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Yorodumi- PDB-2ool: Crystal structure of the chromophore-binding domain of an unusual... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2ool | ||||||
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Title | Crystal structure of the chromophore-binding domain of an unusual bacteriophytochrome RpBphP3 from R. palustris | ||||||
Components | Sensor protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / bacteriophytochrome / photoconversion / photoreceptor / biliverdin | ||||||
Function / homology | Function and homology information detection of visible light / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Yang, X. / Stojkovic, E.A. / Kuk, J. / Moffat, K. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / Year: 2007 Title: Crystal structure of the chromophore binding domain of an unusual bacteriophytochrome, RpBphP3, reveals residues that modulate photoconversion. Authors: Yang, X. / Stojkovic, E.A. / Kuk, J. / Moffat, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2ool.cif.gz | 138.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2ool.ent.gz | 107.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2ool.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/2ool ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/2ool | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1ztuS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | The biological assembly exists as a dimer in the asymmetric unit with the 6-helix bundle at the dimer interface. |
-Components
#1: Protein | Mass: 37331.438 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: chormophore binding domain (Residues: 1-337) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) Strain: CGA009 / Gene: phyB2 / Plasmid: pRSETB / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q6N5G2 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.39 Å3/Da / Density % sol: 63.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: protein concentration of 12mg/ml in 100 mM tri-sodium citrate pH 5.6, 6% isopropanol (v/v), and 7% PEG 4000 (w/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 13.9 % / Av σ(I) over netI: 10.7 / Number: 806919 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.45 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 58049 / % possible obs: 99.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 59009 / Num. obs: 58049 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 10.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 11 % / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing MR |
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Phasing dm | FOM : 0.49 / FOM acentric: 0.49 / FOM centric: 0.57 / Reflection: 30531 / Reflection acentric: 28350 / Reflection centric: 2181 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: modified PDB entry 1ZTU Resolution: 2.2→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 11.889 / SU ML: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.182 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.92 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→49.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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