PDB-6yvc: Crystal structure of the small alarmone hydrolase (SAH) of Pseudo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yvc

タイトル

Crystal structure of the small alarmone hydrolase (SAH) of Pseudomonas aeruginosa

要素

Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alarmone / pppGpp / Pseudomonas aeruginosa

機能・相同性

HD domain / hydrolase activity / : / Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Altegoer, F. / Bange, G.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2021
タイトル: Dual role of a (p)ppGpp- and (p)ppApp-degrading enzyme in biofilm formation and interbacterial antagonism.
著者: Steinchen, W. / Ahmad, S. / Valentini, M. / Eilers, K. / Majkini, M. / Altegoer, F. / Lechner, M. / Filloux, A. / Whitney, J.C. / Bange, G.

履歴

登録	2020年4月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6yvc.ent.gz	249.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	6yvc_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yvc_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
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CIF形式データ	6yvc_validation.cif.gz	53.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/6yvc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/6yvc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5xnxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yvc-3 6xyk-d 1kuk-d 1u71-d 1pd8-d 1v2o-d 5xw8-d 4ktu-d 3d80-d 4kfj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

B: Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

C: Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

D: Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

86.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
21.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.330, 85.380, 122.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.059, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-423- HOH
2	1	B-510- HOH
3	1	D-488- HOH

#1: タンパク質	Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase 分子量: 21601.330 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: C0044_03060, CGU42_31275, DT376_11420, DY930_06745, DZ962_15010, ECC04_012485, F3H14_24895, IPC116_15200, IPC1481_11715, IPC1509_07345, IPC36_18005, PAMH19_0488 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A071L0I0
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 854 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.0 M sodium formate and 0.1 M sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.072 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→45.78 Å / Num. obs: 72548 / % possible obs: 99.13 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.16 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 8.09
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / R_merge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 7192 / CC_1/2: 0.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	位相決定
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XNX

5xnx

解像度: 1.85→45.78 Å / SU ML: 0.2414 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.3129
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2219	3627	5 %
R_work	0.1912	68910	-
obs	0.1928	72537	99.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5553	0	4	854	6411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0048	5669
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7374	7692
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0415	844
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	1015
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.9239	774

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.87	0.3378	140	0.2976	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.87-1.9	0.3512	141	0.2745	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.9-1.93	0.3604	135	0.2795	2567	X-RAY DIFFRACTION	98.54
1.93-1.96	0.2763	140	0.2527	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.96-1.99	0.2968	139	0.2448	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.43
1.99-2.02	0.2703	139	0.2531	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.02-2.05	0.2766	138	0.2472	2614	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.05-2.09	0.2814	138	0.2369	2624	X-RAY DIFFRACTION	97.25
2.09-2.13	0.2618	137	0.2134	2598	X-RAY DIFFRACTION	98.59
2.13-2.17	0.2249	140	0.1972	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.17-2.22	0.2425	139	0.1823	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.22-2.27	0.2629	136	0.1948	2589	X-RAY DIFFRACTION	98.55
2.27-2.33	0.238	142	0.1804	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.33-2.39	0.2141	138	0.1795	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.39-2.46	0.2284	139	0.184	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.46-2.54	0.2244	139	0.1816	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.54-2.63	0.2343	140	0.1855	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.63-2.74	0.2525	141	0.1964	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.74-2.86	0.2193	141	0.1794	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.86-3.02	0.2112	139	0.1818	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.02-3.2	0.2026	140	0.1739	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.2-3.45	0.1999	141	0.1719	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.33
3.45-3.8	0.1576	139	0.1665	2647	X-RAY DIFFRACTION	98.83
3.8-4.35	0.1839	141	0.1623	2675	X-RAY DIFFRACTION	98.91
4.35-5.48	0.1889	142	0.1736	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.44
5.48-45.78	0.1963	143	0.2021	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.1

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.22054709731	-0.0090498364322	0.318524243889	2.44736435382	-0.172416596384	1.69229609712	0.136900514383	0.397333547527	0.209542553334	-0.290525318435	-0.153563764732	-0.173203422907	-0.0287029827734	0.0825799509271	-0.0032351879334	0.120900770614	0.056911169163	0.0366796465623	0.208561593877	0.0419102531792	0.15323441383	18.1511082941	12.0785015041	44.9883781347
2	3.12218938894	0.0977609923359	0.109312757477	2.16162233068	0.694020187297	0.40227321256	0.194883358373	0.319267219057	0.113354929216	-0.359552630911	-0.208706982907	-0.327050290577	-0.0232403722428	0.0803367692358	0.0387435293926	0.156651841647	0.0616556981539	0.0430431015368	0.235140771684	0.0556215241382	0.166843403249	27.8687979793	1.94859766012	47.5329816776
3	1.53283540267	-0.236284743962	0.643184769253	1.98087378485	0.616693347319	3.27234627141	0.279247133028	0.269057155024	-0.224731958506	-0.30185605271	-0.264573224554	0.171865620162	0.109011503467	-0.116590894365	-0.0189888515173	0.141274963967	0.0753712513447	-0.0331845225238	0.228164633042	-0.0191807248739	0.155615728094	19.574450772	-9.65740659149	47.3267695391
4	3.01353445983	-0.659666325595	1.43227955354	3.74579497312	-1.63901343987	4.9403211347	0.174801160359	0.29949027841	-0.220908017261	-0.426386276195	-0.171132878114	0.102166808007	0.0802576436363	-0.0581043941183	-0.0471919527061	0.141543574726	0.0855746051567	-0.0145642408523	0.235711220714	-0.0920014120477	0.161548313799	3.49716766997	5.26219662408	40.4280183354
5	2.49744595623	0.555231919794	-0.262205028505	2.51240270161	-0.201588311725	2.75243433567	0.20095326164	0.147930860154	-0.271933463186	-0.12454651662	-0.197781592847	0.187568400244	-0.00973831271122	-0.0635603383912	-0.0311523221782	0.100256464131	0.0576924516701	-0.021595660231	0.153751172264	-0.0288305082974	0.181120852486	-0.590310249029	9.38735542741	48.2411006816
6	2.81611692297	-0.68683997644	0.870011366063	2.75960711005	-0.888547771044	2.00213107313	0.116248323927	0.271709453245	-0.800605303468	-0.355685151331	-0.0476087745417	0.636480131013	0.224550631524	-0.229403206373	-0.0155296566675	0.172411115313	0.0183359287364	-0.0928702456707	0.244470548688	-0.101464225426	0.417486944581	-10.1590715073	1.17805080201	45.8547516098
7	3.30110439795	-0.109088639194	-0.292803108973	2.59826160748	-0.813521990936	0.442019607989	0.121612853029	0.336272239703	-0.292596626529	-0.284678954275	-0.0877640844433	0.320526476311	-0.0254613594067	-0.231504559709	-0.0340979176175	0.146435253645	0.0554882586255	-0.0470867631495	0.230178416934	-0.0602094434603	0.16582437613	-10.7908720681	16.7450190442	47.9232324123
8	2.34553286581	0.104804930731	-0.567501814898	2.2355194122	-0.184901253811	2.1740672073	0.329795962439	0.482567863411	0.251360660396	-0.443998788349	-0.265130526244	-0.196872052136	-0.137604434773	0.12247867402	-0.0486658078008	0.171621037402	0.0974878969024	0.0686615669423	0.25646351726	0.0373617512899	0.180171651348	-2.7151913234	28.1670873683	47.0508627072
9	4.44414696799	-0.271678451873	1.8877245784	3.96071977119	-0.636717613807	5.78382418826	-0.0237909649293	-0.457665605033	-0.328358642814	0.639125009815	0.25191717883	0.0847756175769	0.354518901183	0.154997395808	-0.35142684039	0.293522939373	0.0884467224551	0.0688033146767	0.159269381872	-0.00387439871106	0.182653060771	-24.9216842487	17.4954069391	19.4680828538
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18	3.01528643506	-0.601394179629	-0.0285541209013	2.41009490935	-0.0775615243716	0.992541044336	-0.243068744857	-0.415061492522	-0.0971079649072	0.393830913315	0.248086033661	0.266307964192	0.0211687374436	-0.0602738064368	0.00624321143027	0.220541952959	0.0717114893175	0.0190407698808	0.145539423624	0.0275537814765	0.131128746578	6.39294123411	-6.95838596722	11.611389487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 98 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 99 through 136 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 137 through 184 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 8 through 36 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 37 through 79 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 80 through 98 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 99 through 136 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 137 through 184 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 8 through 36 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 37 through 98 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 99 through 136 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 137 through 165 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 166 through 184 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 8 through 24 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 25 through 79 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 80 through 98 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 99 through 109 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 110 through 184 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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