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- PDB-4rq9: Crystal structure of the chromophore-binding domain of Stigmatell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rq9
タイトルCrystal structure of the chromophore-binding domain of Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome (Thr289His mutant) in the Pr state
要素Photoreceptor-histidine kinase BphP
キーワードSIGNALING PROTEIN / bacteriophytochrome / phytochrome / biliverdin / myxobacteria / PAS / GAF / light-mediated signal transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / photoreceptor activity / protein kinase activator activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome / GAF domain / Phytochrome, PHY domain superfamily / Phytochrome, central region / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. ...: / Phytochrome / GAF domain / Phytochrome, PHY domain superfamily / Phytochrome, central region / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / PAS domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / S,R MESO-TARTARIC ACID / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Woitowich, N.C. / Halavaty, A.S. / Gallagher, K.D. / Nugent, A.C. / Patel, H. / Duong, P. / Kovaleva, S.E. / St.Peter, S. / Ozarowski, W.B. / Hernandez, C.N. / Stojkovic, E.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the chromophore-binding domain of Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome (Thr289His mutant) in the Pr state
著者: Woitowich, N.C. / Halavaty, A.S. / Gallagher, K.D. / Nugent, A.C. / Patel, H. / Duong, P. / Kovaleva, S.E. / St.Peter, S. / Ozarowski, W.B. / Hernandez, C.N. / Stojkovic, E.A.
履歴
登録2014年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoreceptor-histidine kinase BphP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,02719
ポリマ－38,8511
非ポリマー2,17618
水3,207178
1
A: Photoreceptor-histidine kinase BphP
ヘテロ分子

A: Photoreceptor-histidine kinase BphP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,05438
ポリマ－77,7022
非ポリマー4,35236
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area13440 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area25240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.813, 131.813, 97.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Photoreceptor-histidine kinase BphP / Sensor protein


分子量: 38850.969 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-328 / 変異: T289H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
株: DW4/3-1 / 遺伝子: STAUR_8015, STIAU_3396 / プラスミド: pET28c+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q097N3

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非ポリマー , 5種, 196分子

#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.4 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: protein: 25-28 mg ml-1 in 10 mM Tris HCl (pH 8.0) and 10 mM NaCl. crystallization conditions: 260 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 35% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月1日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 33975 / Num. obs: 33975 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1682 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4RPW

4rpw
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→29.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 7.222 / SU ML: 0.084 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17776 1738 5.1 %RANDOM
Rwork0.15546 ---
obs0.1566 32204 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.772 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å2-0.43 Å2-0 Å2
2---0.43 Å2-0 Å2
3---1.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2392 0 147 178 2717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192673
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8582.0093622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.61935890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6825322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.79422.5120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.83315414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5661527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02614
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 140 -
Rwork0.248 2270 -
obs-2270 98.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25570.5696-0.35081.4059-0.66751.874-0.0905-0.0506-0.0449-0.0313-0.0541-0.2854-0.10610.20310.14460.1469-0.0279-0.03380.0340.02960.0949-49.312125.198913.2426
22.11710.6063-0.0721.9993-0.50411.7707-0.1826-0.0778-0.3631-0.0863-0.0179-0.38680.26080.12830.20050.18840.00340.02350.04890.07850.2261-46.853416.268214.9391
30.948-0.5676-0.27491.91130.8190.3692-0.0788-0.1198-0.25450.4153-0.02980.22430.2280.00160.10860.25890.02380.07580.060.03570.1739-65.55530.438526.9559
41.9718-1.03430.05592.7492-0.31091.3287-0.1168-0.2018-0.09960.1759-0.12970.23120.0101-0.15090.24650.19320.04410.09460.0928-0.02090.1096-74.624914.692534.592
51.7716-0.1241-0.75951.0652-0.45391.1025-0.0285-0.04590.04020.0715-0.05870.0923-0.1347-0.04050.08710.25580.0371-0.02440.08350.0050.0734-62.559224.385923.6464
61.69720.3572-0.61171.00630.04830.3343-0.1206-0.079-0.05380.04680.05450.11660.01110.03890.0660.1960.029-0.00990.07390.01130.059-63.167921.518826.003
78.1597-1.80850.52471.7372.35214.8448-0.1808-0.08620.02840.0377-0.10570.18860.1824-0.08020.28650.29240.07160.0550.0771-0.02110.1718-65.83825.652620.9119
84.839-1.26054.44076.6407-2.76884.487-0.1173-0.1315-0.03350.03820.22650.2889-0.0969-0.1703-0.10930.25870.07830.06680.04640.04070.1193-69.736823.950230.5622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2A91 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3A134 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4A174 - 210
5X-RAY DIFFRACTION5A211 - 236
6X-RAY DIFFRACTION6A237 - 297
7X-RAY DIFFRACTION7A298 - 319
8X-RAY DIFFRACTION8A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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