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- PDB-6bak: The structure of the Stigmatella aurantiaca phytochrome chromopho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bak
タイトルThe structure of the Stigmatella aurantiaca phytochrome chromophore binding domain T289H mutant
要素Photoreceptor-histidine kinase BphP
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of visible light / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain ...: / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BLR / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Stigmatella aurantiaca DW4/3-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Schmidt, M. / Stojkovic, E.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)STC-1231306 米国
National Science Foundation (NSF, United States)BIO-MCB 1413360 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T34 GM105549-01 NU-STARS 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY024363 米国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018
タイトル: Structural basis for light control of cell development revealed by crystal structures of a myxobacterial phytochrome.
著者: Woitowich, N.C. / Halavaty, A.S. / Waltz, P. / Kupitz, C. / Valera, J. / Tracy, G. / Gallagher, K.D. / Claesson, E. / Nakane, T. / Pandey, S. / Nelson, G. / Tanaka, R. / Nango, E. / Mizohata, ...著者: Woitowich, N.C. / Halavaty, A.S. / Waltz, P. / Kupitz, C. / Valera, J. / Tracy, G. / Gallagher, K.D. / Claesson, E. / Nakane, T. / Pandey, S. / Nelson, G. / Tanaka, R. / Nango, E. / Mizohata, E. / Owada, S. / Tono, K. / Joti, Y. / Nugent, A.C. / Patel, H. / Mapara, A. / Hopkins, J. / Duong, P. / Bizhga, D. / Kovaleva, S.E. / St Peter, R. / Hernandez, C.N. / Ozarowski, W.B. / Roy-Chowdhuri, S. / Yang, J.H. / Edlund, P. / Takala, H. / Ihalainen, J. / Brayshaw, J. / Norwood, T. / Poudyal, I. / Fromme, P. / Spence, J.C.H. / Moffat, K. / Westenhoff, S. / Schmidt, M. / Stojkovic, E.A.
履歴
登録2017年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoreceptor-histidine kinase BphP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4052
ポリマ－33,8211
非ポリマー5851
水5,783321
1
A: Photoreceptor-histidine kinase BphP
ヘテロ分子

A: Photoreceptor-histidine kinase BphP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8114
ポリマ－67,6412
非ポリマー1,1692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area2570 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.449, 131.449, 95.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-605-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Photoreceptor-histidine kinase BphP / Sensor protein


分子量: 33820.625 Da / 分子数: 1
断片: Phytochrome chromophore binding domain (UNP residues 16-318)
変異: T289H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca DW4/3-1 (バクテリア)
株: DW4/3-1 / 遺伝子: STAUR_8015, STIAU_3396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q097N3
#2: 化合物 ChemComp-BLR / 3-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[[5-[(Z)-(3-ethenyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / Bilirubin IX alpha / ビリルビン


分子量: 584.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.07 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 1.4 M sodium formate, 30% w/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月27日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→100 Å / Num. obs: 71587 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.989 / Num. unique obs: 4196 / CC1/2: 0.416 / Rpim(I) all: 0.746 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4RQ9

4rq9


解像度: 1.92→23.423 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2248 3638 5.1 %RANDOM
Rwork0.2056 ---
obs0.2065 71392 97.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→23.423 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2383 0 43 321 2747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0182488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8223386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0151484
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.123367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9201-1.94540.41921230.38972450X-RAY DIFFRACTION92
1.9454-1.9720.3351330.35172588X-RAY DIFFRACTION98
1.972-2.00020.3381610.35032568X-RAY DIFFRACTION98
2.0002-2.030.34011280.32932600X-RAY DIFFRACTION98
2.03-2.06170.33781480.32652611X-RAY DIFFRACTION99
2.0617-2.09550.33031450.30932585X-RAY DIFFRACTION98
2.0955-2.13160.31271430.28452582X-RAY DIFFRACTION98
2.1316-2.17030.26471470.26532612X-RAY DIFFRACTION99
2.1703-2.21210.27461380.27872587X-RAY DIFFRACTION99
2.2121-2.25720.27761310.2762647X-RAY DIFFRACTION99
2.2572-2.30620.2961550.27282588X-RAY DIFFRACTION99
2.3062-2.35980.28641170.26872628X-RAY DIFFRACTION99
2.3598-2.41880.30851640.26972604X-RAY DIFFRACTION99
2.4188-2.48410.28541450.26372600X-RAY DIFFRACTION99
2.4841-2.55710.27261640.24692617X-RAY DIFFRACTION99
2.5571-2.63950.29521180.23272669X-RAY DIFFRACTION99
2.6395-2.73370.25121420.23842632X-RAY DIFFRACTION99
2.7337-2.8430.24981310.22632644X-RAY DIFFRACTION99
2.843-2.97220.25131510.21982641X-RAY DIFFRACTION99
2.9722-3.12850.23261420.21242660X-RAY DIFFRACTION99
3.1285-3.3240.20371490.19932634X-RAY DIFFRACTION99
3.324-3.57980.2121230.18332671X-RAY DIFFRACTION99
3.5798-3.93860.17831530.15892669X-RAY DIFFRACTION100
3.9386-4.5050.15691410.14482693X-RAY DIFFRACTION99
4.505-5.66250.181240.15422717X-RAY DIFFRACTION99
5.6625-23.42480.19811220.1972257X-RAY DIFFRACTION80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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