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Yorodumi- PDB-4ou8: Crystal structure of apocarotenoid oxygenase in the presence of C8E6 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ou8 | ||||||
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Title | Crystal structure of apocarotenoid oxygenase in the presence of C8E6 | ||||||
Components | Apocarotenoid-15,15'-oxygenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / monotopic membrane protein / non-heme iron / metalloenzyme / 4-His iron center / beta propeller / carotenoid oxygenase | ||||||
Function / homology | all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase / all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / : / Apocarotenoid-15,15'-oxygenase Function and homology information | ||||||
Biological species | Synechocystis sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Sui, X. / Shi, W. / Palczewski, K. / Kiser, P.D. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2014 Title: Analysis of Carotenoid Isomerase Activity in a Prototypical Carotenoid Cleavage Enzyme, Apocarotenoid Oxygenase (ACO). Authors: Sui, X. / Kiser, P.D. / Che, T. / Carey, P.R. / Golczak, M. / Shi, W. / von Lintig, J. / Palczewski, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ou8.cif.gz | 752.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ou8.ent.gz | 631.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ou8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/4ou8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/4ou8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ou9C 2biwS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 12 - 490 / Label seq-ID: 12 - 490
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 54344.191 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Synechocystis sp. (bacteria) / Strain: PCC 6803 / Gene: diox1, sll1541 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P74334, all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase #2: Chemical | ChemComp-FE2 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.46 Å3/Da / Density % sol: 64.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: PEG 3350, BTP, NH4Cl, C8E6 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.7308 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 26, 2013 |
Radiation | Monochromator: Si(111) crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.7308 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. all: 75329 / Num. obs: 75053 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2BIW Resolution: 2.8→48.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 35.157 / SU ML: 0.287 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.711 / ESU R Free: 0.309 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.077 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→48.58 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.796→2.869 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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