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- PDB-6bcb: A Complex between PH Domain of p114RhoGEF and Activated RhoA Boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bcb
タイトルA Complex between PH Domain of p114RhoGEF and Activated RhoA Bound to a GTP Analog
要素
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 18
  • Transforming protein RhoA
キーワードSIGNALING PROTEIN / Rho GTPase Guanine Nucleotide Exchange Factors RhoGEF Pleckstrin Homology PH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / NRAGE signals death through JNK / RAC1 GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / RHOA GTPase cycle / alpha-beta T cell lineage commitment / aortic valve formation / mitotic cleavage furrow formation / positive regulation of lipase activity / bone trabecula morphogenesis ...TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / NRAGE signals death through JNK / RAC1 GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / RHOA GTPase cycle / alpha-beta T cell lineage commitment / aortic valve formation / mitotic cleavage furrow formation / positive regulation of lipase activity / bone trabecula morphogenesis / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / Roundabout signaling pathway / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / cleavage furrow formation / regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of osteoblast proliferation / forebrain radial glial cell differentiation / regulation of Rho protein signal transduction / apical junction assembly / cell junction assembly / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to chemokine / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / beta selection / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / negative regulation of cell size / negative regulation of oxidative phosphorylation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of modification of postsynaptic structure / RHO GTPases activate CIT / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / PCP/CE pathway / RHO GTPases activate KTN1 / positive regulation of podosome assembly / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / wound healing, spreading of cells / motor neuron apoptotic process / PI3K/AKT activation / odontogenesis / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / ossification involved in bone maturation / regulation of focal adhesion assembly / negative chemotaxis / apical junction complex / small GTPase-mediated signal transduction / EPHA-mediated growth cone collapse / myosin binding / regulation of neuron projection development / stress fiber assembly / cellular response to cytokine stimulus / RHOC GTPase cycle / positive regulation of cytokinesis / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / cleavage furrow / semaphorin-plexin signaling pathway / androgen receptor signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / RHOA GTPase cycle / mitotic spindle assembly / negative regulation of cell-substrate adhesion / Rho protein signal transduction / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / skeletal muscle tissue development / RHO GTPases activate PKNs / GPVI-mediated activation cascade / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of stress fiber assembly / cytoplasmic microtubule organization / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / positive regulation of neuron differentiation / substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of cell migration / secretory granule membrane / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / cell-matrix adhesion / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / kidney development / cell periphery / regulation of actin cytoskeleton organization / RHO GTPases Activate Formins / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction
類似検索 - 分子機能
ARHGEF18, PH domain / : / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain ...ARHGEF18, PH domain / : / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Transforming protein RhoA / Rho guanine nucleotide exchange factor 18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Sternweis, P.C. / Chen, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH-5R01GM031954 米国
引用ジャーナル: Data Brief / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of the PH domains from Lbc family of RhoGEFs bound to activated RhoA GTPase.
著者: Chen, Z. / Gutowski, S. / Sternweis, P.C.
履歴
登録2017年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Transforming protein RhoA
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2725
ポリマ－37,6462
非ポリマー6263
水7,764431
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.934, 60.039, 65.475
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 FA

#1: タンパク質 Transforming protein RhoA / Rho cDNA clone 12 / h12


分子量: 20865.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOA, ARH12, ARHA, RHO12 / プラスミド: pGEX-kG-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61586
#2: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 18


分子量: 16780.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arhgef18, Kiaa0521 / プラスミド: pGEX-kG-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6P9R4

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非ポリマー , 4種, 434分子

#3: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22-24% PEG 3350, 100mM Bis-Tris, 200mM NaCl / PH範囲: 5.8-6.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月9日
放射モノクロメーター: silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→27.291 Å / Num. obs: 70421 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 12.3 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3332 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.401→27.291 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1649 3520 5 %
Rwork0.1362 --
obs0.1377 70380 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.401→27.291 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2594 0 37 431 3062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012686
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3433627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9361039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4006-1.41980.25231230.20352366X-RAY DIFFRACTION89
1.4198-1.44010.25931410.18482625X-RAY DIFFRACTION97
1.4401-1.46160.2451400.1732613X-RAY DIFFRACTION98
1.4616-1.48450.19571370.1672706X-RAY DIFFRACTION99
1.4845-1.50880.20461390.15622611X-RAY DIFFRACTION100
1.5088-1.53480.19531390.14112703X-RAY DIFFRACTION100
1.5348-1.56270.19151380.13532653X-RAY DIFFRACTION100
1.5627-1.59280.15751540.12722713X-RAY DIFFRACTION100
1.5928-1.62530.17611380.12632688X-RAY DIFFRACTION100
1.6253-1.66060.1721410.12282652X-RAY DIFFRACTION100
1.6606-1.69920.17081410.12392690X-RAY DIFFRACTION100
1.6992-1.74170.15561400.11752688X-RAY DIFFRACTION100
1.7417-1.78880.16521560.12562667X-RAY DIFFRACTION100
1.7888-1.84140.15071300.11932699X-RAY DIFFRACTION100
1.8414-1.90080.15361430.11782705X-RAY DIFFRACTION100
1.9008-1.96880.14611400.12312682X-RAY DIFFRACTION100
1.9688-2.04760.16261470.11882691X-RAY DIFFRACTION100
2.0476-2.14070.15431300.12042706X-RAY DIFFRACTION100
2.1407-2.25350.14871480.11862682X-RAY DIFFRACTION100
2.2535-2.39460.14661460.12482700X-RAY DIFFRACTION100
2.3946-2.57940.18531360.12982717X-RAY DIFFRACTION100
2.5794-2.83870.15111430.13742706X-RAY DIFFRACTION100
2.8387-3.24890.16271480.14482702X-RAY DIFFRACTION100
3.2489-4.09110.13741330.14062737X-RAY DIFFRACTION100
4.0911-27.29620.18031490.15672758X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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