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- PDB-2biw: Crystal structure of apocarotenoid cleavage oxygenase from Synech... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2biw
タイトルCrystal structure of apocarotenoid cleavage oxygenase from Synechocystis, native enzyme
要素APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXYGENASE / NON-HEME IRON / CAROTENOID CLEAVAGE / RETINAL FORMATION / DIOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase / all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R)-3-HYDROXY-8'-APOCAROTENOL / : / Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種SYNECHOCYSTIS SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Kloer, D.P. / Ruch, S. / Al-Babili, S. / Beyer, P. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: The Structure of a Retinal-Forming Carotenoid Oxygenase
著者: Kloer, D.P. / Ruch, S. / Al-Babili, S. / Beyer, P. / Schulz, G.E.
履歴
登録2005年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
B: APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
C: APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
D: APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,33912
ポリマ－217,3774
非ポリマー1,9628
水9,764542
1
A: APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8353
ポリマ－54,3441
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8353
ポリマ－54,3441
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8353
ポリマ－54,3441
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8353
ポリマ－54,3441
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)119.046, 125.278, 203.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 12 - 490 / Label seq-ID: 12 - 490

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.022157, -0.99968, -0.012234), (0.999754, 0.022171, -0.000999), (0.00127, -0.012209, 0.999925)29.3029, -30.1669, 50.6999
2given(0.38794, 0.220637, -0.894887), (-0.567825, -0.707574, -0.420611), (-0.726001, 0.671311, -0.149213)93.7767, 30.8166, 166.3703
3given(0.23525, -0.362409, -0.901841), (-0.756169, 0.514705, -0.404088), (0.610627, 0.777006, -0.152957)52.9647, 13.9851, 118.8693

-
要素

#1: タンパク質
APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE / LIGNOSTILBENE-ALPHA / BETA-DIOXYGENASE


分子量: 54344.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNECHOCYSTIS SP. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / プラスミド: PET3B-ACO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P74334
#2: 化合物
ChemComp-3ON / (3R)-3-HYDROXY-8'-APOCAROTENOL / (1R)-4-[(1E,3E,5E,7Z,9E,11Z,13E,15E)-17-HYDROXY-3,7,12,16-TETRAMETHYLHEPTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15-OCTAEN-1-YL]-3,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEX-3-EN-1-OL


分子量: 434.653 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O2
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE NAME OF THE MOLECULE IN THE UNIPROT DATABASE WITH ACCESSION NUMBER P74334 IS LIGNOSTILBENE- ...THE NAME OF THE MOLECULE IN THE UNIPROT DATABASE WITH ACCESSION NUMBER P74334 IS LIGNOSTILBENE-ALPHA,BETA- DIOXYGENASE BUT THE DEPOSITOR MAINTAINS THAT THIS IS A DATABASE ERROR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化pH: 5.7 / 詳細: pH 5.70

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.2399
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2399 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→44 Å / Num. obs: 111472 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 55.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.39→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 80.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ACO APO FORM

解像度: 2.39→44.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 12.241 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 5864 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 111472 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20 Å20 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→44.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15068 0 132 542 15742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02215648
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.96221308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.99751912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54823.838740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.092152384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.761592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.22236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.26945
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.210314
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6711.59740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.113215372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75836724
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7544.55936
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3766 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.340.5
2Bmedium positional0.340.5
3Cmedium positional0.310.5
4Dmedium positional0.320.5
1Amedium thermal0.862
2Bmedium thermal0.892
3Cmedium thermal0.862
4Dmedium thermal0.822
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.45 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.317 382
Rwork0.253 7640
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.17370.3018-0.76052.1154-0.72982.8130.0846-0.0586-0.0248-0.13-0.1177-0.13870.02780.10520.0331-0.23350.05230.0352-0.19040.0372-0.242424.45950.871491.7002
22.057-0.0243-0.54832.19260.49512.5763-0.14790.0352-0.05940.0990.07540.07350.2074-0.05170.0725-0.1698-0.05820.0921-0.1887-0.0477-0.235230.97515.020541.0197
31.8507-0.5579-0.16662.12890.0522.4173-0.00430.0441-0.1478-0.0381-0.02680.3180.0839-0.34930.0311-0.28330.07030.0069-0.1112-0.001-0.049144.3183-44.226585.7755
42.36980.67040.00891.9680.10672.1585-0.07850.08730.244-0.19020.1230.1724-0.3824-0.0327-0.0446-0.0369-0.09880.0331-0.24580.0226-0.087-13.3793-17.531835.1802
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 490
2X-RAY DIFFRACTION2B12 - 490
3X-RAY DIFFRACTION3C12 - 490
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 490

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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