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- PDB-4gov: The crystal structure of human fascin 1 S39D mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gov
タイトルThe crystal structure of human fascin 1 S39D mutant
要素Fascin
キーワードPROTEIN BINDING / beta-trefoil / actin bundling protein / cancer / metastasis / cell migration / Actin-binding / Phosphoprotein / Actin
機能・相同性
機能・相同性情報


microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / cell-cell junction assembly / positive regulation of podosome assembly / podosome ...microspike / parallel actin filament bundle assembly / regulation of microvillus assembly / positive regulation of extracellular matrix disassembly / establishment of apical/basal cell polarity / microspike assembly / cell projection membrane / cell-cell junction assembly / positive regulation of podosome assembly / podosome / positive regulation of filopodium assembly / establishment or maintenance of cell polarity / microvillus / actin filament bundle assembly / stress fiber / positive regulation of lamellipodium assembly / ruffle / filopodium / regulation of actin cytoskeleton organization / cell motility / actin filament binding / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / actin cytoskeleton / actin binding / actin cytoskeleton organization / growth cone / cell cortex / protein-macromolecule adaptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cytoskeleton / cadherin binding / RNA binding / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fascin / Fascin, metazoans / Fascin domain / Fascin domain / Actin-crosslinking / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Fascin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yang, S.Y. / Huang, F.K. / Huang, J. / Chen, S. / Jakoncic, J. / Leo-Macias, A. / Diaz-Avalos, R. / Chen, L. / Zhang, J.J. / Huang, X.Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Molecular mechanism of fascin function in filopodial formation.
著者: Yang, S. / Huang, F.K. / Huang, J. / Chen, S. / Jakoncic, J. / Leo-Macias, A. / Diaz-Avalos, R. / Chen, L. / Zhang, J.J. / Huang, X.Y.
履歴
登録2012年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references
改定 1.22013年1月30日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fascin
B: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,27532
ポリマ－109,2602
非ポリマー2,01630
水10,106561
1
A: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,39712
ポリマ－54,6301
非ポリマー76811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,87820
ポリマ－54,6301
非ポリマー1,24819
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Fascin
ヘテロ分子

B: Fascin
ヘテロ分子

A: Fascin
ヘテロ分子

A: Fascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,55164
ポリマ－218,5204
非ポリマー4,03160
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z1
Buried area15990 Å2
ΔGint-277 kcal/mol
Surface area74250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.250, 70.723, 111.058
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fascin / 55 kDa actin-bundling protein / Singed-like protein / p55


分子量: 54629.887 Da / 分子数: 2 / 変異: S39D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAN1, FSCN1, HSN, SNL / プラスミド: pGEX4T-Fascin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16658

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非ポリマー , 5種, 591分子

#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Hepes, 16% PEG 4000, 1% isopropanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 48266 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 28.18
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.99 / Num. unique all: 2372 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LLP

3llp


解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 12.735 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23432 2438 5.1 %RANDOM
Rwork0.19609 ---
obs0.19804 45824 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.938 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20.74 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3---1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7451 0 87 561 8099
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.027682
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0381.94210372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5245953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36323.422374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.645151250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1661564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.194→2.251 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 166 -
Rwork0.269 2962 -
obs--90.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5048-1.533-0.79512.53691.10381.6238-0.06160.0553-0.14460.1449-0.12520.26140.0651-0.11420.18680.04760.0257-0.00630.0803-0.05150.058543.2315-0.7944-25.3623
20.82220.2917-0.69313.1688-0.07061.5302-0.12010.053-0.048-0.1732-0.0486-0.12820.2254-0.12150.16870.0770.0440.01570.1341-0.03110.032959.4662-24.4688-34.4934
31.9148-0.6991-1.10684.76961.36116.7573-0.17-0.2351-0.06260.2655-0.02260.114-0.06520.21020.19260.04390.0070.00010.05530.02120.015657.0872-27.188-14.1216
42.3022-0.6444-0.21023.39950.66252.39140.212-0.06420.09110.1094-0.1388-0.0842-0.0970.151-0.07320.0454-0.04560.01520.0804-0.00610.02221.1366-17.8151.5245
50.7276-0.47670.15832.5285-0.01190.8860.12070.0498-0.2028-0.2426-0.08330.2805-0.0213-0.0933-0.03740.05720.0696-0.05070.1389-0.03860.092210.6264-39.8472-18.8041
65.0758-0.29610.78054.7365-0.51481.72290.1782-0.0891-0.0003-0.1006-0.0728-0.48890.12960.1159-0.10540.12510.11420.01090.1292-0.0170.115929.4773-45.9674-18.2421
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 151
2X-RAY DIFFRACTION2A152 - 395
3X-RAY DIFFRACTION3A396 - 493
4X-RAY DIFFRACTION4B7 - 130
5X-RAY DIFFRACTION5B131 - 419
6X-RAY DIFFRACTION6B420 - 493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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