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万見
- PDB-3llp: 1.8 Angstrom human fascin 1 crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3llp
タイトル1.8 Angstrom human fascin 1 crystal structure
要素Fascin
キーワードPROTEIN BINDING / beta-trefoil / actin bundling protein / cancer / metastasis / cell migration / Acetylation / Actin-binding / Cytoplasm / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / podosome / positive regulation of podosome assembly / cell-cell junction assembly ...microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / podosome / positive regulation of podosome assembly / cell-cell junction assembly / positive regulation of filopodium assembly / establishment or maintenance of cell polarity / microvillus / actin filament bundle assembly / positive regulation of lamellipodium assembly / stress fiber / ruffle / filopodium / cell motility / regulation of actin cytoskeleton organization / cell-cell junction / actin filament binding / cell migration / actin cytoskeleton / lamellipodium / protein-macromolecule adaptor activity / actin binding / cell cortex / growth cone / actin cytoskeleton organization / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cytoskeleton / cadherin binding / RNA binding / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fascin / Fascin, metazoans / Fascin domain / Fascin domain / Actin-crosslinking / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / : / Fascin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chen, L. / Yang, S. / Jakoncic, J. / Zhang, J.J. / Huang, X.-Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Migrastatin analogues target fascin to block tumour metastasis.
著者: Chen, L. / Yang, S. / Jakoncic, J. / Zhang, J.J. / Huang, X.Y.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fascin
B: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,82820
ポリマ－109,2042
非ポリマー1,62418
水11,908661
1
A: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1578
ポリマ－54,6021
非ポリマー5557
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,67112
ポリマ－54,6021
非ポリマー1,06911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.789, 72.659, 110.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fascin / Singed-like protein / 55 kDa actin-bundling protein / p55


分子量: 54601.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAN1, FSCN1, HSN, SNL / プラスミド: pGEX2T-Fascin / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q16658

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非ポリマー , 6種, 679分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Hepes, pH 7.5, 20% PEG 4000, 2% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 89183 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 4432 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.8→29.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.375 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21959 4465 5 %RANDOM
Rwork0.17218 ---
obs0.17452 84672 100 %-
all-89137 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.675 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å2-0.39 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7413 0 69 661 8143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6011.94210462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4065970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.77223.263377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.419151270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3271568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.23195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.25266
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.240.2756
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1130.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2520.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1381.54759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02827616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.11833008
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8814.52835
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 297 -
Rwork0.192 6181 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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