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- PDB-4ou8: Crystal structure of apocarotenoid oxygenase in the presence of C8E6 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ou8 | ||||||
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Title | Crystal structure of apocarotenoid oxygenase in the presence of C8E6 | ||||||
![]() | Apocarotenoid-15,15'-oxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / monotopic membrane protein / non-heme iron / metalloenzyme / 4-His iron center / beta propeller / carotenoid oxygenase | ||||||
Function / homology | ![]() all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase / all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sui, X. / Shi, W. / Palczewski, K. / Kiser, P.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Analysis of Carotenoid Isomerase Activity in a Prototypical Carotenoid Cleavage Enzyme, Apocarotenoid Oxygenase (ACO). Authors: Sui, X. / Kiser, P.D. / Che, T. / Carey, P.R. / Golczak, M. / Shi, W. / von Lintig, J. / Palczewski, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 448.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 62.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 85.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ou9C ![]() 2biwS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 12 - 490 / Label seq-ID: 12 - 490
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 54344.191 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P74334, all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase #2: Chemical | ChemComp-FE2 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.46 Å3/Da / Density % sol: 64.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: PEG 3350, BTP, NH4Cl, C8E6 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 26, 2013 |
Radiation | Monochromator: Si(111) crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.7308 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. all: 75329 / Num. obs: 75053 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2BIW Resolution: 2.8→48.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 35.157 / SU ML: 0.287 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.711 / ESU R Free: 0.309 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.077 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→48.58 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.796→2.869 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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