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- PDB-4e04: RpBphP2 chromophore-binding domain crystallized by homologue-dire... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 40000
タイトルRpBphP2 chromophore-binding domain crystallized by homologue-directed mutagenesis.
要素Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase), PhyB1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Bacteriophytochrome chromophore binding domain / two component regulator / Response regulator RPA3017 / phosphorylation / phosphotransfer / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain ...: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Bellini, D. / Papiz, M.Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Dimerization properties of the RpBphP2 chromophore-binding domain crystallized by homologue-directed mutagenesis.
著者: Bellini, D. / Papiz, M.Z.
履歴
登録2012年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Database references
改定 1.22013年1月23日Group: Database references
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase), PhyB1
B: Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase), PhyB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5464
ポリマ－72,3742
非ポリマー1,1712
水9,278515
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area26220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.350, 79.860, 149.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase), PhyB1


分子量: 36187.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: phyB1, phyB2, RPA3015, RPA3016 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q6N5G3
#2: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細MUTATIONS IN THE PDB FILE ARE AS DEFINED IN THE SEQADV RECORDS. NOTE THAT THERE IS AN INSERTED ...MUTATIONS IN THE PDB FILE ARE AS DEFINED IN THE SEQADV RECORDS. NOTE THAT THERE IS AN INSERTED RESIDUE ASN105 WHICH RESULTS IN THE SEQUENCE FOLLOWING THIS RESIDUE NUMBERED +1 MORE COMPARED TO THE NATIVE SEQUENCE (UNP Q6N5G3). IN THE MANUSCRIPT THE NATIVE SEQUENCE NUMBERING, AFTER RESIDUES 105, IS RETAINED FOR CLEARER DISCUSSIONS WHEN COMPARING ALIGNED SEQUENCES USING CLUSTALW. THEREFORE IN THE DEPOSITED PDB RESIDUES GLY106 SER107... CORRESPOND TO GLY105 SER106... IN THE MANUSCRIPT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 18% PEG3350, 0.2 mM MgCl2 or 0.2 mM CaCl2 and 0.1 Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→74.8 Å / Num. obs: 59311 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.023 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.537 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 7.672 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 3027 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.184 56814 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4786 0 86 515 5387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0195045
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3591.9826887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3165630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.60622.542236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.67315790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.431557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.021021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2591.53017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3861.51205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.15324863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.13531852
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8934.51772
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 180 -
Rwork0.262 3839 -
obs--99.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2337-0.7346-0.50642.04550.151.2759-0.0123-0.1834-0.06620.3690.0671-0.01650.00810.0172-0.05490.1126-0.0054-0.04330.07060.00570.040822.33023.713365.4438
20.57980.0579-0.27091.31690.30121.3709-0.0099-0.00040.0184-0.0488-0.08010.2319-0.0361-0.18840.090.01040.0064-0.00530.0512-0.0130.087414.3269-17.338739.0999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 320
2X-RAY DIFFRACTION1A400
3X-RAY DIFFRACTION1A501 - 777
4X-RAY DIFFRACTION2B11 - 320
5X-RAY DIFFRACTION2B400
6X-RAY DIFFRACTION2B501 - 738

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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