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- PDB-6cas: Serial Femtosecond X-ray Crystal Structure of 30S ribosomal subun... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cas | ||||||
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Title | Serial Femtosecond X-ray Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus in complex with N1MS | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RIBOSOME / translation / miscoding / antibiotic / N1MS | ||||||
Function / homology | ![]() ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | DeMirci, H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Aminoglycoside ribosome interactions reveal novel conformational states at ambient temperature. Authors: O'Sullivan, M.E. / Poitevin, F. / Sierra, R.G. / Gati, C. / Dao, E.H. / Rao, Y. / Aksit, F. / Ciftci, H. / Corsepius, N. / Greenhouse, R. / Hayes, B. / Hunter, M.S. / Liang, M. / McGurk, A. ...Authors: O'Sullivan, M.E. / Poitevin, F. / Sierra, R.G. / Gati, C. / Dao, E.H. / Rao, Y. / Aksit, F. / Ciftci, H. / Corsepius, N. / Greenhouse, R. / Hayes, B. / Hunter, M.S. / Liang, M. / McGurk, A. / Mbgam, P. / Obrinsky, T. / Pardo-Avila, F. / Seaberg, M.H. / Cheng, A.G. / Ricci, A.J. / DeMirci, H. | ||||||
History |
|
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 2.6 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 2.2 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-RNA chain , 3 types, 3 molecules AYW
#1: RNA chain | Mass: 492598.969 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
---|---|
#22: RNA chain | Mass: 1792.037 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#23: RNA chain | Mass: 4815.937 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
-30S ribosomal protein ... , 20 types, 20 molecules BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#2: Protein | Mass: 29186.506 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80371 |
---|---|
#3: Protein | Mass: 26619.881 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80372 |
#4: Protein | Mass: 24242.254 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80373 |
#5: Protein | Mass: 17452.221 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHQ5 |
#6: Protein | Mass: 11988.753 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SLP8 |
#7: Protein | Mass: 17919.775 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P17291 |
#8: Protein | Mass: 15868.570 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY9 |
#9: Protein | Mass: 14279.419 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80374 |
#10: Protein | Mass: 11823.772 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHN7 |
#11: Protein | Mass: 13606.672 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80376 |
#12: Protein | Mass: 14552.280 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHN3 |
#13: Protein | Mass: 14207.666 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80377 |
#14: Protein | Mass: 7027.529 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY6 |
#15: Protein | Mass: 10447.213 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SJ76 |
#16: Protein | Mass: 10409.983 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SJH3 |
#17: Protein | Mass: 12194.460 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY7 |
#18: Protein | Mass: 10127.102 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SLQ0 |
#19: Protein | Mass: 10474.269 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHP2 |
#20: Protein | Mass: 11604.946 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80380 |
#21: Protein/peptide | Mass: 3218.835 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SIH3 |
-Sugars , 1 types, 1 molecules ![](data/chem/img/EUS.gif)
#25: Sugar | ChemComp-EUS / |
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-Non-polymers , 3 types, 547 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#24: Chemical | ChemComp-MG / #26: Chemical | #27: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.62 Å3/Da / Density % sol: 73.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: microbatch / pH: 6.5 / Details: 17% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→39.19 Å / Num. obs: 175871 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 131 % / Biso Wilson estimate: 85.3 Å2 / Net I/σ(I): 2.29 |
Reflection shell | Resolution: 3.5→39.19 Å |
-
Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.5→39.19 Å / SU ML: 0.74 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.55
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 487.88 Å2 / Biso mean: 100.6375 Å2 / Biso min: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.5→39.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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