PDB-6baf: Structure of the chromophore binding domain of Stigmatella aurant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6baf

タイトル

Structure of the chromophore binding domain of Stigmatella aurantiaca phytochrome P1, wild-type

要素

Photoreceptor-histidine kinase BphP

キーワード

SIGNALING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Stigmatella aurantiaca DW4/3-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Schmidt, M. / Stojkovic, E.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	STC-1231306	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	BIO-MCB 1413360	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T34 GM105549-01 NU-STARS	米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)	EY024363	米国

引用

ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018
タイトル: Structural basis for light control of cell development revealed by crystal structures of a myxobacterial phytochrome.
著者: Woitowich, N.C. / Halavaty, A.S. / Waltz, P. / Kupitz, C. / Valera, J. / Tracy, G. / Gallagher, K.D. / Claesson, E. / Nakane, T. / Pandey, S. / Nelson, G. / Tanaka, R. / Nango, E. / Mizohata, ...

履歴

登録	2017年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2018年9月19日	ID: 4RPW
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6baf.cif.gz	83.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6baf.ent.gz	60.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6baf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6baf_validation.pdf.gz	807.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6baf_full_validation.pdf.gz	818.5 KB	表示
XML形式データ	6baf_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	6baf_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/6baf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/6baf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bakC 6baoC 6bapC 6bayC 4rpw PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jk0-d 6bak-1 4izg-d 5td2-d 4yga-3 4mha-d 3cb4-6 2fok-1 3cb4-2 5irf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (19) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (7) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Photoreceptor-histidine kinase BphP

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Photoreceptor-histidine kinase BphP

ヘテロ分子

A: Photoreceptor-histidine kinase BphP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.689, 131.689, 96.071
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-568- HOH

#1: タンパク質	Photoreceptor-histidine kinase BphP / Sensor protein 分子量: 33783.582 Da / 分子数: 1 断片: Phytochrome chromophore binding domain (UNP residues 16-318) 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca DW4/3-1 (バクテリア) 株: DW4/3-1 / 遺伝子: STAUR_8015, STIAU_3396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q097N3
#2: 化合物	ChemComp-BLR / 3-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[[5-[(Z)-(3-ethenyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / Bilirubin IX alpha / 3¹,3²,18¹,18²-テ(以下略) 分子量: 584.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₆N₄O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 7.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 82.72 % / 解説: hexagonal plates
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 65 mM Tris-HCl, pH 8.5, 5.2% w/v PEG8000, 35% v/v glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月27日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→13.9 Å / Num. obs: 81078 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.23→2.3 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 1.07 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4168 / CC_1/2: 0.36 / R_pim(I) all: 0.9 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4RPW

4rpw
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.85→23.502 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2283	3807	5.04 %	RANDOM
R_work	0.2108	-	-	-
obs	0.2117	75590	92.19 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→23.502 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2380	0	43	214	2637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	2519
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.743	3434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.922	1512
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.103	372
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	452

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.8734	0.3993	65	0.3991	1493	X-RAY DIFFRACTION	52
1.8734-1.898	0.4426	84	0.381	1665	X-RAY DIFFRACTION	58
1.898-1.924	0.3857	91	0.3784	1621	X-RAY DIFFRACTION	57
1.924-1.9515	0.3162	102	0.3829	1820	X-RAY DIFFRACTION	65
1.9515-1.9806	0.3871	133	0.3702	2415	X-RAY DIFFRACTION	84
1.9806-2.0116	0.3727	157	0.3688	2692	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0116-2.0445	0.3599	180	0.3645	2768	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0445-2.0798	0.3853	155	0.3551	2806	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0798-2.1175	0.3553	152	0.337	2854	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1175-2.1582	0.3351	151	0.32	2807	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1582-2.2023	0.3631	135	0.3144	2844	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2023-2.2501	0.3443	142	0.307	2844	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2501-2.3024	0.3311	141	0.303	2846	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3024-2.3599	0.3129	166	0.2823	2848	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3599-2.4237	0.2885	168	0.2749	2830	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4237-2.4949	0.2741	141	0.2603	2851	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4949-2.5754	0.2506	135	0.238	2892	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5754-2.6673	0.2347	168	0.2138	2833	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6673-2.7739	0.2122	135	0.2179	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7739-2.9	0.2223	139	0.219	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.0525	0.2253	133	0.2102	2893	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0525-3.2433	0.229	150	0.1991	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2433-3.493	0.2113	167	0.1903	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.493-3.8432	0.1869	160	0.1709	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8432-4.3961	0.1614	131	0.15	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3961-5.5267	0.1643	141	0.157	2939	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5267-23.504	0.2161	185	0.194	2832	X-RAY DIFFRACTION	94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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