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- PDB-6c5c: Crystal structure of the 3-dehydroquinate synthase (DHQS) domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c5c
タイトルCrystal structure of the 3-dehydroquinate synthase (DHQS) domain of Aro1 from Candida albicans SC5314 in complex with NADH
要素3-dehydroquinate synthase
キーワードLYASE / chorismate biosynthesis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / shikimate kinase / shikimate dehydrogenase (NADP+) / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / shikimate kinase activity / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity ...3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / shikimate kinase / shikimate dehydrogenase (NADP+) / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / shikimate kinase activity / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pentafunctional AroM protein / Shikimate dehydrogenase, AroM-type / 3-dehydroquinate synthase AroB / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / 3-dehydroquinate synthase domain / 3-dehydroquinate synthase / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate kinase/Threonine synthase-like 1 ...Pentafunctional AroM protein / Shikimate dehydrogenase, AroM-type / 3-dehydroquinate synthase AroB / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / 3-dehydroquinate synthase domain / 3-dehydroquinate synthase / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate kinase/Threonine synthase-like 1 / Shikimate kinase/gluconokinase / Shikimate kinase / 3-dehydroquinate dehydratase type I / Type I 3-dehydroquinase / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / EPSP synthase signature 1. / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, conserved site / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / EPSP synthase signature 2. / Rossmann fold - #1970 / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Pentafunctional AROM polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Michalska, K. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2022
タイトル: Molecular analysis and essentiality of Aro1 shikimate biosynthesis multi-enzyme in .
著者: Peter J Stogios / Sean D Liston / Cameron Semper / Bradley Quade / Karolina Michalska / Elena Evdokimova / Shane Ram / Zbyszek Otwinowski / Dominika Borek / Leah E Cowen / Alexei Savchenko /
要旨: In the human fungal pathogen , encodes an essential multi-enzyme that catalyses consecutive steps in the shikimate pathway for biosynthesis of chorismate, a precursor to folate and the aromatic ...In the human fungal pathogen , encodes an essential multi-enzyme that catalyses consecutive steps in the shikimate pathway for biosynthesis of chorismate, a precursor to folate and the aromatic amino acids. We obtained the first molecular image of Aro1 that reveals the architecture of all five enzymatic domains and their arrangement in the context of the full-length protein. Aro1 forms a flexible dimer allowing relative autonomy of enzymatic function of the individual domains. Our activity and in cellulo data suggest that only four of Aro1's enzymatic domains are functional and essential for viability of , whereas the 3-dehydroquinate dehydratase (DHQase) domain is inactive because of active site substitutions. We further demonstrate that in , the type II DHQase Dqd1 can compensate for the inactive DHQase domain of Aro1, suggesting an unrecognized essential role for this enzyme in shikimate biosynthesis. In contrast, in and , which do not encode a Dqd1 homolog, Aro1 DHQase domains are enzymatically active, highlighting diversity across species.
履歴
登録2018年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32021年4月14日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate synthase
B: 3-dehydroquinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,73818
ポリマ－85,5692
非ポリマー2,16916
水7,008389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area31180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.678, 92.060, 88.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-dehydroquinate synthase / Aro1p


分子量: 42784.645 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-387 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: ARO1, CAALFM_C400890WA, CaO19.12175, CaO19.4704 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Gold / 参照: UniProt: Q5AME2, 3-dehydroquinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium thiocyanate, 20% PEG3350, 2 mM NADH, 0.5 mM zinc chloride, cryoprotectant: 8% glycerol, 8% ethylene glycol, 8% sucrose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 69649 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 37.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.956 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 3533 / CC1/2: 0.717 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SG6

1sg6


解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 6.857 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 2108 3.1 %RANDOM
Rwork0.17606 ---
obs0.17695 66446 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.338 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3 Å20 Å21.23 Å2
2---1.3 Å20 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5908 0 141 389 6438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196178
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026051
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6551.9958340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99314024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7025771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.44124.249233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.11151120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6111534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6021.5513087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6011.5513086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9392.3213857
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9311.7523091
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9291.7523091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3742.5624484
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.39220.0376922
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.39220.0456923
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 139 -
Rwork0.307 4880 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.36850.12360.21722.58520.80433.03860.10020.01630.00060.0275-0.07830.4722-0.1136-0.3636-0.02190.0275-0.0026-0.03860.25110.01490.2573-26.2409-10.2767-12.7413
23.793-0.5188-0.24642.0167-0.0372.3514-0.0678-0.17620.26970.23420.00940.2342-0.2706-0.21450.05850.1395-0.032-0.01590.2068-0.01590.2209-17.3787-3.3605-2.8882
31.9755-0.1921.78212.0456-0.36063.20560.0570.0617-0.04630.0335-0.0714-0.0202-0.050.0930.01440.0189-0.0336-0.0330.17020.01420.1532-11.8393-13.3925-9.8895
41.4416-0.7161-1.41973.21321.96342.31210.0370.33930.0132-0.7039-0.15250.1596-0.2018-0.2940.11560.25170.0101-0.09720.29510.02640.1858-17.9649-15.1499-31.8695
54.0844-1.42351.10767.3292-3.92786.41890.04010.0879-0.0302-0.56850.12290.7195-0.1423-0.5476-0.1630.15310.0038-0.09010.3177-0.07640.2273-23.7105-16.0567-27.367
66.0872.8476-5.53342.5985-5.291210.8560.0291-0.522-1.3113-0.3949-0.2102-0.1411.02720.4310.18120.72760.0229-0.11180.42110.08280.5803-12.9935-33.1284-15.2924
72.3025-0.22270.21562.52030.04082.1527-0.01690.1973-0.0301-0.35330.0053-0.27310.06460.17890.01160.24860.01060.02770.28160.01310.1793-3.8224-22.681-33.432
86.6525-2.15742.08958.81170.8057.31050.0050.32920.9633-0.4262-0.1286-0.5718-0.39360.54220.12360.4742-0.09570.0850.41630.10290.40094.6832-9.435-35.9883
94.5070.0172-1.12056.8456-0.462311.999-0.0853-0.2938-0.39530.1160.0723-0.25410.40830.13550.0130.21740.0237-0.00610.4230.00110.40718.31-24.9874-22.4892
104.7099-1.0976-0.3442.20780.17073.0027-0.15630.0689-0.329-0.11690.0793-0.35640.26210.29010.07690.38580.05990.04010.2707-0.00280.3116-1.4421-33.697-30.2106
115.6491-1.60813.08982.7702-1.23224.70470.0147-0.0837-0.00280.1220.0309-0.01650.06880.0692-0.04560.2735-0.01870.0280.2384-0.01960.29581.5828-38.123717.4724
120.8957-1.03080.32861.9183-0.92644.5388-0.13370.03920.04570.2272-0.1466-0.29120.29730.64990.28030.07720.0197-0.05850.29840.06610.23710.7028-29.95869.4965
130.89290.00670.07164.19140.57485.1235-0.1221-0.03290.10550.2402-0.1075-0.58380.01741.07680.22970.0457-0.0407-0.10850.56740.14520.37817.3097-25.52686.0593
142.12-1.0399-1.38893.274-0.28733.7301-0.04750.10620.11890.1055-0.1533-0.2367-0.33930.42170.20080.0759-0.0998-0.09580.26790.06240.1986.5737-15.728-0.8871
151.3264-0.35690.94512.4758-2.09594.1499-0.1462-0.00090.10750.3843-0.0339-0.0785-0.32810.0420.18010.0913-0.0425-0.06770.18360.01050.15310.5968-19.77168.7967
163.3492-0.1685-1.57041.2972-0.41972.8266-0.0115-0.45490.08310.5783-0.0664-0.1928-0.19420.53390.07790.3805-0.033-0.13160.3130.00250.17764.5433-23.541531.0407
179.3518-0.96363.86923.6997-0.17445.64060.0007-0.1367-0.43670.177-0.0137-0.08410.1160.1010.0130.30920.02260.01860.18710.00820.17231.1648-31.048824.949
180.70111.8871.26675.30654.32277.782-0.14680.01730.0982-0.41020.00560.41760.31-0.0440.14130.47530.0054-0.03780.5065-0.04240.5592-17.91-31.391315.3932
192.74060.8131-0.75612.3579-0.22882.204-0.0489-0.10520.26870.13190.04740.0641-0.2418-0.06840.00150.38640.014-0.040.2376-0.03110.1762-10.238-15.383231.7487
203.76142.5188-0.82756.09650.28731.2050.06350.11340.6825-0.0084-0.04730.6992-0.391-0.2669-0.01610.46420.0297-0.00650.37370.00150.2792-14.9731-9.948529.6674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2A57 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3A106 - 171
4X-RAY DIFFRACTION4A172 - 221
5X-RAY DIFFRACTION5A222 - 246
6X-RAY DIFFRACTION6A247 - 257
7X-RAY DIFFRACTION7A258 - 324
8X-RAY DIFFRACTION8A325 - 339
9X-RAY DIFFRACTION9A340 - 359
10X-RAY DIFFRACTION10A360 - 387
11X-RAY DIFFRACTION11B-2 - 11
12X-RAY DIFFRACTION12B12 - 46
13X-RAY DIFFRACTION13B47 - 80
14X-RAY DIFFRACTION14B81 - 106
15X-RAY DIFFRACTION15B107 - 172
16X-RAY DIFFRACTION16B173 - 225
17X-RAY DIFFRACTION17B226 - 249
18X-RAY DIFFRACTION18B250 - 256
19X-RAY DIFFRACTION19B257 - 321
20X-RAY DIFFRACTION20B322 - 387

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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