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- PDB-6c7k: Crystal structure of an ACO/RPE65 chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c7k
タイトルCrystal structure of an ACO/RPE65 chimera
要素Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / non-heme iron / chimera / 7-bladed propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase / all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kiser, P.D. / Shi, W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY009339 米国
Department of Veterans AffairsIK2BX002683 米国
引用ジャーナル: Hum.Mol.Genet. / 年: 2018
タイトル: Insights into the pathogenesis of dominant retinitis pigmentosa associated with a D477G mutation in RPE65.
著者: Choi, E.H. / Suh, S. / Sander, C.L. / Hernandez, C.J.O. / Bulman, E.R. / Khadka, N. / Dong, Z. / Shi, W. / Palczewski, K. / Kiser, P.D.
履歴
登録2018年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
B: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
C: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
D: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,13210
ポリマ－217,8384
非ポリマー2946
水13,061725
1
A: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5513
ポリマ－54,4591
非ポリマー912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5513
ポリマ－54,4591
非ポリマー912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5152
ポリマ－54,4591
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5152
ポリマ－54,4591
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.346, 125.663, 204.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNTHRTHRAA12 - 49012 - 490
21GLNGLNTHRTHRBB12 - 49012 - 490
12ARGARGGLNGLNAA13 - 48913 - 489
22ARGARGGLNGLNCC13 - 48913 - 489
13ARGARGGLNGLNAA13 - 48913 - 489
23ARGARGGLNGLNDD13 - 48913 - 489
14ARGARGGLNGLNBB13 - 48913 - 489
24ARGARGGLNGLNCC13 - 48913 - 489
15ARGARGGLNGLNBB13 - 48913 - 489
25ARGARGGLNGLNDD13 - 48913 - 489
16ARGARGTHRTHRCC13 - 49013 - 490
26ARGARGTHRTHRDD13 - 49013 - 490

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Apocarotenoid-15,15'-oxygenase / ACO / 8'-apo-beta-carotenal 15 / 15'-oxygenase / Diox1


分子量: 54459.379 Da / 分子数: 4
変異: P44L, D45W, P431S, R432H, G434D, G435A, V436L, A437E, W442V, D461N, Q463K
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: sll1541 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P74334, all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.04 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6 and 21% w/v sodium polyacrylate 2100

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979357 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979357 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 106564 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Rmerge(I) obs: 1.752 / Num. unique obs: 16940 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4OU9

4ou9


解像度: 2.5→48.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.217 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21651 5100 4.8 %RANDOM
Rwork0.18135 ---
obs0.18299 101462 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 60.379 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.05 Å20 Å2
3---1.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→48.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15082 0 6 725 15813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01915530
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0213998
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5311.95221148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.742332541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.54351910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.00223.875738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.368152404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8911588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.22246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02117478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.023258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3335.8897652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.335.8887651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.28.8439558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.2018.8449559
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0566.3437878
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0566.3437878
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5559.31711590
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.61867.38816252
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.61667.37216233
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A301380.05
12B301380.05
21A297140.06
22C297140.06
31A296820.06
32D296820.06
41B300100.05
42C300100.05
51B300240.05
52D300240.05
61C303840.04
62D303840.04
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 401 -
Rwork0.339 7281 -
obs--98.65 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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