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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kk0 | |||||||||
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Title | Synechocystis ACO mutant - T136A | |||||||||
![]() | Apocarotenoid-15,15'-oxygenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / carotenoid cleavage dioxygenase / iron coordination / non-heme iron proteins | |||||||||
Function / homology | ![]() all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase / all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sui, X. / Kiser, P.D. / Palczewski, K. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Utilization of Dioxygen by Carotenoid Cleavage Oxygenases. Authors: Sui, X. / Golczak, M. / Zhang, J. / Kleinberg, K.A. / von Lintig, J. / Palczewski, K. / Kiser, P.D. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 309.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 457.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 62.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 85.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ou9S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 1
NCS ensembles :
NCS oper:
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 54314.168 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: PCC 6803 / Kazusa / Gene: sll1541 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P74334, all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase #2: Chemical | ChemComp-FE2 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.48 Å3/Da / Density % sol: 64.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: Sodium Chloride, BisTris Propane, Sodium Polyacrylate 2100, Triton X-100 PH range: 6.0 - 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 15, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.79→48.61 Å / Num. obs: 75385 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.7 % / Net I/σ(I): 7.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4OU9 Resolution: 2.8→48.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / Cross valid method: THROUGHOUT / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.8→48.61 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.87
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LS refinement shell | Highest resolution: 2.8 Å |