PDB-6cdo: Structure of vaccine-elicited HIV-1 neutralizing antibody vFP16.0...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cdo

タイトル

Structure of vaccine-elicited HIV-1 neutralizing antibody vFP16.02 in complex with HIV-1 fusion peptide residue 512-519

要素

HIV-1 fusion peptide 512-519
vFP16.02 Fab heavy chain
vFP16.02 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Neutralizing / antibody / fusion peptide / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.099 Å

データ登録者

Xu, K. / Liu, K. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Nat Med / 年: 2018
タイトル: Epitope-based vaccine design yields fusion peptide-directed antibodies that neutralize diverse strains of HIV-1.
著者: Kai Xu / Priyamvada Acharya / Rui Kong / Cheng Cheng / Gwo-Yu Chuang / Kevin Liu / Mark K Louder / Sijy O'Dell / Reda Rawi / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / Tongqing Zhou ...
要旨: A central goal of HIV-1 vaccine research is the elicitation of antibodies capable of neutralizing diverse primary isolates of HIV-1. Here we show that focusing the immune response to exposed N- ...

履歴

登録	2018年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cdo.cif.gz	105.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cdo.ent.gz	82.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cdo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cdo_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cdo_full_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示
XML形式データ	6cdo_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	6cdo_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cdo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7459C 7460C 8420C 8421C 8422C 5tkjC 5tkkC 6cdeC 6cdiC 6cdmC 6cdpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5drz-1 6dcv-1 5mub-7 1cu4-d 5mth-1 1yeg-d 5drz-2 3hzm-d 6wx2-1 2hrp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (6)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (6)

登録構造単位

A: vFP16.02 Fab heavy chain

B: vFP16.02 Fab light chain

C: HIV-1 fusion peptide 512-519

ヘテロ分子

50.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.027, 141.027, 77.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: 抗体	vFP16.02 Fab heavy chain 分子量: 24459.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	vFP16.02 Fab light chain 分子量: 24041.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	HIV-1 fusion peptide 512-519 分子量: 732.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: Q2N0S5*PLUS
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M NaoAc pH 4.5, 2 M AmSO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 46197 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 38.22 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 1.009 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 641724

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	9.7	0.931	2251	0.858	0.294	0.978	0.567	99.7
2.14-2.18	10.9	0.87	2279	0.888	0.261	0.909	0.58	100
2.18-2.22	12.2	0.823	2271	0.939	0.237	0.857	0.588	100
2.22-2.26	13.2	0.655	2255	0.948	0.184	0.68	0.651	100
2.26-2.31	13.7	0.717	2287	0.942	0.198	0.745	0.625	100
2.31-2.37	14	0.593	2279	0.963	0.162	0.615	0.617	100
2.37-2.42	14.3	0.518	2285	0.973	0.141	0.537	0.649	100
2.42-2.49	14.5	0.469	2271	0.976	0.127	0.486	0.659	100
2.49-2.56	14.7	0.391	2302	0.983	0.106	0.406	0.69	100
2.56-2.65	14.8	0.337	2274	0.986	0.091	0.349	0.725	100
2.65-2.74	14.8	0.273	2281	0.991	0.073	0.283	0.797	100
2.74-2.85	14.8	0.216	2298	0.993	0.058	0.223	0.851	100
2.85-2.98	14.8	0.171	2319	0.995	0.046	0.177	0.939	100
2.98-3.14	14.8	0.132	2295	0.996	0.036	0.137	1.093	100
3.14-3.33	14.8	0.111	2317	0.997	0.03	0.115	1.313	100
3.33-3.59	14.7	0.09	2320	0.998	0.024	0.094	1.571	100
3.59-3.95	14.6	0.074	2343	0.998	0.02	0.077	1.716	100
3.95-4.52	14.5	0.061	2352	0.999	0.017	0.064	1.859	100
4.52-5.7	14.3	0.055	2383	0.999	0.015	0.057	1.678	100
5.7-50	13.4	0.051	2535	0.999	0.014	0.053	1.498	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.099→41.954 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.55

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	2299	4.98 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.1956	46131	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.1 Å² / B_iso mean: 44.8775 Å² / B_iso min: 26.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.099→41.954 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3460	0	50	295	3805
B_iso mean	-	-	74.62	48.6	-
残基数	-	-	-	-	457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3582
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.972	4873
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	546
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	610
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.555	2103

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0989-2.1446	0.299	130	0.2679	2618	2748	97
2.1446-2.1945	0.3212	142	0.2475	2677	2819	100
2.1945-2.2493	0.252	125	0.2358	2715	2840	100
2.2493-2.3101	0.3081	152	0.2269	2708	2860	100
2.3101-2.3781	0.2881	143	0.2174	2705	2848	100
2.3781-2.4549	0.2519	140	0.2164	2706	2846	100
2.4549-2.5426	0.2736	136	0.2149	2724	2860	100
2.5426-2.6444	0.2239	151	0.224	2717	2868	100
2.6444-2.7647	0.2951	146	0.2277	2731	2877	100
2.7647-2.9104	0.2643	125	0.2317	2732	2857	100
2.9104-3.0927	0.2429	138	0.2182	2767	2905	100
3.0927-3.3314	0.2432	165	0.2081	2727	2892	100
3.3314-3.6665	0.2302	164	0.1925	2740	2904	100
3.6665-4.1966	0.19	150	0.1698	2771	2921	100
4.1966-5.2857	0.1616	139	0.1412	2822	2961	100
5.2857-41.9622	0.2112	153	0.1851	2972	3125	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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