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- PDB-6b0t: Structural Insights into the Induced-fit Inhibition of Fascin by ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6b0t | ||||||
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Title | Structural Insights into the Induced-fit Inhibition of Fascin by a Small Molecule | ||||||
![]() | Fascin | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Metastaic cancers / Small-molecule inhibitors / actin-bundling / Domain rotation | ||||||
Function / homology | ![]() microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / podosome / positive regulation of podosome assembly / cell-cell junction assembly ...microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / podosome / positive regulation of podosome assembly / cell-cell junction assembly / positive regulation of filopodium assembly / establishment or maintenance of cell polarity / microvillus / actin filament bundle assembly / positive regulation of lamellipodium assembly / stress fiber / ruffle / filopodium / cell motility / regulation of actin cytoskeleton organization / actin filament binding / cell-cell junction / actin cytoskeleton / cell migration / lamellipodium / protein-macromolecule adaptor activity / actin binding / cell cortex / growth cone / actin cytoskeleton organization / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cytoskeleton / cadherin binding / RNA binding / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dey, R. / Huang, X.Y. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Insights into the Induced-fit Inhibition of Fascin by a Small-Molecule Inhibitor. Authors: Huang, J. / Dey, R. / Wang, Y. / Jakoncic, J. / Kurinov, I. / Huang, X.Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3llpS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 54026.242 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: residues 7-493 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-C7V / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 24% PEG 4000, 50mM Tris HCL (pH 8), 3.3% glycerol, 142mM NaCl, 5mM MgCl2, 10mM CaCl2 and 0.004% NaN3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Oct 10, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.3 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→45.44 Å / Num. obs: 87042 / % possible obs: 98.61 % / Redundancy: 4.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.59 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.44 / Num. unique obs: 8516 / CC1/2: 0.87 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3LLP Resolution: 2.8→45.44 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→45.44 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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