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- PDB-7tbv: Crystal structure of the shikimate kinase + 3-dehydroquinate dehy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tbv
タイトルCrystal structure of the shikimate kinase + 3-dehydroquinate dehydratase + 3-dehydroshikimate dehydrogenase domains of Aro1 from Candida albicans
要素Pentafunctional AROM polypeptide
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CHORISMATE BIOSYNTHESIS / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID
生物種Candida albicans Ca6 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Michalska, K. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2022
タイトル: Molecular analysis and essentiality of Aro1 shikimate biosynthesis multi-enzyme in .
著者: Peter J Stogios / Sean D Liston / Cameron Semper / Bradley Quade / Karolina Michalska / Elena Evdokimova / Shane Ram / Zbyszek Otwinowski / Dominika Borek / Leah E Cowen / Alexei Savchenko /
要旨: In the human fungal pathogen , encodes an essential multi-enzyme that catalyses consecutive steps in the shikimate pathway for biosynthesis of chorismate, a precursor to folate and the aromatic ...In the human fungal pathogen , encodes an essential multi-enzyme that catalyses consecutive steps in the shikimate pathway for biosynthesis of chorismate, a precursor to folate and the aromatic amino acids. We obtained the first molecular image of Aro1 that reveals the architecture of all five enzymatic domains and their arrangement in the context of the full-length protein. Aro1 forms a flexible dimer allowing relative autonomy of enzymatic function of the individual domains. Our activity and in cellulo data suggest that only four of Aro1's enzymatic domains are functional and essential for viability of , whereas the 3-dehydroquinate dehydratase (DHQase) domain is inactive because of active site substitutions. We further demonstrate that in , the type II DHQase Dqd1 can compensate for the inactive DHQase domain of Aro1, suggesting an unrecognized essential role for this enzyme in shikimate biosynthesis. In contrast, in and , which do not encode a Dqd1 homolog, Aro1 DHQase domains are enzymatically active, highlighting diversity across species.
履歴
登録2021年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentafunctional AROM polypeptide
B: Pentafunctional AROM polypeptide
C: Pentafunctional AROM polypeptide
D: Pentafunctional AROM polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,28723
ポリマ－309,9214
非ポリマー1,36519
水34,6971926
1
A: Pentafunctional AROM polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9087
ポリマ－77,4801
非ポリマー4286
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pentafunctional AROM polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6894
ポリマ－77,4801
非ポリマー2083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Pentafunctional AROM polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6894
ポリマ－77,4801
非ポリマー2083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Pentafunctional AROM polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0018
ポリマ－77,4801
非ポリマー5207
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.682, 89.239, 270.708
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.283, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Pentafunctional AROM polypeptide


分子量: 77480.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans Ca6 (酵母) / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1926 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M sodium formate, 12% PEG3350, 1 mM ATP, 2 mM shikimate-3-phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 163233 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 33.49 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 13.96
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.411 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 8117 / CC1/2: 0.656 / Rpim(I) all: 0.595 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5SWV

5swv


解像度: 2.3→29.82 Å / SU ML: 0.2318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.6425
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 1926 1.22 %RANDOM
Rwork0.178 155591 --
obs0.1786 157517 95.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21338 0 84 1926 23348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003421838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.548929513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00393777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.76228095
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.350.35711230.294710042X-RAY DIFFRACTION86.47
2.35-2.420.29141360.271910651X-RAY DIFFRACTION91.63
2.42-2.490.27621350.251710697X-RAY DIFFRACTION92.38
2.49-2.570.30091300.2310784X-RAY DIFFRACTION92.95
2.57-2.660.23981370.212210779X-RAY DIFFRACTION93.16
2.66-2.770.241330.205710918X-RAY DIFFRACTION93.56
2.77-2.890.24321360.197511219X-RAY DIFFRACTION96.17
2.89-3.040.24491360.193811257X-RAY DIFFRACTION96.91
3.04-3.240.23851430.181511429X-RAY DIFFRACTION97.92
3.24-3.480.22681430.170511316X-RAY DIFFRACTION97.23
3.48-3.830.21471450.152811521X-RAY DIFFRACTION98.68
3.83-4.390.18021450.135611664X-RAY DIFFRACTION99.29
4.39-5.520.16741390.142811511X-RAY DIFFRACTION97.97
5.52-29.820.23151450.169311803X-RAY DIFFRACTION98.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.72830496699-1.292763724063.763739222150.42389812196-1.121638175298.58943757285-0.182527694606-0.7832114494360.3216372617030.07728572518970.1173621129170.0451183470098-0.535848259459-0.98398134090.04017605008560.2901194564680.07333416584540.03237340331690.284309962754-0.01515420493960.275591363038-10.8239171506-19.645311287432.8807353466
24.13004569284-1.649555488962.392884409350.895266951669-0.4245856770666.37868701321-0.112133259109-0.2377005026410.165431213735-0.0215262264064-0.0401790610545-0.07987003213440.04009660381240.380667922430.1009995398460.2693225763020.0116751517645-0.01326026157810.2130809504470.01265990708140.206888535668-2.55997177975-24.272991800428.9354462169
31.05384113499-0.371720449713-0.3804462759270.343257325249-0.735770213435.99916732506-0.03469674232330.2040367333550.3135722884540.04288123841430.1174329109940.261659834058-0.0952504602917-0.638497949424-0.01956485612810.1882859435050.04383848870280.0009538073733730.2122182301110.01310080105610.294755563127-14.3402324298-20.51536031427.87933665065
40.969674199016-0.3972574251480.1435345565521.82590101794-0.1226601987251.982570573330.06548361425560.0221189995641-0.08500900517130.125362967409-0.00266239143004-0.1531531633290.2998486670380.0234353442452-0.04537008216410.2386348370450.00113287886175-0.02006077205110.07338042377690.003817362939050.266919931055-2.10660996099-30.7302210435-3.53485233417
51.43015534685-0.323203347127-0.4931264543921.214685787350.7166547632012.132312720460.05544347316640.2693220311260.192965797413-0.148953517746-0.1528588307680.287481768563-0.154143023999-0.6365209246350.07175742124840.206721215970.024716305774-0.02939474256940.2527241586550.02706566265250.324457016689-25.9490051535-11.843438706-10.4574866925
64.296660219170.0123751878803-0.9494960246454.146701421981.028442181753.19179150234-0.164161487015-0.244154798020.1114093197240.1911727192010.1630485271590.190729383069-0.338700137205-0.4935414528960.008147043388360.27144633790.129284094920.02259475196790.3501496186140.0007701696676140.292326563613-34.799477943-4.3309707420219.2682756074
71.26452399293-0.865029423273-1.393468936652.034981734531.609052575626.176384662810.00262864084464-0.1216373605780.402249336880.03929464267180.0882389201932-0.01259945814-0.4748736844870.0144457798753-0.08617713231950.1772939216710.02912434728790.01671639594140.178487586765-0.008399933054960.395356366639-22.3075000655-2.215052502225.24774559592
80.3427015304470.1272783551471.64238218947-0.4465260153920.3635326054718.26760235250.02141853523810.2337358930190.0518717197415-0.0406073732748-0.003920514189830.0129702716973-0.3012417103490.297803404043-0.03030830180610.4122689729680.00284056318943-0.03652369510980.4809751741760.06220286523650.330426414796-17.6255918929-20.3023252994-72.5869607467
92.113755511770.200585334498-0.5448186398981.990415374660.389721095974.231410529330.02420550536580.2959264848640.0586515851511-0.2466448108530.04917026868430.0330515642297-0.0494841321642-0.0359424915306-0.03126138238970.181595164640.0234774014693-0.00828593005560.2445358631540.01554940658690.189446413005-15.1044029112-24.6703150703-42.1282807595
102.29975998003-0.105224948683-2.171136944180.9657221723770.4107893646434.682437235980.223379594841-0.09118738124450.232386128238-0.0710163404640.210706291258-0.16139118914-0.4921405446861.31589248192-0.299423848040.498335285706-0.09642798709150.143744008720.888961260143-0.0827317428940.44712500362313.1427227957-16.3701988767-61.7335099972
110.529597044702-0.3712953075352.02604205106-0.275684194808-1.623244742797.84153000505-0.00830743731876-0.1430777153260.0770715396174-0.06942322091590.03348512976310.0700901626572-0.246353172032-0.363663735537-0.01803448040320.41933894014-0.0472863607746-0.07276036792010.637697940868-0.004568860033110.358097090584-20.849762235120.4705261231-58.7235118348
122.020073165790.0586238544444-2.0653965590.783288881509-0.2790617749764.536964919720.243512933138-0.03237264511590.115036391860.164205169861-0.03044735460660.0698937692645-0.284564031075-0.49708003599-0.1555107210990.360726928391-0.0607279112418-0.03166063508780.38846868886-0.007807099492660.28396394855-35.088848955926.5946034779-82.3859945095
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151.78954365603-0.616420429738-0.8077751199731.31535331193-0.0287636203983.43491845549-0.0210159576584-0.05318487612810.1723675159030.1270655787560.0474165085340.291022300183-0.299511004827-0.642034452002-0.006277456140290.2445347107070.06694350842220.0145321611910.3278398463910.002289191759960.405218778377-68.9395622356-0.544545644333-130.435633877
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 856 through 909 )AA856 - 9091 - 54
22chain 'A' and (resid 910 through 1013 )AA910 - 101355 - 144
33chain 'A' and (resid 1014 through 1044 )AA1014 - 1044145 - 175
44chain 'A' and (resid 1045 through 1226 )AA1045 - 1226176 - 357
55chain 'A' and (resid 1227 through 1381 )AA1227 - 1381358 - 512
66chain 'A' and (resid 1382 through 1502 )AA1382 - 1502513 - 633
77chain 'A' and (resid 1503 through 1551 )AA1503 - 1551634 - 682
88chain 'B' and (resid 857 through 1095 )BB857 - 10951 - 223
99chain 'B' and (resid 1096 through 1317 )BB1096 - 1317224 - 445
1010chain 'B' and (resid 1318 through 1551 )BB1318 - 1551446 - 679
1111chain 'C' and (resid 857 through 1053 )CC857 - 10531 - 180
1212chain 'C' and (resid 1054 through 1551 )CC1054 - 1551181 - 678
1313chain 'D' and (resid 856 through 1013 )DD856 - 10131 - 142
1414chain 'D' and (resid 1014 through 1255 )DD1014 - 1255143 - 384
1515chain 'D' and (resid 1256 through 1551 )DD1256 - 1551385 - 680

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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