20225942733100
4.9189-5.22640.2241340.182525712705100
5.2264-5.62880.24941510.200825812732100
5.6288-6.1930.24651330.19926152748100
6.193-7.08410.24181310.202825982729100
7.0841-8.90620.25261300.207426362766100
8.9062-37.98380.19781330.20762637277098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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