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- PDB-6bft: Structure of Bevacizumab Fab mutant in complex with VEGF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bft
タイトルStructure of Bevacizumab Fab mutant in complex with VEGF
要素
  • Avastin Heavy Chain Fab fragment mutant
  • Avastin Light Chain Fab fragment mutant
  • Vascular endothelial growth factor A
キーワードIMMUNE SYSTEM / Avastin / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / negative regulation of adherens junction organization / lymph vessel morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / positive regulation of trophoblast cell migration / endothelial cell chemotaxis / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / lung vasculature development / vascular wound healing / eye photoreceptor cell development / positive regulation of protein localization to early endosome / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / neuropilin binding / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / commissural neuron axon guidance / positive regulation of vascular permeability / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of blood vessel branching / surfactant homeostasis / platelet-derived growth factor receptor binding / sprouting angiogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / cell migration involved in sprouting angiogenesis / extracellular matrix binding / epithelial cell maturation / endothelial cell proliferation / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / cardiac muscle cell development / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / artery morphogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / immunoglobulin complex / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / outflow tract morphogenesis / monocyte differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of receptor internalization / macrophage differentiation / mammary gland alveolus development / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / neuroblast proliferation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / heart morphogenesis / cell maturation / ovarian follicle development / lactation / positive regulation of endothelial cell proliferation / epithelial cell differentiation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / extracellular matrix
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / : / : / Immunoglobulin V-Type / Ribbon / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Vascular endothelial growth factor A, long form / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Christie, M. / Christ, D.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DE160100608 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP160104915 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Stable human IgG antibody therapeutics with native framework structure
著者: Christie, M. / Rouet, R. / Nevoltris, D. / Langley, D. / Schofield, P. / Fabri, L. / Tingey, K. / Lowe, D. / Jermutus, L. / Christ, D.
履歴
登録2017年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Avastin Light Chain Fab fragment mutant
A: Avastin Heavy Chain Fab fragment mutant
L: Avastin Light Chain Fab fragment mutant
H: Avastin Heavy Chain Fab fragment mutant
G: Vascular endothelial growth factor A
C: Vascular endothelial growth factor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,34310
ポリマ－120,7616
非ポリマー5834
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14220 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area47580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.279, 88.749, 106.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 GC

#3: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11933.665 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 214-315 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VEGFA, VEGF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15692

-
抗体 , 2種, 4分子 BLAH

#1: 抗体 Avastin Light Chain Fab fragment mutant


分子量: 23527.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0
#2: 抗体 Avastin Heavy Chain Fab fragment mutant


分子量: 24918.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5

-
非ポリマー , 3種, 135分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM MES, 6.0, 225 mM ammonium sulfate, 13% PEG4000, 10% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→45 Å / Num. obs: 47223 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Num. unique all: 4516 / CC1/2: 0.816

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BJ1

1bj1


解像度: 2.55→45 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 23.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2199 2395 5.09 %
Rwork0.1702 --
obs0.1727 47199 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8194 0 34 131 8359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018449
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08211498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3155033
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061471
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5481-2.57710.381410.29442744X-RAY DIFFRACTION95
2.5771-2.60740.33921370.26822987X-RAY DIFFRACTION100
2.6074-2.63920.3151680.25712902X-RAY DIFFRACTION100
2.6392-2.67260.3531530.2492919X-RAY DIFFRACTION100
2.6726-2.70770.29662020.24312896X-RAY DIFFRACTION100
2.7077-2.74480.29711930.21742875X-RAY DIFFRACTION100
2.7448-2.7840.29411770.22112965X-RAY DIFFRACTION100
2.784-2.82560.27291390.22092926X-RAY DIFFRACTION100
2.8256-2.86970.32931500.21752927X-RAY DIFFRACTION100
2.8697-2.91680.26651750.21312885X-RAY DIFFRACTION100
2.9168-2.9670.28761440.21863033X-RAY DIFFRACTION100
2.967-3.0210.28531400.21292847X-RAY DIFFRACTION100
3.021-3.07910.27351400.21312983X-RAY DIFFRACTION100
3.0791-3.14190.23891680.20652882X-RAY DIFFRACTION100
3.1419-3.21020.28511560.20262966X-RAY DIFFRACTION100
3.2102-3.28490.25721210.20472988X-RAY DIFFRACTION100
3.2849-3.3670.25391810.19162894X-RAY DIFFRACTION100
3.367-3.4580.22241450.17782929X-RAY DIFFRACTION100
3.458-3.55970.22591670.172926X-RAY DIFFRACTION100
3.5597-3.67460.23541110.16652970X-RAY DIFFRACTION100
3.6746-3.80580.18861540.15382925X-RAY DIFFRACTION100
3.8058-3.95810.16891770.13992906X-RAY DIFFRACTION100
3.9581-4.13810.16211640.12982908X-RAY DIFFRACTION100
4.1381-4.35610.17421960.11632925X-RAY DIFFRACTION100
4.3561-4.62880.13831470.10952951X-RAY DIFFRACTION100
4.6288-4.98580.1351720.10452879X-RAY DIFFRACTION100
4.9858-5.48670.17151510.12082936X-RAY DIFFRACTION100
5.4867-6.27890.17571240.14962983X-RAY DIFFRACTION100
6.2789-7.90370.20391790.16022882X-RAY DIFFRACTION100
7.9037-45.00890.17491300.15392963X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4761-0.0741-0.02650.4125-0.08260.50060.003-0.02450.03720.05330.0722-0.0811-0.07970.05350.00020.21030.0655-0.01180.2399-0.02950.15849.079612.8374164.3931
20.49220.0707-0.03650.240.24940.83920.06290.1141-0.11460.0576-0.02180.06390.095-0.0051-0.00020.1870.01970.00760.2103-0.00820.19756.1157-0.539151.9619
30.47990.15230.10310.50640.16610.5211-0.09640.069-0.0009-0.09420.0003-0.005-0.0046-0.1042-0.05280.1544-0.0050.01170.0654-0.0220.1217-96.4866-19.552997.1873
40.76140.35810.14630.40830.3750.4148-0.0231-0.09830.02940.0589-0.0309-0.01530.08430.041-0.00310.1879-0.00130.00040.10430.02060.1443-92.9318-17.2442115.9105
50.3706-0.1680.18750.2514-0.31680.3933-0.1202-0.39230.11560.04930.0003-0.02450.0326-0.0107-0.00550.20230.0498-0.01210.2817-0.08450.2647-41.56024.3919135.6483
60.1545-0.13120.08170.4129-0.19840.12010.03820.26870.1543-0.0332-0.08540.00070.12260.1673-0.00150.1880.01460.00550.2327-0.02140.2104-46.1438-2.5353121.6357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid 1 through 214)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 1 through 230)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'L' and resid 1 through 213)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'H' and resid 1 through 223)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'G' and resid 13 through 107)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'C' and resid 14 through 107)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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